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水马齿目是1981年的克朗奎斯特分类法列出的一个目,包括3科,其依据是外部形态,本目植物的特点是花中只有一根雄蕊。1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法认为应该取消这个目,其属下的水穗草科被分到山茱萸目之下,其他两个科直接合并到车前科中,2003年经过修订的APG II 分类法维持原分类。