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Els Podoviridae són una família de virus tenen bacteris com a hoste. La família inclou els següents gèneres:[1]
Pertanyen al grup I de la Classificació de Baltimore. Es caracteritzen per tenir un genoma amb ADN de cadena doble com àcid nucleic i per disposar aquesta informació genètica en una càpsid sense estar envoltada viralment i estructuralment queda definida per una simetria binal, tenint un cap icosaèdric i una cua helicoidal curta
Els Podoviridae són una família de virus tenen bacteris com a hoste. La família inclou els següents gèneres:
Gènere T7-like virus; espècie tipus: Fag 17 d'Enterobacteri Gènere φ29-like virus; espècie tipus: Fag φ29 de Bacillus' Gènere P22-like virus; espècie tipus: Fag 22 d'Enterobacteri Gènere N4-like virus; espècie tipus: Fag N4 d'EnterobacteriPertanyen al grup I de la Classificació de Baltimore. Es caracteritzen per tenir un genoma amb ADN de cadena doble com àcid nucleic i per disposar aquesta informació genètica en una càpsid sense estar envoltada viralment i estructuralment queda definida per una simetria binal, tenint un cap icosaèdric i una cua helicoidal curta
Die Einteilung der Viren in Systematiken ist kontinuierlicher Gegenstand der Forschung. So existieren neben- und nacheinander verschiedene Virusklassifikationen sowie die offizielle Virus-Taxonomie des International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Die hier behandelte Gruppe ist als Taxon durch neue Forschungen obsolet geworden oder aus anderen Gründen nicht Teil der offiziellen Virus-Taxonomie.
Die morphologisch begründete (nicht-taxonomische) Gruppe der Podoviren (englisch podoviruses, früher auch Morphotyp C genannt) umfasst eine Reihe von Familien, Unterfamilien und Gattungen von Viren mit einem linearen Molekül doppelsträngiger DNA (dsDNA) von 16 bis 70 kBp Länge als Genom. Ihre Morphologie ist gekennzeichnet durch ein 50–70 nm im Durchmesser großes ikosaedrisches Kapsid mit einem kurzen, nicht-kontraktilen Schwanzteil von ca. 20 × 8 nm. Je nach Gattung befinden sich am Schwanzteil sechs kurze Schwanzfibern oder mehrere kurze Fortsätze (spikes). Dieses kurze Schwanzteil ist innerhalb der Gruppe der Prokaryoten infizierenden dsDNA-Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur charakteristisch für die Podovirien, daher leitet sich der Name für den Morphotyp von griechisch ποδός podos, deutsch ‚Fuß‘ ab
Die Gattungen der Podovirien unterscheiden sich hinsichtlich der Organisation des Genoms, den Mechanismen der DNA-Verpackung und dem Vorhandensein einer DNA-Polymerase. Die Spezies der Gattung Salasvirus (früher Phi29virus, Phi29likevirus, Φ29-ähnliche Viren) besitzen im Gegensatz zu den anderen ein langgestrecktes, nicht-isometrisches Kapsid. Sie wurde 2021 in die neue Familie Salasmaviridae der Caudoviricetes verschoben.
Die Gruppe galt lange Zeit als ein Virustaxon im Rang einer Virusfamilie mit der Bezeichnung Podoviridae. Im März 2021 wurde vorgeschlagen, diese Familie mitsamt der Ordnung Caudovirales wegen fehlender Monophylie aufzulösen und (wie damals bereuits z. T. geschehen) durch neu zu schaffende Familien zu ersetzen, damit neue Ergebnisse aus der Metagenomik in die Taxonomie aufgenommen werden können.[2] Das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) hat dem im März 2022 entsprochen.[1] Gemäß Vorschlag bleibt die Bezeichnung „Podoviren“ (englisch podoviruses) aber als informeller Sammelbegriff morphologisch ähnlicher Prokaryotenviren mit einem linearen Doppelstrang-DNA-Genom erhalten.[2]
Die folgende Systematik nach ICTV (Stand 11. Juni 2021)[3] umfasst nur einen Teil der zugehörigen Spezies. Die Klade der „crAss-like viruses“ („crAssphagen“) mit zirkulärem Genom[4][5] wird inzwischen als eigene Ordnung Crassvirales der Klasse Caudoviricetes unterstellt.
Nicht-taxonomische Gruppe Podoviren (en. podoviruses, „Morphotyp C“) – hier nur Vertreter, mit linearer DNA, die keiner Ordnung zugeteilt sind
Verschiebungen:
und die Gattungen Aqualcavirus und Bifseptvirus in diese Familie verschoben.
Andere (vom ICTV bereits registrierte) Phagen mit Podoviren-Morphotyp wie Roseobacter-Virus SIO1 (mit Phage SIO1) und Vibrio-Virus VpV262 (mit Phage VpV262) sind zwar evolutionär mit den Autographiviridae verwandt, enthalten jedoch keine phagenkodierte RNA-Polymerase und zeigen auch größere Unterschiede auf der Ebene der Genomorganisation.[25][26]
Für die früher aufgrund ihrer Morphologie den Podoviren zugeordneten crAssphagen wurde inzwischen eine eigene Ordnung Crassvirales inniehalb der Klasse Caudoviricetes vorgeschlagen[2] und erscheinen daher hier nicht.
Neben den crAssphagen wurden in der menschlichen Darmflora noch eine weitere Klade gefunden, die „Gubaphagen“ (englisch gut bacteriophages, „Gubaphage clade)“ (mit zwei Gattungen, „G1“ – infiziert Bacteroides und „G2“ – infiziert Parabacteroides [en]), die nach den crAssphagen dort die zweithäufigsten Viren (d. h. Bakteriophagen) darstellen. Die Merkmale der Gubaphagen erinnern dabei an die von „p-crAssphage“.[27][28] Aufgrund dieser Ähnlichkeiten war zunächst ebenfalls eine Zugehörigkeit zu den Podoviridae anzunehmen, dem Vorschlag der neuen Ordnung „Crassvirales“ wird dagegen eine Nähe oder gar Zugehörigkeit zu dieser wahrscheinlich.
Die Einteilung der Viren in Systematiken ist kontinuierlicher Gegenstand der Forschung. So existieren neben- und nacheinander verschiedene Virusklassifikationen sowie die offizielle Virus-Taxonomie des International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Die hier behandelte Gruppe ist als Taxon durch neue Forschungen obsolet geworden oder aus anderen Gründen nicht Teil der offiziellen Virus-Taxonomie.
Die morphologisch begründete (nicht-taxonomische) Gruppe der Podoviren (englisch podoviruses, früher auch Morphotyp C genannt) umfasst eine Reihe von Familien, Unterfamilien und Gattungen von Viren mit einem linearen Molekül doppelsträngiger DNA (dsDNA) von 16 bis 70 kBp Länge als Genom. Ihre Morphologie ist gekennzeichnet durch ein 50–70 nm im Durchmesser großes ikosaedrisches Kapsid mit einem kurzen, nicht-kontraktilen Schwanzteil von ca. 20 × 8 nm. Je nach Gattung befinden sich am Schwanzteil sechs kurze Schwanzfibern oder mehrere kurze Fortsätze (spikes). Dieses kurze Schwanzteil ist innerhalb der Gruppe der Prokaryoten infizierenden dsDNA-Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur charakteristisch für die Podovirien, daher leitet sich der Name für den Morphotyp von griechisch ποδός podos, deutsch ‚Fuß‘ ab
Die Gattungen der Podovirien unterscheiden sich hinsichtlich der Organisation des Genoms, den Mechanismen der DNA-Verpackung und dem Vorhandensein einer DNA-Polymerase. Die Spezies der Gattung Salasvirus (früher Phi29virus, Phi29likevirus, Φ29-ähnliche Viren) besitzen im Gegensatz zu den anderen ein langgestrecktes, nicht-isometrisches Kapsid. Sie wurde 2021 in die neue Familie Salasmaviridae der Caudoviricetes verschoben.
Die Gruppe galt lange Zeit als ein Virustaxon im Rang einer Virusfamilie mit der Bezeichnung Podoviridae. Im März 2021 wurde vorgeschlagen, diese Familie mitsamt der Ordnung Caudovirales wegen fehlender Monophylie aufzulösen und (wie damals bereuits z. T. geschehen) durch neu zu schaffende Familien zu ersetzen, damit neue Ergebnisse aus der Metagenomik in die Taxonomie aufgenommen werden können. Das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) hat dem im März 2022 entsprochen. Gemäß Vorschlag bleibt die Bezeichnung „Podoviren“ (englisch podoviruses) aber als informeller Sammelbegriff morphologisch ähnlicher Prokaryotenviren mit einem linearen Doppelstrang-DNA-Genom erhalten.
Podoviridae is a family of bacteriophage in the order Caudovirales often associated with T-7 like phages.[1] There are 130 species in this family, assigned to 3 subfamilies and 52 genera.[2][3] This family is characterized by having very short, noncontractile tails. Podoviradae are largely understudied and most new isolates are of the phicbkviruses genus, a group of giant viruses that appear to be Caulobacter specific.[1]
Viruses in Podoviridae are non-enveloped, with icosahedral and head-tail geometries. The diameter is around 60 nm,[2] and consists of 72 capsomers. The head protein has a molecular mass of ~38 kiloDaltons and is present in 460 copies per virion. There are 9 structural proteins. The tail is non-contractile and has 6 short subterminal fibers. It is thick and rod-shaped and built of stacked disks. The maximum length is ~17 nm.
The double stranded DNA genome is linear, around 40-42kb in length,[2] and encodes ~55 genes. The guanine + cytosine content is ~50%. It has terminally redundant sequences and is nonpermuted. By weight, the genome constitutes ~50% of the viron. The genome encodes 9 structural proteins, an adenylated transferase B type DNA polymerase and an RNA polymerase. Three internal proteins constitute the polymerase complex. Two classes of genes are recognized (early and late). This classification is based on the timing of transcription that is temporally regulated. Genes with related functions are clustered together. Genome replication is bidirectional.
Viral replication is cytoplasmic. Entry into the host cell is achieved by adsorption into the host cell. Replication follows the DNA strand displacement model. DNA-templated transcription is the method of transcription. The virus exits the host cell by lysis, and holin/endolysin/spanin proteins. Bacteria serve as the natural host. Transmission routes are passive diffusion.[2] Phage infection is considered self-dosing thus self-limiting. After host lysis, new phages trigger a new infection cycle with surrounding bioavailable host species resulting in growth and expansion.[4]
Genera within this family have ~40% identity between corresponding proteins. Subfamilies have ~20% identity between corresponding proteins.
The following subfamilies and their genera are recognized (-virinae denotes subfamily and -virus denotes genus):[3]
The following genera are not assigned to a subfamily:[3]
Lastly, the species Pseudomonas virus 119X is unassigned to a genus or subfamily.[3]
Podoviridae is a family of bacteriophage in the order Caudovirales often associated with T-7 like phages. There are 130 species in this family, assigned to 3 subfamilies and 52 genera. This family is characterized by having very short, noncontractile tails. Podoviradae are largely understudied and most new isolates are of the phicbkviruses genus, a group of giant viruses that appear to be Caulobacter specific.
Podoviridae es una familia de virus infectivos para procariotas (bacterias y arqueas). La familia contiene 3 subfamilias, 52 géneros y 130 especies.
Se considera que HTVC010P, bacteriófago de Pelagibacter ubique, es el organismo más abundante de la Tierra.[1]
Los viriones de la familia Podoviridae, tienen cápsides con geometrías icosaédricas y cabeza-cola. No poseen envoltura vírica. El diámetro es de alrededor de 60 nm, y consta de 72 capsómeros. Las proteínas de la cabeza tiene una masa molecular de ~ 38 kiloDaltons y está presente en 460 copias por virión. Hay 9 proteínas estructurales. La cola no es contráctil y tiene 6 fibras subterminales cortas. Es grueso, tiene forma de varilla y está construido con discos apilados. La longitud máxima es de ~ 17 nm.
El genoma es lineal y de ADN bicatenario, de alrededor de 40-42 kb de longitud, y codifica ~ 55 genes. El contenido de guanina + citosina es ~ 50%. Tienen secuencias terminalmente redundantes y no están permutadas. En peso, el genoma constituye ~ 50% de los virus. El genoma codifica 9 proteínas estructurales, una ADN polimerasa de tipo transferasa B adenilada y una ARN polimerasa. Tres proteínas internas constituyen el complejo polimerasa. Se reconocen dos clases de genes (temprano y tardío). Esta clasificación se basa en el momento de la transcripción que está regulado temporalmente. Los genes con funciones relacionadas se agrupan. La replicación del genoma es bidireccional.
La replicación viral se produce en el citoplasma. La entrada en la célula huésped se logra mediante adsorción en la célula huésped. La replicación sigue el modelo de desplazamiento de la cadena de ADN. La transcripción con plantilla de ADN es el método de transcripción. El virus sale de la célula huésped por lisis y proteínas holina/endolisina/spanina. Las bacterias y arqueas sirven como huéspedes naturales. Las rutas de transmisión son por difusión pasiva.
Se han descrito las siguientes subfamilias y géneros:
Los siguientes géneros no han sido asignados a una subfamilia:
Datos: Q6797
Especies: Podoviridae
Podoviridae es una familia de virus infectivos para procariotas (bacterias y arqueas). La familia contiene 3 subfamilias, 52 géneros y 130 especies.
Se considera que HTVC010P, bacteriófago de Pelagibacter ubique, es el organismo más abundante de la Tierra.
Podoviridae est une famille de virus appartenant à l'ordre des Caudovirales. Elles infectent les bactéries et sont donc des bactériophages. Il y a 130 espèces dans cette famille, réparties en 3 sous-familles et 52 genres.[1],[2] Elle se caractérise par des queues très courtes et non contractiles.
Les virus de cette famille sont dépourvus d'enveloppe virale. Ils ont une taille d'environ 60nm et sont dotés de 72 capsomères. Ils possèdent un génome d'ADN linéaire, comme tous les duplodnaviria, codant pour 55 gènes différents.
Podoviridae est une famille de virus appartenant à l'ordre des Caudovirales. Elles infectent les bactéries et sont donc des bactériophages. Il y a 130 espèces dans cette famille, réparties en 3 sous-familles et 52 genres., Elle se caractérise par des queues très courtes et non contractiles.
Podoviridae è una famiglia di virus appartenenti all'ordine Caudovirales, nel gruppo I della Classificazione di Baltimore[1].
Facendo parte dei Caudovirales è dotato di una "testa" e di una "coda". Il capside non è rivestito. La testa è a simmetria icosaedrica, misura circa 60 nm di diametro ed è composta da 72 capsomeri. La coda è elicoidale e, a differenza di altri batteriofagi caudati, è corta e non contrattile. Misura 17 nm di lunghezza per 6 nm di larghezza. È dotato di sei fibre subterminali alla coda[2].
Il genoma non è segmentato ed è costituito da un'unica molecola di DNA lineare a doppio filamento dotato di sequenze terminali ridondanti. Il contenuto guanina-citosina è di circa il 50%. L'intero genoma è lungo 40-42 kbp e costituisce circa la metà della massa dell'intero virus. Codifica per 55 geni corrispondenti a nove proteine strutturali del capside, una DNA polimerasi e vari enzimi[2].
Il virus infetta i batteri dei phylum Proteobacteria e Firmicutes. La particella virale si attacca alla cellula bersaglio tramite le fibre della coda e attraverso questa infetta il genoma nel citoplasma dell'ospite. Il DNA rimane lineare e si integra nel genoma dell'ospite, causando la degenerazione dei suoi cromosomi. Vengono trascritte e tradotte le proteine "precoci" e inizia la replicazione del genoma, che avviene bidirezionalmente. Una volta che il genoma è replicato vengono sintetizzate le proteine "tardive", che costituiscono e assemblano il capside. I nuovi virioni sono rilasciati nell'ambiente esterno attraverso la lisi della cellula ospite[2].
I Podoviridae sono una delle tre famiglie dei Caudovirales, e sono divisi in due sottofamiglie e undici generi, sei dei quali non assegnati ad alcuna famiglia[1]:
Podoviridae è una famiglia di virus appartenenti all'ordine Caudovirales, nel gruppo I della Classificazione di Baltimore.
短尾噬菌體科(Podoviridae)，又譯作短尾病毒科，一般宿主為細菌，Podo來自從希臘文的pous，有腳、足、短的尾巴之意。
