nomes no trilho de navegação
Escherichia coli (původním názvem Bacterium coli) je gramnegativní fakultativně anaerobní spory netvořící tyčinkovitá bakterie pohybující se pomocí bičíků. Spadá pod čeleď Enterobacteriaceae, jež také zahrnuje mnoho patogenních rodů mikroorganismů. E. coli patří ke střevní mikrofloře teplokrevných živočichů, včetně člověka. Z tohoto důvodu je její přítomnost v pitné vodě indikátorem fekálního znečištění. Člověku je jako součást přirozené mikroflory prospěšná, jelikož produkuje řadu látek, které brání rozšíření patogenních bakterií (koliciny) a podílí se i na tvorbě některých vitamínů (např. vitamín K). Byla objevena německo-rakouským pediatrem a bakteriologem Theodorem Escherichem v roce 1885[1].
E. coli patří k nejlépe prostudovaným mikroorganismům, jelikož je modelovým organismem pro genové a klinické studie. Joshua Lederberg jako první r. 1947 pozoroval a popsal na bakterii E. coli výměnu genetického materiálu tzv. konjugaci[2].
E. coli je nesporotvorná tyčinka, jež se pohybuje pomocí bičíku. Bakterie dosahuje délky 2–3 μm a šířky 0,6 μm. Některé druhy mohou tvořit slizovité obaly, jež jsou složeny z polysacharidů. Na svém povrchu nese dva typy fimbrií. První typ fimbrií se skládá z kyselého hydrofobního proteinu tzv. fimbrinu. Umožňuje bakterii přichytit se na epitel hostitele a následně jej kolonizovat. Kolonizace je usnadněna vysokým počtem fimbrií prvního typu na buňku (100-1000 ks/buňka). Tyto fimbrie jsou vysoce antigenní, jelikož obsahují tzv. F antigeny. Druhým typem fimbrií jsou tzv. sex pili, jež hrají důležitou úlohu při konjugaci.
Bakterie se může pohybovat pomocí bičíků. Ty jsou složeny z tzv. flagelinu (na lysin bohatý protein). Bičíky jsou stejně jako fimbrie vysoce antigenní, a to díky tzv. H antigenům. Na povrchu bakterie se při stresových podmínkách dále mohou tvořit polysacharidové kapsule, jež obsahují tzv. K a M antigeny.
Vnější membrána je pokryta lipopolysacharidem a skládá se z lipidové dvojvrstvy, kde je ukotveno množství membránových proteinů. Mezi proteiny, které tvoří póry, patří poriny Omp C, Omp F a Pho E. Poriny slouží jako vstupní a výstupní kanály pro buněčné metabolity a pro příjem vitaminů z okolí.
Prostor mezi vnější membránou a buněčnou stěnou se nazývá periplazmatický. Vyskytují se zde např. proteiny vázající aminokyseliny či cukry, enzymy degradující antibiotika (beta-laktamasy).
Buněčná stěna E. coli (jakožto zástupce gramnegativních bakterií) se skládá z tenké vrstvy peptidoglykanu, jenž je zodpovědný za rigidní tvar buňky. Pod vrstvou peptidoglykanu se nalézá cytoplazmatická membrána. Ta se skládá především z proteinů (70%), lipopolysacharidů a fosfolipidů. Je v ní lokalizováno mnoho biochemických pochodů, např. dýchací řetězec a syntéza ATP.
Cytoplazma bakteriální buňky je viskózní vodný roztok, jež obsahuje rozpuštěné anorganické a organické látky. Nachází se zde množství ribozomů (cca 40% hmotnosti celé buňky), díky nimž je proteosyntéza a dělení bakteriálních buněk velice rychlé. Při optimálních podmínkách (37 °C, dostatek živin) je doba generace zhruba 20 min. Bakteriální ribozomy jsou menší než eukaryotní. Mají sedimentační konstantu 70S.
Dále se zde nalézá molekula bakteriální DNA, ve které je uložena veškerá dědičná informace bakterie. Velikost DNA u E. coli K-12 je zhruba 4700 kbp a kóduje cca 4400 proteinů.[3] Cytoplazma bakterií na rozdíl od cytoplazmy eukaryot neobsahuje membránové organely.
E. coli je fakultativní anaerob, tj. využívá respirační i kvasný metabolismus (fermentace) pro přísun energie. E. coli jako chemoheterotrof je schopná využívat množství cukrů i aminokyselin jako zdroj uhlíku, nejrychleji však roste na glukose. Za anaerobních podmínek E. coli utilizuje glukosu za vzniku laktátu, sukcinátu, acetátu i ethanolu. Za aerobních podmínek je glukosa využita efektivněji a konečnými produkty je především oxid uhličitý. E. coli produkuje indol, avšak neroste na citrátu a neprodukuje sirovodík. Je kataláza-pozitivní, oxidáza-negativní. Těchto vlastností se využívá při její identifikaci pomocí tzv. Enterotestu[4]. E. coli je schopná růst za teploty 8 °C-48 °C, avšak optimální teplota je 37 °C. Rozsah pH pro růst je pH6-pH8[3].
E. coli můžeme taxonomicky dělit dle antigenních struktur na sérotypy. Mezi hlavní struktury patří somatické O antigeny (lipopolysacharid), jichž je 170 typů, a kapsulární K antigeny (80 typů), dalšími strukturami jsou např. H antigeny (flagelární proteiny) a F antigeny (bílkoviny fimbrií)[3].
E. coli je jednou z nejčastěji se vyskytujících bakterií v klinických vzorcích. Její přítomnost je u člověka fyziologická pouze ve střevech jako součást střevní mikroflory. Avšak patologicky se může vyskytovat i v krevních vzorcích, a být tak původcem bakterémie. Často způsobuje nosokomiální infekce tj. infekce získané v nemocnicích. Bakteriální infekce se léčí podáváním antibiotik. V dnešní době však nalézáme stále větší množství kmenů bakterií, které jsou k podávaným antibiotikům rezistentní.
Patogenní kmeny způsobují dva typy onemocnění. Prvním je extraintestiální onemocnění, kdy jsou napadeny především močové cesty, dochází k infekci ran a jejich hnisání. Pokud se bakterie dostává do intestinálního traktu člověka, vyvolává infekce provázené průjmy. Extraintestiální formy onemocnění jsou vyvolávány kmeny , jež mají polysacharidový kapsulární K antigen, příp P fimbrie, jimiž adherují na povrch sliznic. Pokud se bakterie E. coli dostane do zažívacího traktu, mluví se o ní jako o enteropatogenním kmenu E. coli. Ty se mohou dále dělit:
EPEC E. coli vyvolává vodnaté průjmy především u novorozenců. Může docházet k vysokému stupni dehydratace a následné smrti. Toto onemocnění je stále problémem v rozvojových zemích. Frekvenci infekce způsobené EPEC E. coli u dospělých jedinců je složité stanovit, jelikož u pacientů starších tři roky se po příčině nezávažného průjmu nepátrá.
ETEC E. coli též vyvolává průjmové stavy, jak u dětí, tak dospělých. Tento kmen se vyskytuje v teplých oblastech (Egypt, Bangladéš), do střední Evropy se může dostat s cestovateli. ETEC se vyznačuje tvorbou dvou typů enterotoxinů-termolabilního (TL) a termostabilního (TS). Informace pro tvorbu těchto toxinů je uložena na bakteriálních plasmidech.
TL enterotoxin se skládá z polypeptidové podjednotky A o molekulární hmotnosti 25 kDa a pěti podjednotek B o molekulární hmotnosti 11,5 kDa. Podjednotka B se váže na epitelové buňky a napomáhá translokaci podjednotky A do buňky. Ta katalyzuje aktivaci cAMP. Enzymatickou kaskádou dochází ke zvýšené sekreci sodíku z buňky, a tím i úniků chloridů a následně i vody. Následkem jsou vodnaté průjmy. ST enterotoxin je slabě imunogenní. Aktivuje guanylátcyklázu, a tím se zvyšuje koncentrace cGMP. Další mechanismus není přesně znám. Je možné, že určitou úlohu hraje vápník[5].
EIEC E. coli pronikají do buněk tlustého střeva, kde se množí. Toto onemocnění připomíná průběh bacilární dysenterie.
O epidemiologii EIEC není mnoho známo. Neexistuje její lidský ani zvířecí rezervoár. V oblastech s nedostatečnou hygienou způsobuje EIEC až 5% všech průjmů. Nejčastější sérologickou skupinou je O124.
EHEC E. coli, stejně jako EPEC, je schopen adheze na stěny endotelu. Na rozdíl od EPEC E. coli se však EHEC váže na endotelie tlustého střeva a produkuje zde toxin, tzv. shigella toxin, či jinak zvaný verotoxin. Verotoxin je zodpovědný za poškození sliznice tlustého střeva, což vede ke krvavým průjmům. Onemocnění, jež tento kmen způsobuje se nazývá hemoragická kolitida. U některých pacientů může dojít k poškození ledvin a onemocnění přechází do hemolyticko-uremického syndromu (HUS), jež bývá smrtelný. Zdrojem infekce je infikované hovězí maso. Identifikace EHEC E. coli se opírá o unikátní neschopnost utilizovat sorbitol[6]. Jedním ze zástupců kmene EHEC je sérotyp E. coli O157:H7.
Poprvé byl izolován v roce 1917 na východní frontě profesorem Alfrédem Nissle. Už on byl toho názoru, že přítomnost tohoto sérotypu ve střevní mikroflóře výrazně snižuje riziko vzniku ulcerózní kolitidy. V nedávné době byl tento objev znovu experimentálně potvrzován, přičemž se ukázalo, že ostatní sérotypy tuto schopnost nemají a dokonce jejich přítomnost ve střeve může snižovat účinnost E. coli nissle. V současnosti se mikrobiologové snaží vyvinout léčbu ulcerózní kolitidy pomocí osazení střeva pacienta E. coli nissle.
Sérotyp E. coli O157: H7 je z hlediska veřejného zdraví nejdůležitějším zástupce E. coli EHEC, jelikož způsobuje HUS. Reservoirem tohoto patogena je především dobytek a přežvýkavci. Na člověka se přenáší kontaminovanou potravou (tepelně neupravené maso a mléko), ale i při fekálním znečištění vody a křížovou kontaminací při přípravě pokrmů. Infekční dávka je velice nízká (jednotky bakterií na gram potravy). Poprvé byl tento serotyp izolován r. 1982[7].
Tento sérotyp byl poprvé izolován r. 1922 na univerzitě ve Stanfordu (USA) z lidské stolice. E. coli K-12 se nejprobádanějším zástupcem E. coli vůbec. Důvodem je jednak přítomnost lysogenního bakteriofága lambda v bakterii, jednak široká vybavenost E. coli K-12 množstvím plasmidů, což dává široké možnosti pro využití v genovém inženýrství.
Sérotyp E. coli K-12 byl použit např. při výzkumu metabolismu dusíku u bakterií, biosyntéze L-tryptofanu z indolu a L-serinu a také při studiích konjugace bakteriích[8].
Bakteriální infekce jsou léčeny antibiotiky (beta-laktamová antibiotika, fluorochinolony a aminoglykosidy). Jelikož E. coli má krátkou generační dobu, může se u ní stejně jako u ostatních bakterií velice rychle vyvinout rezistence k používanému antibiotiku.
Mechanismus účinku beta-laktamových antibiotik (penicilin, ampicilin, cefalosporiny) je založen na skutečnosti, že beta-laktamový kruh antibiotika naruší syntézu buněčné stěny bakterie, a ta, jelikož není chráněná, zahyne.
E. coli může produkovat enzym tzv. beta-laktamázu, jež hydrolyzuje beta-laktamový kruh antibiotika , a tím se stává imunní k působení tohoto antibiotika. Geny pro tuto rezistenci bývají uloženy na plasmidu, a proto je genetická informace velice snadno přístupná k předávání jiným bakteriím (i mezidruhově). Nevýhodou informace uložené na plasmidu, je skutečnost, že nemusí při dělení buňky dojít k jejímu předání oběma dceřiným buňkám. Rezistentní by byla pouze jedna z nově vzniklých buněk, druhá by rezistenci nenesla.
Dnes je známo, že v České republice je E. coli cca ze 60% případů rezistentní k podávání aminopenicilinů a z 15% k cefalosporinům[9].
Fluorochinolony jsou antibiotika, jež inhibují replikaci bakteriální DNA. Pokud si bakterie na ně vyvine rezistenci, může se jednat o dva různé mechanismy. Nejčastějším je tzv. efluxu – tj. po tom, co se antibiotikum dostane do bakteriální buňky, je pomocí membránových pump vyčerpáno mimo buňku.
Druhým způsobem, jak se bakterie brání působení fluorochinolonů je pozměnění (methylace, adenylace) jejich cílových struktur, tedy enzymů, jež jsou zodpovědné za replikaci bakteriální DNA. Tyto enzymy se nazývají DNA gyráza a topoisomeráza IV. V České republice se rezistence kmenů E. coli k fluorochinolonům pohybuje okolo 25% případů, což je zhruba evropský průměr.[9].
Aminoglykosidy jsou antibiotika, která blokují proces translace tj. přepis genetické informace z řeči nukleotidů do řeči aminokyselin. Enzymy, kde translace probíhá se nazývají ribozomy. Rezistence k těmto antibiotikům spočívá v modifikaci ribozomů (methylace, adenylace) tak, že se stanou pro aminoglykosidová antibiotika biologicky inertní.
V České republice se výskyt E. coli rezistentní k aminoglykosidům pohybuje okolo 10% případů, což je v rámci Evropy stále průměrné číslo[9].
Bakterie E. coli se vyskytuje jako součást přirozené mikroflóry teplokrevných živočichů v tlustém střevě a dolní části tenkého střeva. Člověk je touto bakterií kolonizován už od narození (kontaminace z potravy, přenos z již kolonizovaného jedince, nejčastěji matky). E. coli patří k nejlépe prostudovaným známým bakteriím, což je důvodem jejího využití v biotechnologiích a genovém inženýrství. Mezi její klady jakožto zástupce prokaryot patří rychlý růst a levná kultivační media, naopak nevýhodou použití E. coli může být její neschopnost provádět posttranslační modifikace, např. glykosylace. V takovýchto případech je v průmyslu využívána kvasinka Saccharomyces cerevisiae[3].
E. coli je nejběžněji používanou bakterií v metodách molekulární biologie. Její kultivace je úspěšná v médiích bohatých (kromě zdroje uhlíku, dusíku a dalších esenciálních látek tato média obsahují i aminokyseliny a vitaminy) i minimálních (obsahují pouze glukosu jako zdroj uhlíku a energie a soli jako zdroj síry, fosforu apod). Pro klonování se používají speciálně upravené kmeny E. coli, které jsou zbavené schopnosti syntézy restrikčních endonukleáz. Pro účely molekulární genetiky byla připravena řada mutantů E. coli:
Diabetes mellitus I.stupně je onemocnění, kdy slinivka břišní není schopna produkovat insulin. Léčba je substituční, kdy se pacientovi exogenně podává insulin. Dříve byl získáván z jatečních prasat. Docházelo však k alergickým reakcím na takto získaný insulin. Důvodem byla různá lokace glykosylace řetězců insulinu u prasat a u člověka. R. 1982 byl na trh uveden insulin získaný rekombinantně pomocí geneticky modifikované bakterie E. coli pod záštitou firmy Eli Lilly. Insulin se dále získává rekombinantními metodami i pomocí eukaryotních organismů, např. Saccharomyces cerevisiae (pod komerčním názvem Novokin od firmy NovoNordisk)[11].
Roku 1983 byla objevena schopnost bakterie E. coli syntetizovat textilní barvivo indigo. Jeho produkce byla však pro průmyslové účely malá a náklady vysoké (jako výchozí substrát byl používán indol, příp. aminokyselina L-tryptofan), proto byla pomocí rekombinace získána E. coli, jež by mohla jako výchozí substrát používat glukosu. Významným kladem této biotechnologické výroby s využitím modifikované E. coli oproti syntetické výrobě je ekologická nezávadnost, jelikož při syntetické výrobě mohou vznikat toxické meziprodukty[12].
Mezi další produkty rekombinantní E. coli patří např. příprava lidského růstového hormonu, interferonu alfa, interferonu gama, interleukinu-2 či produkce aminokyselin (L-valin, L-threonin). Pod záštitou firmy Eli Lilly se na trh s léčivy dostaly rekombinantní hormony jako jsou parathormon a kalcitonin, jež chrání před osteoporosou). Od r. 1999 je na trhu v USA vakcína proti lymské borelioze s názvem Lymerix. Opět se jedná o rekombinantní protein připravený z E. coli. Tato vakcína je účinná pouze na bakterii Borrelia burgdorferi, jež je majoritním původcem lymské boreloisy v USA (v Evropě je to nejčastěji Borrelia garinii)[13].
Obrázky, zvuky či videa k tématu Escherichia coli ve Wikimedia Commons
Escherichia coli (původním názvem Bacterium coli) je gramnegativní fakultativně anaerobní spory netvořící tyčinkovitá bakterie pohybující se pomocí bičíků. Spadá pod čeleď Enterobacteriaceae, jež také zahrnuje mnoho patogenních rodů mikroorganismů. E. coli patří ke střevní mikrofloře teplokrevných živočichů, včetně člověka. Z tohoto důvodu je její přítomnost v pitné vodě indikátorem fekálního znečištění. Člověku je jako součást přirozené mikroflory prospěšná, jelikož produkuje řadu látek, které brání rozšíření patogenních bakterií (koliciny) a podílí se i na tvorbě některých vitamínů (např. vitamín K). Byla objevena německo-rakouským pediatrem a bakteriologem Theodorem Escherichem v roce 1885.
E. coli patří k nejlépe prostudovaným mikroorganismům, jelikož je modelovým organismem pro genové a klinické studie. Joshua Lederberg jako první r. 1947 pozoroval a popsal na bakterii E. coli výměnu genetického materiálu tzv. konjugaci.
_from_Escherichia_coli_O157-H7_PDB_1r4p.png)
