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Amalgaviridae

Amalgaviridae ( Anglèis )

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Amalgaviridae is a family of double-stranded RNA viruses. Member viruses infect plants and are transmitted vertically via seeds.[1] The name derives from amalgam (blend, mix) which refers to amalgaviruses possessing characteristics of both partitiviruses and totiviruses.[1][2] There are ten species in the family.[3]

Genome

Amalgavirus genomes are monopartite and about 3.5 kilobases in length.[2][4] They have two partially overlapping open reading frames which encode the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and a putative capsid protein.[2][5]

Evolution

It has been suggested that amalgaviruses have evolved via recombination between viruses with double-stranded and negative-strand RNA genomes.[6] Phylogenetic analysis indicates that the amalgavirus RdRp forms a sister clade to the corresponding RdRp protein of partitiviruses (Partitiviridae) which have segmented (bipartite) dsRNA genomes and infect plants, fungi and protists.[1][2][4][6] By contrast, the putative capsid protein of amalgaviruses is homologous to the nucleocapsid proteins of negative-strand RNA viruses of the genera Phlebovirus (Bunyaviridae) and Tenuivirus.[6]

Taxonomy

The family Amalgaviridae has two genera and ten species:[3]

Amalgavirus

Zybavirus

References

Wikispecies has information related to Amalgaviridae.
  1. ^ a b c d Martin, R. R.; Zhou, J; Tzanetakis, I. E. (2011). "Blueberry latent virus: An amalgam of the Partitiviridae and Totiviridae". Virus Research. 155 (1): 175–80. doi:10.1016/j.virusres.2010.09.020. PMID 20888379.
  2. ^ a b c d e Sabanadzovic, S; Valverde, R. A.; Brown, J. K.; Martin, R. R.; Tzanetakis, I. E. (2009). "Southern tomato virus: The link between the families Totiviridae and Partitiviridae". Virus Research. 140 (1–2): 130–7. doi:10.1016/j.virusres.2008.11.018. PMID 19118586.
  3. ^ a b "Taxonomy". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Retrieved 21 March 2020.
  4. ^ a b c Sabanadzovic, S; Abou Ghanem-Sabanadzovic, N; Valverde, R. A. (2010). "A novel monopartite dsRNA virus from rhododendron". Archives of Virology. 155 (11): 1859–63. doi:10.1007/s00705-010-0770-5. PMID 20721591. S2CID 13303861.
  5. ^ a b Liu, W; Chen, J (2009). "A double-stranded RNA as the genome of a potential virus infecting Vicia faba". Virus Genes. 39 (1): 126–31. doi:10.1007/s11262-009-0362-1. PMID 19472044. S2CID 10806942.
  6. ^ a b c Krupovic M, Dolja VV, Koonin EV (2015). "Plant viruses of the Amalgaviridae family evolved via recombination between viruses with double-stranded and negative-strand RNA genomes". Biol Direct. 10 (1): 12. doi:10.1186/s13062-015-0047-8. PMC 4377212. PMID 25886840.
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Amalgaviridae: Brief Summary ( Anglèis )

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Amalgaviridae is a family of double-stranded RNA viruses. Member viruses infect plants and are transmitted vertically via seeds. The name derives from amalgam (blend, mix) which refers to amalgaviruses possessing characteristics of both partitiviruses and totiviruses. There are ten species in the family.

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Amalgaviridae ( Spagneul; Castilian )

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Amalgaviridae es una familia de virus de ARN bicatenario que infectan plantas y hongos. En las plantas se transmiten verticalmente a través de las semillas. La familia contiene dos géneros y diez especies.[1]

Características

Los genomas de los amalgavirus son monopartitos y tienen una longitud de aproximadamente 3,5 kilobases. Tienen dos marcos de lectura abiertos parcialmente superpuestos que codifican la ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRP) y una supuesta proteína de la cápside. Están compuestos por una nucleocápside similar a la de los Phlebovirus y Tenuivirus, sin envoltura vírica. La replicación viral se produce en el núcleo.[2][3]

Origen y evolución

Se ha sugerido que los amalgavirus se originaron mediante un evento de recombinación genética entre virus de ARN bicatenario y virus de ARN monocatenario negativo. Los análisis filogenéticos indican que la RdRP de los amalgavirus forma un grupo hermano de las RdRP de los partitivirus (Partitiviridae) e hipovirus (Hypoviridae) que tienen genomas de ARN bicatenario segmentados (bipartitos) y que infectan plantas, hongos y protistas. Por el contrario, las supuestas proteínas de la cápside de los amalgavirus es homóloga a las proteínas de las nucleocápsides de los virus de ARN monocatenario negativo de los géneros Phlebovirus y Tenuivirus (Phenuiviridae).[4]

Géneros y especies

Contiene los siguientes géneros y especies:[1]

  • Amalgavirus
    • Allium cepa amalgavirus 1
    • Allium cepa amalgavirus 2
    • Blueberry latent virus
    • Rhododendron virus A
    • Southern tomato virus
    • Spinach amalgavirus 1
    • Vicia cryptic virus M
    • Zoostera marina amalgavirus 1
    • Zoostera marina amalgavirus 2
  • Zybavirus
    • Zygosaccharomyces bailii virus Z

El género Amalgavirus infecta plantas, mientras que Zybavirus infecta hongos.

Referencias

  1. a b «Taxonomy». International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Consultado el 21 March 2020.
  2. Sabanadzovic, S; Abou Ghanem-Sabanadzovic, N; Valverde, R. A. (2010). «A novel monopartite dsRNA virus from rhododendron». Archives of Virology 155 (11): 1859-63. PMID 20721591. doi:10.1007/s00705-010-0770-5.
  3. Liu, W; Chen, J (2009). «A double-stranded RNA as the genome of a potential virus infecting Vicia faba». Virus Genes 39 (1): 126-31. PMID 19472044. doi:10.1007/s11262-009-0362-1.
  4. Krupovic M, Dolja VV, Koonin EV (2015). «Plant viruses of the Amalgaviridae family evolved via recombination between viruses with double-stranded and negative-strand RNA genomes». Biol Direct 10 (1): 12. PMC 4377212. PMID 25886840. doi:10.1186/s13062-015-0047-8.
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Amalgaviridae: Brief Summary ( Spagneul; Castilian )

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Amalgaviridae es una familia de virus de ARN bicatenario que infectan plantas y hongos. En las plantas se transmiten verticalmente a través de las semillas. La familia contiene dos géneros y diez especies.​

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Amalgaviridae ( Fransèis )

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Les Amalgaviridae sont une famille de virus de l'ordre des Durnavirales qui comprend deux genres et dix espèces. Ce sont des virus à ARN à double brin, rattachés au groupe III de la classification Baltimore, qui infectent principalement les plantes (phytovirus), une espèce infectant des champignons (mycovirus).

Étymologie

Le nom de famille « Amalgaviridae » dérive du terme « amalgame », en référence au mélange d'homologies avec les Totiviridae et les Partitiviridae qui caractérise la famille des Amalgaviridae[3], suivi du suffixe -viridae qui caractérise les noms de familles de virus.

Génome

Les virus de la famille des Amalgaviridae ont un génome monopartite d'environ 3,5 kilobases[4],[5]. Il présente deux cadres de lecture ouverts qui se chevauchent partiellement et codent l' ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp) et une protéine de capside supposée[4],[6].

Liste des genres et espèces

Selon ICTV[7] :

  • Amalgavirus
    • Allium cepa amalgavirus 1
    • Allium cepa amalgavirus 2
    • Blueberry latent virus[8]
    • Rhododendron virus A[5]
    • Southern tomato virus (espèce-type)[4]
    • Spinach amalgavirus 1
    • Vicia cryptic virus M[6]
    • Zoostera marina amalgavirus 1
    • Zoostera marina amalgavirus 2
  • Zybavirus
    • Zygosaccharomyces bailii virus Z (espèce-type)

Notes et références

  1. ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses. Taxonomy history. Published on the Internet https://talk.ictvonline.org/., consulté le 24 janvier 2021
  2. NCBI, consulté le 21 décembre 2020
  3. (en) « Amalgavirus », sur ViralZone (consulté le 20 décembre 2020).
  4. a b et c (en) S Sabanadzovic, R. A. Valverde, J. K. Brown, R. R. Martin et I. E. Tzanetakis, « Southern tomato virus: The link between the families Totiviridae and Partitiviridae », Virus Research, vol. 140, nos 1–2,‎ 2009, p. 130–7 (DOI ).
  5. a et b (en) S Sabanadzovic, N Abou Ghanem-Sabanadzovic et R. A. Valverde, « A novel monopartite dsRNA virus from rhododendron », Archives of Virology, vol. 155, no 11,‎ 2010, p. 1859–63 (DOI ).
  6. a et b (en) W Liu et J Chen, « A double-stranded RNA as the genome of a potential virus infecting Vicia faba », Virus Genes, vol. 39, no 1,‎ 2009, p. 126–31 (DOI ).
  7. (en) « Virus Taxonomy: 2019 Release », sur ICTV, juillet 2019 (consulté le 21 décembre 2020).
  8. (en) R. R. Martin, J Zhou et I. E. Tzanetakis, « Blueberry latent virus: An amalgam of the Partitiviridae and Totiviridae », Virus Research, vol. 155, no 1,‎ 2011, p. 175–80 (DOI ).

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Amalgaviridae: Brief Summary ( Fransèis )

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Les Amalgaviridae sont une famille de virus de l'ordre des Durnavirales qui comprend deux genres et dix espèces. Ce sont des virus à ARN à double brin, rattachés au groupe III de la classification Baltimore, qui infectent principalement les plantes (phytovirus), une espèce infectant des champignons (mycovirus).

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