Рацион малого фламинго довольно ограничен. Его основу составляют микроскопические сине-зелёные (Arthrospira, Oscillatoria, Lyngbya) и диатомовые (Navicula, Bacillariophyceae) водоросли. При пересыхании озёр и гибели основных кормов употребляет в пищу мелких беспозвоночных, в частности коловраток Brachionus и артемий (Artemia salina). Частое соседство с красным фламинго не создаёт кормовой конкуренции между этими двумя видами, поскольку различное строение клюва позволяет птицам питаться разнокалиберными кормами, более мелкими в случае описываемого вида. К тому же, малый фламинго добывает корм в верхних слоях воды, частично погружая клюв на глубину 3—6 см, тогда как красный кормится возле поверхности дна. По оценкам специалистов, в озере Накуру в годы массового поселения фламинго суммарная биомасса употребляемых в пищу сине-зелёных водорослей Arthrospira fusiformis (другое название организма — Spirulina platensis) составляет 36 тонн[8], в то время как потребность каждой особи составляет около 60 г в сутки[2]. Для утоления жажды птицы пьют солёную, родниковую и дождевую воду. В противоположность красному фламинго малый больше активен в тёмное время суток, днём предпочитая отдыхать, стоя на одной ноге. Корм добывает в верхних слоях воды, не погружая полностью клюв в воду. Часто плавает[2].
Половая зрелость предположительно достигается в возрасте 3—4 лет[9]. Как и все виды в семействе, малый фламинго моногамен и гнездится большими колониями; пары могут сохраняться в течение нескольких лет. Сроки размножения нерегулярны: малый фламинго способен гнездиться не каждый год и в различное время года, даже в пределах одного и того же биотопа. Тем не менее, чаще всего откладка яиц и выведение птенцов в Южной Азии приходится на период с сентября по ноябрь, в Восточной и Южной Африке на период с ноября по февраль. В западной Африке сроки размножения фламинго не подтверждены[9].
В брачном поведении фламинго обязательны элементы группового «танца», что достаточно редко встречается среди животных. За несколько месяцев до спаривания самцы начинают возбуждаться — это проявляется в характерных позах и движениях, в которых одновременно принимают участие сотни и даже тысячи птиц. В одной из таких поз самцы вытягивают шею вертикально вверх и запрокидывают к небу клюв; в таком положении они ритмично покачивают головой из стороны в сторону. Другая брачная поза напоминает возбуждённое поведение гусей — фламинго вытягивают шею, расправляют на несколько секунд крылья и взъерошивает перья хвоста. В третьем положении птицы массово изображают короткую чистку перьев, приподняв крыло и запрокинув клюв назад. Наконец, в четвёртой позе все птицы синхронно бегут в одном направлении с высоким подниманием ног, после чего вдруг резко останавливаются и поворачиваются в другую сторону. Специалисты объясняют такое поведение стимулированием половых гормонов у большого количества птиц, что способствует их эффективному размножению[2].
Спаривание, во время которого самка нередко вынуждена упираться клювом в субстрат, происходит на мелководье либо на суше[5]. Гнёзда, ежегодно выстроенные заново, расположены на мелководье, затапливаемом илистом или гипсовом участке берега либо на небольшом островке. Они представляют собой кучи высохшей грязи в форме пенька или усечённого конуса с углублением в верхней части. Вокруг гнёзд образуется канавка, обычно заполненная водой. Диаметр гнёзд в основании достигает 35—56 см, в верхней части 22—40 см, высота гнёзд в среднем составляет 30—35 см[2]. Высокая постройка имеет ряд преимуществ. Во-первых, в сезон проливных дождей вода в водоёме поднимается и может затопить кладку, если она расположена низко над поверхностью земли. К тому же в Восточной Африке температура на возвышении не поднимается выше 30—35 °C, что позволяет не допустить перегрева кладки (у поверхности земли она достигает 50—55 °C)[2]. Насиживают по очереди самец и самка в течение 28 суток, причём в жаркую погоду сам процесс насиживания заключается в создании тени над гнездом, призванной защитить кладку от перегрева[5]. В кладке одно, реже два яйца белой окраски, их размеры в среднем составляют 78 х 49 мм, масса около 115 г[2].
Птенцы выводкого типа. При появлении на свет они покрыты густым беловатым пухом, имеют прямой короткий клюв и короткие толстые ноги. Несмотря на то, что уже через несколько дней они покидают гнездо и внешне выглядят вполне самостоятельными, их неразвитый фильтровальный аппарат не позволяет им самим добывать корм. С другой стороны, в пищеводе родителей формируется питательная смесь — «молочко», по питательной ценности не уступающее молоку млекопитающих. Такой смесью, в состав которой помимо всего прочего входят кровь и лимфа, взрослые выкармливают потомство первые две недели (подобный способ кормления также характерен для пингвинов и голубей). Впоследствии молочко заменяется наполовину переваренной пищей, вскармливание продолжается вплоть до 10-недельного возраста. Через две недели после вылупления клюв начинает постепенно изгибаться, в начале второго месяца первоначальный белый пух заменяется вторичным серым, ещё через две недели появляются первые признаки оперения. К концу второго месяца молодые делают первые попытки добыть корм, хотя их клюв ещё недостаточно развит для этого. Способность к полёту проявляется в возрасте 11 недель. Ювенальный серый наряд сменяется взрослым беловато-розовым только на третьем году жизни[5].
Малый фламинго обычно заселяет биотопы, непригодные для жизни большинства других организмов — по этой причине у них не так много природных врагов. Гнёзда птиц иногда разоряют африканский ушастый и африканский белогорлый грифы, обыкновенный стервятник, аист марабу. Последний также нападает и на взрослых птиц[10]. Потенциальную опасность для лётных фламинго представляют орлан-крикун, павианы, лев, леопард, гепард и шакал.
Гораздо больший вред птицам приносят засухи и наводнения, в результате которых озёра либо высыхают, выкристаллизовывая соль и щёлочи, либо наоборот заполняются, затапливая прибрежные гнёзда в период размножения. В немалой степени этому способствует хозяйственная деятельность человека. Так, исследование в районе озера Накуру в Кении показало, что увеличение потребности воды вследствие урбанизации и развития сельского хозяйства привело к истощению водотоков, снабжающих озеро водой. В результате водоём ежегодно пересыхал в 1993—1997 и 2003—2004 годах, что привело к образованию гипсовых наростов — своего рода «кандалов» — на ногах птиц и их массовой гибели в 1993, 1995, 2002, 2004 и 2006 годах[11][5]. На основании другого исследования, проведённого в 2000-х годах на озёрах Богория, Накуру и Олоидиен, был сделан вывод, что периодическое повышение в воде концентрации цианобактерии Anabaenopsis приводило к блокированию фильтрующего органа птиц и образованию цианотоксинов, повышающих восприимчивость птиц к инфекционным заболеваниям[12].
Рацион малого фламинго довольно ограничен. Его основу составляют микроскопические сине-зелёные (Arthrospira, Oscillatoria, Lyngbya) и диатомовые (Navicula, Bacillariophyceae) водоросли. При пересыхании озёр и гибели основных кормов употребляет в пищу мелких беспозвоночных, в частности коловраток Brachionus и артемий (Artemia salina). Частое соседство с красным фламинго не создаёт кормовой конкуренции между этими двумя видами, поскольку различное строение клюва позволяет птицам питаться разнокалиберными кормами, более мелкими в случае описываемого вида. К тому же, малый фламинго добывает корм в верхних слоях воды, частично погружая клюв на глубину 3—6 см, тогда как красный кормится возле поверхности дна. По оценкам специалистов, в озере Накуру в годы массового поселения фламинго суммарная биомасса употребляемых в пищу сине-зелёных водорослей Arthrospira fusiformis (другое название организма — Spirulina platensis) составляет 36 тонн, в то время как потребность каждой особи составляет около 60 г в сутки. Для утоления жажды птицы пьют солёную, родниковую и дождевую воду. В противоположность красному фламинго малый больше активен в тёмное время суток, днём предпочитая отдыхать, стоя на одной ноге. Корм добывает в верхних слоях воды, не погружая полностью клюв в воду. Часто плавает.