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分類 界 : 動物界 Animalia 門 : 脊索動物門 Chordata 亜門 : 脊椎動物亜門 Vertebrata 綱 : 鳥綱 Aves 上目 : 新顎上目 Neognathae 階級なし : Neoaves 目 : コウノトリ目 Ciconiiformes 学名 Ciconiiformes Bonaparte, 1854 科 コウノトリ目（コウノトリもく、学名：Ciconiiformes）は、鳥類の1目である。
かつては数科が属したが、単系統ではなかったため、近年の分類ではコウノトリ科のみを残してペリカン目に移される[1]。
コウノトリ目はペリカン目と近縁で、現代的な分類では姉妹群である[2]。伝統的な分類ではハシビロコウ科までがコウノトリ目だった。
その他のペリカン目
ここでは伝統的なコウノトリ目について述べる。
クチバシ、首、脚が長い、中大型の渉禽類である。淡水や海岸にすみ、昆虫、小型の甲殻類、魚など主に動物性の餌を捕食する。足は3前趾足（趾が前に3本、後ろに1本）で、水かきはないかあっても小さい。
渉禽という以外に共通性が少なく、以前から単系統性は疑問視されてきた。
コウノトリ目に何を含めるかについては諸説あったが、現代的な視点では、これらはいずれも単系統ではなかった。
DNA - DNA分子交雑法を用いたSibley-Ahlquist鳥類分類でのコウノトリ目は、2亜目30科1022種が属する（Sibleyらによる数であり、以前のあるいは現在の分類では異なる）非常に大きな目となっていた。鳥類全体の科の約20%、種の約10%である[3]。名称がコウノトリ目となったのは命名規則のためで、狭義のコウノトリ目が特別な位置にあるわけではない。
現在判明している系統図上にプロットすると、ネオアヴェスの非常に広い範囲に分散した多系統となっている[4]。4種類の記号●■▲★は4つの下目 ((サケイ下目, チドリ下目), (ハヤブサ下目, コウノトリ下目)) に対応している。
Neoavesブッポウソウ目+キツツキ目+サイチョウ目+キヌバネドリ目+オオブッポウソウ目
タカ亜目▲
シギ亜目■
その他のカモメ亜目■
'狭義のコウノトリ目'★
アビ目★
サケイ目●
Sibleyらは系統樹をUPGMAで再構成したため、進化速度の不均一に対しては、進化速度が遅い系統同士を結びつける間違いをしやすい。実際、広義のコウノトリ目に含まれる系統は、進化速度が遅いものが多い[4]。進化速度はさまざまな要因で決まるが、要因のひとつとして世代期間があり、大型で世代期間が長ければ進化速度は遅くなる。Sibleyらも、世代期間が短く進化速度が速いミフウズラ科の系統位置が正しく求まっていない可能性に言及しており[5]、それは実際の系統図上では、進化速度が遅いチドリ目が広義のコウノトリ目に含まれた中で、例外的に進化速度が速いミフウズラ科は含まれないという形で現れている。
Sibleyらが正しかったように見える点として、広義のコウノトリ目には、当時は考えられていなかった2つの単系統
が含まれていた。特に water birds は、Sibleyらの系統ではコウノトリ下目内の単系統（だとSibleyらが考えたグループ）[5]であるカツオドリ小目+コウノトリ小目にほぼ一致する。ただしこのグループには他に、実際には類縁関係にないコンドル科とフラミンゴ科も含まれていた。一方、フラミンゴ目とカイツブリ目はコウノトリ下目の中で離れた位置にあり、特に近縁とはされていなかった。
タカ目と狭義のコウノトリ目については「骨格が似ていること、樹上に巣を架ける習性、また孵化したばかりの幼鳥の相似」などから、両者は近い系統ではないかという指摘が Sibley 以前からあり、これを裏付ける結果となっていた。特にタカ目のコンドル科は複数の系統解析でコウノトリに近いとされ、アメリカ鳥学会でもコンドルはコウノトリグループに組み入れられていた。しかし実際には、タカ目と狭義のコウノトリ目は系統的に大きく離れている。コンドル科の系統位置は細部についてはまだ議論があるものの、他のタカ目と同じ land birds 系統の内部にとどまり、狭義のコウノトリ目に近縁ということはない。
Livezey & Zusi (2007)[6]は形態系統に基づき、コウノトリ目からサギ科とハシビロコウ科をサギ目とハシビロコウ目として分離し、新たにフラミンゴ科を加えた。
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