Водна трав'яниста рослина, плейстофіт. Коренева система редукована. Стебла завдовжки 10-20 см. Вегетативні пагони двох типів: одні несуть зелені листки із загостреними, щетиноподібними долями, інші, безбарвні, мають пухирці з клапанами. Листки завдовжки 4-20 мм, завширшки 7-32 мм, пухирці до 5 мм завширшки.
Суцвіття — 2-6-квіткові китиці, що підіймаються над поверхнею води на 10-20 см. Квітки двостатеві, 12-15 мм завдовжки. Віночок двогубий, жовтий із червоними смужками. Нижня губа округла, пласка, тупа, шпорець ціліндричний. Плід — куляста коробочка завширшки 3-4 мм.
Число хромосом 2n = 44.
Рослина зростає у прісних замкнених водоймах, на болотах і торфовищах на глибині 10-150 см. Віддає перевагу водоймам з постійним рівнем води, низьким або середнім вмістом органічних речовин, муловато-торфовими чи торфовими донними відкладеннями. Часто утворює угруповання з різними сфагнами або близьким видом — пухирником малим.
Пухирник середній — один з небагатьох видів хижих рослин у флорі України. Оскільки цей вид не має коренів, то постачання азотистих речовин для нього дуже утруднене (тих, що розчинені у воді недостатньо). Щоб запобігти дефіциту азотистих сполук, пухирник середній пристосувався ловити дрібних безхребетних тварин, що мешкають у водоймах. Клапани пухирців при наближенні потенційної жертви рухаються і комаху засмоктує всередину потоком води, після цього вона перетравлюється всередині пухирця за допомогою ферментів.
Квітне у червні-серпні, плодоносить у вересні. Несприятливі умови рослини переносять за допомогою особливих зимуючих бруньок (туріонів), вони ж є і головним засобом вегетативного розмноження. Насіннєве відтворення грає другорядну роль.
Ареал виду циркумполярний, тобто охоплює широкою смугою помірні області Євразії і Північної Америки. Пухирник середній розповсюджений по всій Європі від Скандинавії до Середземномор'я, а також у Сибіру, на Далекому Сході, Кавказі, Японських островах, у Китаї.
В Україні ця рослина поширена переважно у Поліссі, і лише зрідка — в лісостепу.
Найбільшими загрозами для виду є коливання рівня води, її забруднення, а також осушення водойм. Пухирник малий охороняється в Черемському, Поліському, Рівненському заповідниках, національних парках «Прип'ять-Стохід», Шацькому.
Рослина зрідка використовується як декоративна.
Stanisław Kłosowski, Grzegorz Kłosowski: Rośliny wodne i bagienne. Warszawa: Multico Oficyna Wydawnicza, 2007.(пол.)