Стебло чотиригранне заввишки 15-50 см. Листки супротивні, довгасто-ланцетовидні. Квітки синьо-фіолетові, зібрані на верхівці стебла в шестиквіткову мутовку. Цвіте в липні-серпні.
Лікарською сировиною є трава. Рослина містить ефірну олію, по запаху нагадує мелісову. Якщо зібрати траву в кінці цвітіння, то запах лимона буде відчутним протягом 3-х років.
Настій трави в народній медицині вважається в'яжучим, протиспазматичним, знеболюючим засобом. Рекомендують при шлунково-кишкових захворюваннях, прискореному серцебитті, головному болі, застудних захворюваннях.
Настоєм полощуть рот при зубному болі; свіже подрібнене листя прикладають до ран, що гнояться; трав'яні припарки і компреси використовують при ударах і ревматизмі.
На думку лікарів Тибету, змієголовник «лікує підвищену температуру шлунка та печінки».