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Siphoviridae són una família de virus d'ADN de doble cadena que infecten només a bacteris. Estan caracteritzats per una cua llarga no contràctil i un càpsid isomètric (morfotip B1) o o un càpsid de prolat (morfotip B2).
Els virus Siphoviridae tenen un càpsid amb un diàmetre d’uns 55-60 nm i una cua llarga que pot arribar a fer 570 nm. La seva doble cadena d’ADN és linear. Aquesta família inclou els fags lambda ( λ), els fags chi ( χ ) i els fag phi 80 (φ80).
Els següents gèneres s’hi inclouen:
Siphoviridae són una família de virus d'ADN de doble cadena que infecten només a bacteris. Estan caracteritzats per una cua llarga no contràctil i un càpsid isomètric (morfotip B1) o o un càpsid de prolat (morfotip B2).
Els virus Siphoviridae tenen un càpsid amb un diàmetre d’uns 55-60 nm i una cua llarga que pot arribar a fer 570 nm. La seva doble cadena d’ADN és linear. Aquesta família inclou els fags lambda ( λ), els fags chi ( χ ) i els fag phi 80 (φ80).
Els següents gèneres s’hi inclouen:
Gènere λ-like viruses; espècie tipus: Fag lambda d'Enterobacteri Gènere T1-like viruses; espècie tipus:Fag T1 d’Enterobacteri Gènere T5-like viruses; espècie tipus :Bacteriòfag T5 d’Enterobacteri Gènere c2-like viruses; espècie tipus:Fag c 2 de Lactococcus' Gènere L5-like viruses; espècie tipus: Fag L5 de Micobacteri Gènere ψM1-like viruses; espècie tipus : ψM1 de metanobacteri Gènere φC31-like viruses; espècie tipus: Fag: φC31 de Streptomyces Gènere N15-like viruses; espècie tipus: Fag N15 d’Enterobacteri
Die Einteilung der Viren in Systematiken ist kontinuierlicher Gegenstand der Forschung. So existieren neben- und nacheinander verschiedene Virusklassifikationen sowie die offizielle Virus-Taxonomie des International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Die hier behandelte Gruppe ist als Taxon durch neue Forschungen obsolet geworden oder aus anderen Gründen nicht Teil der offiziellen Virus-Taxonomie.
Die morphologisch begründete (nicht-taxonomische) Gruppe der Siphoviren (englisch siphoviruses, früher auch Morphotyp B genannt) umfasst eine Reihe von Familien, Unterfamilien und Gattungen von Viren mit einem linearen Molekül doppelsträngiger DNA(dsDNA) als Genom von ca. 22–121 kBp Länge.
Ihre Morphologie ist gekennzeichnet durch ein 50–60 nm im Durchmesser großes ikosaedrisches Kapsid mit einem 56–570 nm langen, nicht-kontraktilen Schwanzteil. Dieses Schwanzteil besteht aus übereinander gestapelten Scheiben von 7 bis 10 nm Durchmesser, die aus sechs identischen Untereinheiten aufgebaut sind. Wegen dieser für die Siphoviren charakteristischen Struktur leitet sich der Name für den Morphotyp von griechisch σίφων siphon, deutsch ‚Wasserröhre‘ ab.
Die Siphoviren haben Prokaryoten zum Wirt. Gewöhnlich sind dies Bakterien, was sie nicht-taxonomisch als Bakteriophagen klassifiziert. Es gibt aber auch Siphoviren, die Archaeen infizieren. Eine künstlerische Darstellung von Virusteilchen der Siphoviren, eine Bakterienzelle angreifend, findet sich zusammen mit Details des Schwanzaufbaus bei EurekAlert (Nov. 2020).[4]
Die Gattungen der Siphoviren unterscheiden sich hinsichtlich der Organisation des Genoms, den Mechanismen der DNA-Verpackung und dem Vorhandensein einer DNA-Polymerase. Einige Gattungen (λ-ähnliche bis L5-ähnliche Viren) haben ein isometrisches Kapsid, bei den anderen ist das Kapsid langgestreckt und nicht-isometrisches Kapsid.
Wichtige Spezies der Podoviren sind das Escherichia-Virus Lambda (Lambda-Phage, Gattung Lambdavirus), der Salmonella-Virus Chi (Chi-Phage, Gattung Chivirus), der Escherichia-Virus HK97 (HK97-Phage, Gattung Hendrixvirus), der Bacillus-Virus Gamma (Gamma-Phage, Gattung Wbetavirus)[2] und der „Enterobacteria-Phage Phi80“ (Phi80-Phage, Status zum 6. Februar 2021: Vorschlag ohne Gattungszuordnung)[5].
Die Gruppe galt lange Zeit als ein Virustaxon im Rang einer Virusfamilie mit der Bezeichnung Siphoviridae. Im März 2021 wurde vorgeschlagen, diese Familie mitsamt der Ordnung Caudovirales wegen fehlender Monophylie aufzulösen und (wie damals bereuits z. T. geschehen) durch neu zu schaffende Familien zu ersetzen, damit neue Ergebnisse aus der Metagenomik in die Taxonomie aufgenommen werden können.[6] Das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) hat dem im März 2022 entsprochen.[1] Gemäß Vorschlag bleibt die Bezeichnung „Siphoviren“ (englisch siphoviruses) aber als informeller Sammelbegriff morphologisch ähnlicher Prokaryotenviren mit einem linearen Doppelstrang-DNA-Genom erhalten.[6]
Die folgende Systematik nach ICTV (Stand 11. Juni 2021)[7] umfasst nur einen Teil der zugehörigen Spezies.
Nicht-taxonomische Gruppe Siphoviren (en. siphoviruses, „Morphotyp B“) – hier nur Vertreter, mit linearer DNA, die keiner Ordnung zugeteilt sind
Die Genom-Organisation in den Gattungen Fromanvirus (alt: L5virus), Lambdavirus (alt: Lambdalikevirus), Lomovskayavirus (alt: Phic31virus), Brussowvirus (altr: Sfi11virus), Moineauvirus (alt: Sfi21dt1virus), Skunavirus (alt: Sk1virus) und Timquatrovirus (alt: Tm4virus), sowie Psimunavirus (alt: „ψM2‐like phage“) legt nahe, dass diese eine Lambda-Supergruppe (oder -Unterfamilie) bilden könnten.[22]
Die Gattung Cetovirus wurde im März 2020 vom ICTV in die neue Familie Demerecviridae, Unterfamilie Ermolyevavirinae verschoben,[145] ebenso die Gattung Jesfedecavirus; die Gattung Tequintavirus (ehem. T5virus, T5likevirus) mit isometrischem Kapsid und den Spezies Escherichia-Virus T5 (mit 'Enterobacteria-Phage T5) sowie Salmonella-Virus Stitch etc. wurde in die Unterfamilie Markadamsvirinae dieser Familie verschoben; die Gattungen Novosibvirus und Sugarlandvirus ebenso, aber ohne Unterfamilienzuordnung. Die Gattung „Chungbukvirus“ mit Typusart „Pseudomonas-Virus Ptobp6g“ (Pseudomonas-Phage phi_Pto-bp6g)[146] weicht laut ICTV erheblich von den Sipohoviridae ab und hat Gemeinsamkeiten mit den Myoviridae; sie wird vom ICTV aktuell nicht mehr gelistet. Paenibacillus-Virus Lily wird aus der Gattung Fernvirus (früher Sitaravirus) verschoben in die neue Gattung Lilyvirus (weiter unter den Caudovirales, aber zunächst ohne Familienzuordnung).
Die Unterfamilie Tunavirinae wurde mit MSL#36 (1. Jahreshälfte 2021) zur Familie Drexlerviridae verschoben, die Gattungen teilweise dort anderen Unterfamilien zugeordnet.
Der „Megasphaera-Phage A9“ (alias „Huge Phage A9“) ist als Riesenphage vermutlich ebenfalls Mitglied der Siphoviren, infiziert Megasphaera NM10 ([en], Klasse Clostridia);[147] nicht zu verwechseln mit dem Brochothrix-Phagen A9 (Spezies Brochothrix-Virus A9, Herelleviridae).
Die Einteilung der Viren in Systematiken ist kontinuierlicher Gegenstand der Forschung. So existieren neben- und nacheinander verschiedene Virusklassifikationen sowie die offizielle Virus-Taxonomie des International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Die hier behandelte Gruppe ist als Taxon durch neue Forschungen obsolet geworden oder aus anderen Gründen nicht Teil der offiziellen Virus-Taxonomie.
Die morphologisch begründete (nicht-taxonomische) Gruppe der Siphoviren (englisch siphoviruses, früher auch Morphotyp B genannt) umfasst eine Reihe von Familien, Unterfamilien und Gattungen von Viren mit einem linearen Molekül doppelsträngiger DNA(dsDNA) als Genom von ca. 22–121 kBp Länge.
Ihre Morphologie ist gekennzeichnet durch ein 50–60 nm im Durchmesser großes ikosaedrisches Kapsid mit einem 56–570 nm langen, nicht-kontraktilen Schwanzteil. Dieses Schwanzteil besteht aus übereinander gestapelten Scheiben von 7 bis 10 nm Durchmesser, die aus sechs identischen Untereinheiten aufgebaut sind. Wegen dieser für die Siphoviren charakteristischen Struktur leitet sich der Name für den Morphotyp von griechisch σίφων siphon, deutsch ‚Wasserröhre‘ ab.
Die Siphoviren haben Prokaryoten zum Wirt. Gewöhnlich sind dies Bakterien, was sie nicht-taxonomisch als Bakteriophagen klassifiziert. Es gibt aber auch Siphoviren, die Archaeen infizieren. Eine künstlerische Darstellung von Virusteilchen der Siphoviren, eine Bakterienzelle angreifend, findet sich zusammen mit Details des Schwanzaufbaus bei EurekAlert (Nov. 2020).
Die Gattungen der Siphoviren unterscheiden sich hinsichtlich der Organisation des Genoms, den Mechanismen der DNA-Verpackung und dem Vorhandensein einer DNA-Polymerase. Einige Gattungen (λ-ähnliche bis L5-ähnliche Viren) haben ein isometrisches Kapsid, bei den anderen ist das Kapsid langgestreckt und nicht-isometrisches Kapsid.
Wichtige Spezies der Podoviren sind das Escherichia-Virus Lambda (Lambda-Phage, Gattung Lambdavirus), der Salmonella-Virus Chi (Chi-Phage, Gattung Chivirus), der Escherichia-Virus HK97 (HK97-Phage, Gattung Hendrixvirus), der Bacillus-Virus Gamma (Gamma-Phage, Gattung Wbetavirus) und der „Enterobacteria-Phage Phi80“ (Phi80-Phage, Status zum 6. Februar 2021: Vorschlag ohne Gattungszuordnung).
Die Gruppe galt lange Zeit als ein Virustaxon im Rang einer Virusfamilie mit der Bezeichnung Siphoviridae. Im März 2021 wurde vorgeschlagen, diese Familie mitsamt der Ordnung Caudovirales wegen fehlender Monophylie aufzulösen und (wie damals bereuits z. T. geschehen) durch neu zu schaffende Familien zu ersetzen, damit neue Ergebnisse aus der Metagenomik in die Taxonomie aufgenommen werden können. Das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) hat dem im März 2022 entsprochen. Gemäß Vorschlag bleibt die Bezeichnung „Siphoviren“ (englisch siphoviruses) aber als informeller Sammelbegriff morphologisch ähnlicher Prokaryotenviren mit einem linearen Doppelstrang-DNA-Genom erhalten.
Siphoviridae is a family of double-stranded DNA viruses in the order Caudovirales. Bacteria and archaea serve as natural hosts. There are 1,166 species in this family, assigned to 366 genera and 22 subfamilies.[2][3] The characteristic structural features of this family are a nonenveloped head and noncontractile tail.
Viruses in Siphoviridae are non-enveloped, with icosahedral and head-tail geometries[2] (morphotype B1) or a prolate capsid (morphotype B2), and T=7 symmetry. The diameter is around 60 nm.[2] Members of this family are also characterized by their filamentous, cross-banded, noncontractile tails, usually with short terminal and subterminal fibers. Genomes are double stranded and linear, around 50 kb in length,[2] containing about 70 genes. The guanine/cytosine content is usually around 52%.
Viral replication is cytoplasmic. Entry into the host cell is achieved by adsorption into the host cell. Replication follows the replicative transposition model. DNA-templated transcription is the method of transcription. Translation takes place by -1 ribosomal frameshifting, and +1 ribosomal frameshifting. The virus exits the host cell by lysis, and holin/endolysin/spanin proteins.[2] Bacteria and archaea serve as the natural host. Transmission routes are passive diffusion.[2]
The following subfamilies are recognized:[3]
The following genera are unassigned to a subfamily:[3]
Please note that genus Inceonvirus is likely misspelled Incheonvirus.
Siphoviridae is a family of double-stranded DNA viruses in the order Caudovirales. Bacteria and archaea serve as natural hosts. There are 1,166 species in this family, assigned to 366 genera and 22 subfamilies. The characteristic structural features of this family are a nonenveloped head and noncontractile tail.
Siphoviridae es una familia de virus que infectan procariotas (bacterias y arqueas). La familia contiene 22 subfamilias, 366 géneros y 1166 especies. Los rasgos estructurales característicos de esta familia son una cabeza no envuelta y una cola no contráctil.
Los viriones tienen cápsides con geometrías icosaédricas y cabeza-cola (morfotipo B1) o una cápside alargada (morfotipo B2), y simetría T = 7. No poseen envoltura vírica. El diámetro es de unos 60 nm. Los virus de esta familia también se caracterizan por sus colas filamentosas, con bandas cruzadas y no contráctiles, generalmente con fibras terminales y subterminales cortas. Los genomas lineales y de ADN bicatenario con alrededor de 50 kb de longitud y contienen alrededor de 70 genes. El contenido de guanina/citosina suele rondar el 52%.
La replicación viral se produce en el citoplasma. La entrada en la célula huésped se logra mediante adsorción en la célula huésped. La replicación sigue el modelo de transposición replicativa. La transcripción con plantilla de ADN es el método de transcripción. La traducción se realiza mediante un desplazamiento del marco ribosómico -1 y un desplazamiento del marco ribosómico +1. El virus sale de la célula huésped por lisis y proteínas holina/endolisina/spanina. Las bacterias y las arqueas sirven como hospedadores naturales. Las rutas de transmisión son por difusión pasiva.
Se han descrito las siguientes subfamilias y géneros:
Los siguientes géneros no fueron asignados a una subfamilia:
Siphoviridae es una familia de virus que infectan procariotas (bacterias y arqueas). La familia contiene 22 subfamilias, 366 géneros y 1166 especies. Los rasgos estructurales característicos de esta familia son una cabeza no envuelta y una cola no contráctil.
Siphoviridae est une famille de virus à ADN double brin de l'ordre des Caudovirales. Ils infectent les bactéries et les archées qui sont donc ses hôtes naturels. Il y a 1 166 espèces dans cette famille, réparties en 366 genres et 22 sous-familles.[1],[2] Les caractéristiques structurelles caractéristiques de cette famille sont une tête non enveloppée et une queue non contractile.
Les virus appartenant à Siphoviridae sont non enveloppés et possède une capside icosaédrique[1], comme le reste des Duplodnaviria, ou une capside allongée. Leur diamètre est d'environ 60 nm.[1] Les membres de cette famille sont également caractérisés par leurs queues filamenteuses, à bandes croisées, non contractiles, et dotés généralement avec de courtes fibres terminales. L'ADN est à double brin et linéaire, d'une longueur d'environ 50 kb[1], contenant environ 70 gènes. Le taux de guanine/cytosine est en moyenne d'environ 52%.
La réplication virale se fait dans le cytoplasme de l'hôte. L'entrée dans la cellule hôte se fait par adsorption, la réplication suit alors le modèle de transposition réplicatif par ADN. Le virus sort de la cellule hôte en la lysant ou par les protéines holine/endolysine/spanine.[1]
Siphoviridae est une famille de virus à ADN double brin de l'ordre des Caudovirales. Ils infectent les bactéries et les archées qui sont donc ses hôtes naturels. Il y a 1 166 espèces dans cette famille, réparties en 366 genres et 22 sous-familles., Les caractéristiques structurelles caractéristiques de cette famille sont une tête non enveloppée et une queue non contractile.
I Siphoviridae sono una famiglia di virus facente parte dell'ordine Caudovirales, nel gruppo I della Classificazione di Baltimore[1]. Di questa famiglia fa parte il fago lambda.
Come tutti i batteriofagi caudati il capside non rivestito è composto da una "testa" e da una "coda". La testa ha simmetria icosaedrica e diametro di 60 nm. La coda filamentosa non è contrattile e può presentare una notevole variabilità di dimensioni a seconda della specie. La lunghezza è compresa tra 65 e 570 nm, la larghezza tra 7 e 10 nm. La coda è dotata di fibre terminali e subterminali. Il capside è formato da 72 capsomeri[2].
Il genoma non segmentato è costituito da un'unica molecola di DNA lineare a doppio filamento. È lungo 48 kbp e ha un contenuto guanina+citosina del 52%. Codifica per 70 geni. L'acido nucleico costituisce il 54% della massa del virione ed è contenuto nella testa[2].
Il virus attacca i batteri dei phylum Proteobacteria e Firmicutes[2]. La particella virale si attacca alla cellula ospite tramite le fibre della coda, e attraverso questa il DNA viene iniettato nel citoplasma. Il DNA virale può essere circolarizzato o integrato nel genoma dell'ospite. Vengono trascritti e tradotti i geni "precoci" e replicato il DNA virale, successivamente vengono trascritti e tradotti i geni "tardivi", che codificano per le proteine del capside e per quelle necessarie al suo assemblaggio, che avviene nel citoplasma. I nuovi virioni vengono rilasciati nell'ambiente esterno tramite lisi[3].
I Siphoviridae sono una famiglia di virus facente parte dell'ordine Caudovirales, nel gruppo I della Classificazione di Baltimore. Di questa famiglia fa parte il fago lambda.
長尾病毒科是一種雙股DNA病毒，只會感染細菌，外表型態具有長無收縮性的尾鞘，衣殼為正多面體或扁形λ、T5 噬菌體為代表種。
長尾病毒科具有直徑55-60nm的衣殼，尾鞘的長度可達570nm，核酸為線型dsDNA，此科下的病毒包括噬菌體λ、χ和φ80。
長尾病毒科是一種雙股DNA病毒，只會感染細菌，外表型態具有長無收縮性的尾鞘，衣殼為正多面體或扁形λ、T5 噬菌體為代表種。
長尾病毒科具有直徑55-60nm的衣殼，尾鞘的長度可達570nm，核酸為線型dsDNA，此科下的病毒包括噬菌體λ、χ和φ80。
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サイフォウイルス科(Siphoviridae)は、細菌のみに感染する2本鎖DNAウイルスの科である。これらのウイルスは、バクテリオファージとも呼ばれる。この科の特徴的な構造は、エンベロープのない頭部と非収縮性の尾部である。
この科のウイルスのビリオンは、正二十面体のカプシド（多型B1）または長球のカプシド（多型B2）を持つ。これらのカプシドにはエンベロープがなく、直径は60m程度である。この科のウイルスのもう1つの特徴として、繊維状で非収縮性の尾部がある。
サイフォウイルス科のゲノムは、2本鎖で直鎖状である。長さは約50kbで、約70個の遺伝子を含む。グアニン/シトシン含量は、約52%である。
L5様、ラムダ様、Phic3una様等の属の遺伝子組織は、これらがラムダ亜科を形成していることを示している[2]。
C2様ウイルス属は、扁円の頭部を持つ。
以下のウイルスは属に分類されている[3]。
上記のウイルスに加え、サイフォウイルス科の多くのウイルスが属に割り当てられない未分類として残されている[4]。このグループには、乳酸菌、マイコバクテリウム属、レンサ球菌やその他の細菌に感染することが知られている多くのファージを含む。
サイフォウイルス科(Siphoviridae)は、細菌のみに感染する2本鎖DNAウイルスの科である。これらのウイルスは、バクテリオファージとも呼ばれる。この科の特徴的な構造は、エンベロープのない頭部と非収縮性の尾部である。
