Тип: Verrucomicrobia
Международное научное название
Verrucomicrobia Hedlund 1997[1]
Систематика
на Викивидах
Изображения
на Викискладе ITIS 956126NCBI 74201EOL 289 Verrucomicrobia (лат., от лат. verruca — бугорок) — тип бактерий, к которому относятся в основном некультивируемые формы. Как указывают метагеномные данные, в природе они распространены исключительно широко. Они составляют от 1 до 10 % почвенной микробиоты и потому имеют важное экологическое значение[2].
Описание
Представители Verrucomicrobia — грамотрицательные бактерии, у многих из которых на поверхности имеются простеки (бугорки), за что тип и получил своё название. Клетки — палочковидные, овоидные, одиночные или в парах, веретеновидные. У Prosthecobacter[en] на одном из конце клетки имеется уникальное бульбовидное утолщение. По типу питания Verrucomicrobia — хемоорганогетеротрофы и сбраживают разнообразные сахара[3]. Некоторые представители способны окислять метан при экстремально низких значениях рН[4][5].
Среди Verrucomicrobia есть анаэробы, факультативные анаэробы и аэробы; лучше всего представители филы растут при температуре 25 °C и pH от 4 до 7. Помимо почв, встречаются в пресноводных водоёмах, пелагиали и желудочно-кишечном тракте человека[3].
Систематика
По данным филогенетического анализа, ближайшими родственниками Verrumicrobia являются представители типа Chlamydiae[en][6]. В 2008 году был секвенирован и опубликован геном одного из представителей типа, Methylacidiphilum infernorum[en]. Его анализ указал на возможное родство Verrumicrobia и протеобактерий[7].
Филогения
Ниже представлено филогенетическое дерево Verrumicrobia, построенное по последовательностям 16S рРНК в рамках проекта The All-Species Living Tree[en].
Verrumicrobia Opitutae Puniceicoccaceae Coraliomargarita akajimensis
Puniceicoccus vermicola
Cerasicoccus arenae
Opitutaceae Opitutus terrae[en]
Alterococcus agarolyticus
Pelagicoccus P. croceus
P. mobilis (типовой вид)
P. albus
P. litoralis
Verrucomicrobiales Limisphaera ngatamarikiensis
Verrucomicrobiaceae Terrimicrobium sacchariphilum
Verrucomicrobium spinosum[en]
Roseimicrobium gellanilyticum
Prosthecobacter P. fluviatilis
P. vanneervenii
Brevifollis gellanilyticus
P. algae
P. dejongeii
P. debontii
P. fusiformis (типовой вид)
Akkermansia muciniphila[en]
Luteolibacter L. cuticulihirudinis
L. pohnpeiensis (типовой вид)
L. algae
L. luojiensis
L. yonseiensis
Haloferula H. luteola
H. sargassicola
H. helveola
H. phyci
H. harenae
H. chungangensis
H. rosea (типовой вид)
Roseibacillus R. persicicus
R. ishigakijimensis (типовой вид)
R. ponti
Persicirhabdus sediminis
Rubritalea R. sabuli
R. halochordaticola
R. squalenifaciens
R. marina (типовой вид)
R. spongiae
R. tangerina
Классификация
На декабрь 2017 года в тип включают следующие таксоны до рода включительно[8]:
Примечания
-
↑ Hedlund B. P., Gosink J. J., Staley J. T. Verrucomicrobia div. nov., a new division of the bacteria containing three new species of Prosthecobacter. (англ.) // Antonie Van Leeuwenhoek. — 1997. — July (vol. 72, no. 1). — P. 29—38. — PMID 9296261. [исправить]
-
↑ Пиневич, 2006, с. 127—128.
-
↑ 1 2 Пиневич, 2006, с. 128.
-
↑ Pol Arjan, Heijmans Klaas, Harhangi Harry R., Tedesco Dario, Jetten Mike S. M., Op Den Camp Huub J. M. Methanotrophy below pH 1 by a new Verrucomicrobia species // Nature. — 2007. — Vol. 450. — P. 874—878. — ISSN 0028-0836. — DOI:10.1038/nature06222. [исправить]
-
↑ Dunfield P. F., Yuryev A., Senin P., Smirnova A. V., Stott M. B., Hou S., Ly B., Saw J. H., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Mountain B. W., Crowe M. A., Weatherby T. M., Bodelier P. L., Liesack W., Feng L., Wang L., Alam M. Methane oxidation by an extremely acidophilic bacterium of the phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Nature. — 2007. — Vol. 450, no. 7171. — P. 879—882. — DOI:10.1038/nature06411. — PMID 18004300. [исправить]
-
↑ Griffiths E., Gupta R. S. Phylogeny and shared conserved inserts in proteins provide evidence that Verrucomicrobia are the closest known free-living relatives of chlamydiae. (англ.) // Microbiology (Reading, England). — 2007. — August (vol. 153, no. Pt 8). — P. 2648—2654. — DOI:10.1099/mic.0.2007/009118-0. — PMID 17660429. [исправить]
-
↑ Hou S., Makarova K. S., Saw J. H., Senin P., Ly B. V., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Galperin M. Y., Omelchenko M. V., Wolf Y. I., Yutin N., Koonin E. V., Stott M. B., Mountain B. W., Crowe M. A., Smirnova A. V., Dunfield P. F., Feng L., Wang L., Alam M. Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Biology Direct. — 2008. — 1 July (vol. 3). — P. 26—26. — DOI:10.1186/1745-6150-3-26. — PMID 18593465. [исправить]
-
↑ Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria) : Version 2.0 : [англ.] // LPSN. — 2016. — 2 October.
