Nobecovirus est un sous-genre de virus du genre Betacoronavirus[1]. Les virus du groupe étaient auparavant connus sous le nom de coronavirus du groupe 2d[2],[3].
D'après la taxonomie ICTV de 2019, trois espèces sont recensées dans ce sous-genre. Ce sont trois coronavirus de chauve-souris d'Asie ou d'Afrique.
Structure
Les virus de ce sous-genre, comme d'autres coronavirus, ont une enveloppe bicouche lipidique dans laquelle les protéines structurales de membrane (M), d'enveloppe (E) et de pointe (S) sont ancrées[4].
Position phylogénétique
β-CoV
[5] Embecovirus Coronavirus humain HKU1 (HCoV HKU1)
Coronavirus murin (MCoV ou MHV)
MrufCoV 2JL14
Betacoronavirus 1 (BCoV, HCoV OC43, etc.)
ChRCoV HKU24
Merbecovirus EriCoV 1[6]
MERSr-CoV
Ty-BatCoV HKU4
Pi-BatCoV HKU5
Nobecovirus Ei-BatCoV C704
RO-BatCoV GCCDC1
RO-BatCoV HKU9
Hibecovirus Hp-betaCoV Zhejiang2013
Sarbecovirus SARSr-CoV JL2012 (chauve-souris)[7]
(…)
SARSr-CoV WIV1 (Rhinolophus sinicus)
SARSr-CoV RsSHC014 (Rhinolophus sinicus)
Civet-SARSr-CoV (civette)
SARS-CoV-1 (humain ; SRAS)
Rc-o319 (Rhinolophus cornutus, Japon)[8]
(…)
Pangolin SARSr-CoV-GX[9]
Pangolin SARSr-CoV-GD[10]
RshSTT182 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[11]
RshSTT200 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[11]
RacCS203 (Rhinolophus acuminatus, Thaïlande)[12]
RmYN02 (Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan)[13]
RaTG13 (Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan)[14]
SARS-CoV-2 (humain ; CoViD-19)
Voir aussi
Références
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↑ a et b (en) « Virus Taxonomy: 2019 Release », ICTV, juillet 2018 (consulté le 3 avril 2021).
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↑ Woo, Wang, Lau et Xu, « Comparative Analysis of Twelve Genomes of Three Novel Group 2c and Group 2d Coronaviruses Reveals Unique Group and Subgroup Features », Journal of Virology, vol. 81, no 4, février 2007, p. 1574–1585 (ISSN , PMID , PMCID , DOI , lire en ligne) :
« See figure 2. »
-
↑ Wong, Li, Lau et Woo, « Global Epidemiology of Bat Coronaviruses », Viruses, vol. 11, no 2, 20 février 2019 (ISSN , PMID , PMCID , DOI , lire en ligne) :
« CoVs are classified into four genera, Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus and Deltacoronavirus. Within Betacoronavirus, they can be further subclassified into lineages A, B, C and D [1]. In 2018, these four lineages were reclassified as subgenera of Betacoronavirus, and renamed as Embecovirus (previous lineage A), Sarbecovirus (previous lineage B), Merbecovirus (previous lineage C) and Nobecovirus (previous lineage D) [2]. In addition, a fifth subgenus, Hibecovirus, was also included (Figure 1) [2]. »
-
↑ Woo, Huang, Lau et Yuen, « Coronavirus Genomics and Bioinformatics Analysis », Viruses, vol. 2, no 8, 24 août 2010, p. 1804–1820 (ISSN , PMID , PMCID , DOI , lire en ligne) :
« The presence of HE genes exclusively in members of Betacoronavirus subgroup A, but not members of Betacoronavirus subgroup B, C and D suggested that the recombination had probably occurred in the ancestor of members of Betacoronavirus subgroup A, after diverging from the ancestor of other subgroups of Betacoronavirus. »
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↑ Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, no 12, décembre 2020, p. 3025–3029 (DOI )
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↑ Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, no 7815, 9 juillet 2020, p. 282–285 (DOI )
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↑ « Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature, vol. 588, no 7836, décembre 2020, E6 (PMID , DOI , lire en ligne)
