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ツボカビ門（ツボカビもん）は、菌界の中の分類群で、鞭毛を持つ遊走細胞を形成する。有機物表面に付着するものでは、遊走細胞を放出する際に丸いふたが開くものがあり、その姿が壺のようなのでこの名がある。
サカゲツボカビは真菌（菌界）ではない別グループ。
ツボカビ門は、鞭毛を有する細胞を生じることを特徴とする菌類である。
菌体の構造は、分類群によって様々であるが、簡単な構造のものが多い。 細胞内寄生する単細胞生物や、細胞本体は基質表面に付着し、基質中にわずかに仮根状菌糸をのばすもの、複数の細胞体がつながった構造にまで発達するものなどがあるが、真の菌糸は形成しない。
単細胞のものでは、細胞の内容がすべて遊走細胞となり、仮根状菌糸を持つものは細胞体部分のみが遊走細胞になる。遊走細胞は後方に鞭状鞭毛を1本持つ。
この類の体制に関してはいくつかの特殊な用語がある。細胞の内容すべてが配偶子や遊走子に変化するものは全実性(holocarpic)と呼ばれる。これに対して、菌糸状の部分があるなど、菌体に遊走細胞にならない部分が残るものを分実性(eucarpic)という。菌体に遊走細胞になる部分が一つしかないものを単心性(monocentric)、複数の遊走細胞になる部分ができるものを多心性(polycentric)という。
ツボカビ目では全実性のもの、分実性で単心性のもの、分実性で多心性のものなどがある。分実性で単心性のものは、球形の遊走子のうの基部から仮根状の菌糸が基質中に伸びた形である。分実性で多心性のものは、球形の遊走子のうが、ごく細い菌糸によって多数連結された姿のものである。それ以外の菌類にこれらの語を当てはめれば、ほとんど全部が分実性で多心性と言うことになる。
多くのものでは菌体は単相であり、遊走子は単独で基質上で発芽し、新たな菌体を生じるという無性生殖を行う。
寄生性のものの一部に植物の病原体となるものがある。ボウフラキンは蚊の防除に役立つのではないかと期待されている。
それ以外のものは、微小藻類や菌類に寄生するもの、水中の有機物に腐生的に生活しているものが多く、特に関わりを持つ場面はない。小型のものが多いので、目につく機会もほとんどない。
カエルツボカビ症（かえるつぼかびしょう）は、ツボカビの一種カエルツボカビ (Batrachochytrium dendrobatidis) によって引き起こされるもので、ツボカビに感受性のある両生類の感染症である。ただし耐性を持った両生類も多く存在することがわかっており、日本では大きな問題は生じていない。
細胞の後方だけに1本のみの鞭毛を有する遊走細胞は真核生物において希にしか知られず、他には動物界に属する生物の遊走細胞である精子がこの性質を持つ。これは真核生物の中で菌界と動物界が近縁な群である事を示唆するが、近年の分子系統学の研究もこれを支持する結果を導き出している。動物・菌類・襟鞭毛虫を含む系統はオピストコンタと呼ばれる。
ツボカビ類は，菌類でもっとも原始的な群だと考えられる。菌類のそれ以外の群との関係は不明な点が多いが、接合菌のバシジオボルスがツボカビ類に近縁との説が浮上している。
なお、水中で見られるカビに似た生物は、一般にミズカビと呼ばれ、ミズカビという和名を持つものもある。しかし、それらの大部分は卵菌といわれるグループに属する。この卵菌は非常に菌類的な性質の生物であり、しかも鞭毛を持つ遊走子を作ることから、かつてはツボカビ門と卵菌門、それにサカゲツボカビ門を併せて鞭毛菌門（あるいは接合菌をあわせて藻菌類）というグループにまとめられていた。しかし、後の二群は現在では菌界に属するものではなく、黄色植物やラビリンチュラ類と同じストラメノパイルと呼ばれる群に属することが判明している。
古くは菌糸を発達させるものを含め、遊走細胞を生じる菌的な生物すべてを鞭毛菌と呼び、上記のミズカビなどもこれに含めた。後に卵菌類とサカゲカビ類がこれから外され、残りの菌界に属するものすべてをこの門に含めた。それは以下のようなものである。
後に脊椎動物に寄生するネオカリマスティクスがこの群に含まれることが判明した。しかし分子系統等の知見から、菌類の分類体系に見直しが入った結果、この門は細分された。他にこの門に含めたものではコウマクノウキン目のものがこの門から独立させられた。以下にHibbert et al.(2007)の体系を示す[1]。
なお、ツボカビ目に所属すると考えられていた細胞内性の菌寄生菌であるロゼラ Rozella はこの群を離れてCryptomycota という門に含まれることになった。
