微囊藻屬（學名：Microcystis）是色球藻目藍菌的一個屬，常見於淡水中，其中包含會造成有害藻華的铜绿微囊藻（Microcystis aeruginosa），其毒素會導致肝臟、膽囊病變[1]。
微囊藻的學名Microcystis來自拉丁文的mikros（小）與kystis（囊狀物）[2]。
如命名所顯示，微囊藻的特徵是小型的細胞，且沒有鞘的包覆[2]。細胞常聚集成大至肉眼可見的群落，本為圓形，但隨細胞數增多會逐漸出現孔洞並變不規則。其原生質體的顏色為淺藍綠色，但充滿氣體的囊泡常會呈暗色，這是在光學顯微鏡下用來鑑別微囊藻的特徵之一。
微囊藻屬包含以下數個物種[3] ：
