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Orthohepevirus A ( İngilizce )

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The hepatitis E virus (HEV) is the causative agent of hepatitis E. It is of the species Orthohepevirus A.[a][2][1]

Globally, approximately 939 million corresponding to 1 in 8 individuals have ever experienced HEV infection. About 15–110 million individuals have recent or ongoing HEV infection.[3] The virus particle was first seen in 1983,[4] but was only molecularly cloned in 1989.[5]

Genome and proteome

Orthohepevirus A can be classified into eight different genotypes from different geographical regions: genotype 1 (Asia), genotype 2 (Africa and Mexico), genotype 3 (Europe and North America), genotype 4 (Asia); genotypes 5 and 6 have been detected in Asian wild boar and genotypes 7 and 8 in camels.[2][6]

The viral genome is a single strand of positive-sense RNA that is about 7200 bases in length. The three open reading frames (ORF1, ORF2 and ORF3) encode for three proteins (O1, O2, O3), two of which are polyproteins, that is, they are cleaved into fragments which carry out the actual functions of the virus (see figure). The O1 protein consists of seven such fragments, namely Met (methyltransferase), Y (Y-domain), Plp (papain-like protease), V (proline-rich variable region), X (X-domain, macro-domain), Hel (helicase), and Rdrp (RNA-dependent RNA polymerase). The Pvx domain is a fusion protein consisting of the Plp, V, and X domains. The O3 protein is encoded by a single open-reading frame (ORF3). The O2 protein encodes the capsid, which is composed of three domains, namely the shell domain (S) and two protruding domains (P1, P2).[7] Numbers in the figure indicate positions in the RNA sequence.

Orthohepevirus A genome and encoded proteins

Interactome

The protein-protein interactome among Orthohepevirus A proteins has been mapped by Osterman et al. (2015), who found 25 interactions among the 10 proteins studied. Almost all (24) of these interactions were considered as of "high quality".[8]

Structure

The viral particles are 27 to 34 nanometers in diameter and are not enveloped.[2][4]

Taxonomy

It was previously classified in the family Caliciviridae. However, its genome more closely resembles rubella virus. It is now classified as a member of the genus Orthohepevirus in the family Hepeviridae.[2]

Evolution

The strains of HEV that exist today may have arisen from a shared ancestor virus 536 to 1344 years ago.[9] Another analysis has dated the origin of Hepatitis E to ~6000 years ago, with a suggestion that this was associated with domestication of pigs.[10] At some point, two clades may have diverged — an anthropotropic form and an enzootic form — which subsequently evolved into genotypes 1 and 2 and genotypes 3 and 4, respectively.[11]

Whereas genotype 2 remains less commonly detected than other genotypes, genetic evolutionary analyses suggest that genotypes 1, 3, and 4 have spread substantially during the past 100 years.[12]

See also

Notes

  1. ^ The former species name was Hepatitis E virus.[1]

References

  1. ^ a b c Purdy, Michael A.; et al. (June 2014). "New Classification Scheme for Hepeviridae" (PDF). International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Retrieved 1 May 2019. The species Hepatitis E virus will be renamed Orthohepevirus A, and the species Avian hepatitis E virus will be renamed Orthohepevirus B.
  2. ^ a b c d "Hepeviridae - Hepeviridae - Positive-sense RNA Viruses - ICTV". www.ictv.global.
  3. ^ Li P, Liu J, Li Y, Su J, Ma Z, Bramer WM, Cao W, de Man RA, Peppelenbosch MP, Pan Q (July 2020). "The global epidemiology of hepatitis E virus infection: A systematic review and meta-analysis". Liver International. 40 (7): 1516–1528. doi:10.1111/liv.14468. PMC 7384095. PMID 32281721.
  4. ^ a b Balayan MS, Andjaparidze AG, Savinskaya SS, et al. (1983). "Evidence for a virus in non-A, non-B hepatitis transmitted via the fecal-oral route". Intervirology. 20 (1): 23–31. doi:10.1159/000149370. PMID 6409836.
  5. ^ Reyes GR, Purdy MA, Kim JP, et al. (1990). "Isolation of a cDNA from the virus responsible for enterically transmitted non-A, non-B hepatitis". Science. 247 (4948): 1335–9. Bibcode:1990Sci...247.1335R. doi:10.1126/science.2107574. PMID 2107574.
  6. ^ Schlauder, G. G. & Mushahwar, I. K. (2001) Genetic heterogeneity of hepatitis E virus. J Med Virol 65, 282–92
  7. ^ Ahmad I, Holla RP, Jameel S (2011). "Molecular virology of hepatitis E virus". Virus Res. 161 (1): 47–58. doi:10.1016/j.virusres.2011.02.011. PMC 3130092. PMID 21345356.
  8. ^ Osterman A, Stellberger T, Gebhardt A, Kurz M, Friedel CC, Uetz P, Nitschko H, Baiker A, Vizoso-Pinto MG (2015). "The Hepatitis E virus intraviral interactome". Sci Rep. 5: 13872. Bibcode:2015NatSR...513872O. doi:10.1038/srep13872. PMC 4604457. PMID 26463011.
  9. ^ Khudyakov, Yury E.; Purdy, Michael A. (17 December 2010). "Evolutionary History and Population Dynamics of Hepatitis E Virus". PLOS ONE. 5 (12): e14376. Bibcode:2010PLoSO...514376P. doi:10.1371/journal.pone.0014376. ISSN 1932-6203. PMC 3006657. PMID 21203540.
  10. ^ Baha, Sarra; Behloul, Nouredine; Liu, Zhenzhen; Wei, Wenjuan; Shi, Ruihua; Meng, Jihong (2019-10-29). "Comprehensive analysis of genetic and evolutionary features of the hepatitis E virus". BMC Genomics. 20 (1): 790. doi:10.1186/s12864-019-6100-8. ISSN 1471-2164. PMC 6820953. PMID 31664890.
  11. ^ Mirazo S, Mir D, Bello G, Ramos N, Musto H, Arbiza J (2016). "New insights into the hepatitis E virus genotype 3 phylodynamics and evolutionary history". Infect Genet Evol. 43: 267–73. doi:10.1016/j.meegid.2016.06.003. PMID 27264728.{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  12. ^ Izopet J, Abravanel F, Dalton H, Nassim RK (2014) Hepatitis E Virus Infection. Clin Micro Reviews 27 (1) 116–138

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Orthohepevirus A: Brief Summary ( İngilizce )

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The hepatitis E virus (HEV) is the causative agent of hepatitis E. It is of the species Orthohepevirus A.

Globally, approximately 939 million corresponding to 1 in 8 individuals have ever experienced HEV infection. About 15–110 million individuals have recent or ongoing HEV infection. The virus particle was first seen in 1983, but was only molecularly cloned in 1989.

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Virus dell'epatite E ( İtalyanca )

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Il virus dell'epatite E (HEV) è l'agente eziologico dell'epatite E. Appartiene alla specie Orthohepevirus A. Un precedente nome della specie è stato Hepatitis E virus.[1][2]

Il carico globale di infezioni dai due principali genotipi (1 e 2) è stimato in 20 milioni all'anno, che provocano 70.000 morti e 3.000 aborti.[3]

La particella virale è stata osservata per la prima volta nel 1983[4] ma è stata clonata molecolarmente solo nel 1989.[5]

Tassonomia

Precedentemente era classificato nella famiglia Caliciviridae. Tuttavia, il suo genoma ricorda più da vicino il virus della rosolia. Ora è classificato come membro del genere Orthohepevirus nella famiglia Hepeviridae.[2]

Struttura

Le particelle virali hanno un diametro compreso tra 27 e 34 nanometri e non sono provviste di pericapside.[2][4]

Genoma e proteoma

Orthohepevirus A può essere classificato in otto diversi genotipi, facenti capo a diverse regioni geografiche: genotipo 1 (Asia), genotipo 2 (Africa e Messico), genotipo 3 (Europa e Nord America), genotipo 4 (Asia); i genotipi 5 e 6 sono stati rilevati nel cinghiale asiatico e i genotipi 7 e 8 nei cammelli.[2][6]

Il genoma virale consiste in un singolo filamento di RNA a senso positivo lungo circa 7200 basi. I tre frame a lettura aperta (ORF1, ORF2 e ORF3) codificano per tre proteine (O1, O2, O3), due delle quali sono poliproteine, cioè sono scisse in frammenti che svolgono le funzioni effettive del virus. La proteina O1 è costituita da sette di questi frammenti, vale a dire Met (metiltransferasi), Y (dominio Y), Plp (proteasi simile alla papaina), V (regione variabile ricca di prolina), X (dominio X, macro dominio), Hel (elicasi) e Rdrp (RNA polimerasi RNA-dipendente). Il dominio Pvx è una proteina di fusione costituita dai domini Plp, V e X. La proteina O3 è codificata da un singolo frame di lettura aperta (ORF3). La proteina O2 codifica per il capside, che è composto da tre domini, vale a dire il dominio shell (S) e due domini sporgenti (P1, P2).[7] I numeri nella figura indicano le posizioni nella sequenza dell'RNA.

Orthohepevirus Un genoma e proteine codificate

Interattoma

L'interattoma proteina-proteina tra le proteine di Orthohepevirus A è stato mappato nel 2015 da Osterman et al., i quali hanno trovato 25 interazioni tra le 10 proteine studiate. Quasi tutte queste interazioni (24) sono state considerate di "alta qualità".[8]

Evoluzione

I ceppi di HEV che esistono oggi potrebbero essere derivati da un antenato comune risalente a un'epoca tra i 536 e i 1344 anni fa.[9] Un'altra analisi ha datato l'origine dell'epatite E a circa 6000 anni fa, suggerendo che questo fosse associato all'addomesticamento dei suini.[10] Ad un certo punto, due cladi potrebbero essersi allontanati, una forma antropotropica e una forma enzootica, che successivamente si sono evolute nei genotipi 1 e 2 e nei genotipi 3 e 4, rispettivamente.[11]

Mentre il genotipo 2 rimane meno comunemente rilevato rispetto ad altri genotipi, le analisi evolutive genetiche suggeriscono che i genotipi 1, 3 e 4 si sono diffusi considerevolmente negli ultimi 100 anni.[12]

Note

  1. ^ (EN) Michael A. Purdy, New Classification Scheme for Hepeviridae (PDF), su International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), June 2014. URL consultato il 1º maggio 2019.
    «The species Hepatitis E virus will be renamed Orthohepevirus A, and the species Avian hepatitis E virus will be renamed Orthohepevirus B
  2. ^ a b c d ictv.global, http://www.ictv.global/report/hepeviridae Titolo mancante per url url (aiuto).
  3. ^ Rein, D. B., Stevens, G. A., Theaker, J., Wittenborn, J. S. & Wiersma, S. T. (2012) The global burden of hepatitis E virus genotypes 1 and 2 in 2005. Hepatology 55, 988–97
  4. ^ a b Evidence for a virus in non-A, non-B hepatitis transmitted via the fecal-oral route, in Intervirology, vol. 20, n. 1, 1983, pp. 23-31, DOI:10.1159/000149370, PMID 6409836.
  5. ^ Isolation of a cDNA from the virus responsible for enterically transmitted non-A, non-B hepatitis, in Science, vol. 247, n. 4948, 1990, pp. 1335-9, Bibcode:1990Sci...247.1335R, DOI:10.1126/science.2107574, PMID 2107574.
  6. ^ Schlauder, G. G. & Mushahwar, I. K. (2001) Genetic heterogeneity of hepatitis E virus. J Med Virol 65, 282–92
  7. ^ Molecular virology of hepatitis E virus, in Virus Res., vol. 161, n. 1, 2011, pp. 47-58, DOI:10.1016/j.virusres.2011.02.011, PMID 21345356.
  8. ^ The Hepatitis E virus intraviral interactome, in Sci Rep, vol. 5, 2015, p. 13872, Bibcode:2015NatSR...513872O, DOI:10.1038/srep13872, PMID 26463011.
  9. ^ (EN) Yury E. Khudyakov e Michael A. Purdy, Evolutionary History and Population Dynamics of Hepatitis E Virus, in PLOS ONE, vol. 5, n. 12, 17 dicembre 2010, pp. e14376, Bibcode:2010PLoSO...514376P, DOI:10.1371/journal.pone.0014376, ISSN 1932-6203, PMID 21203540.
  10. ^ Sarra Baha, Nouredine Behloul e Zhenzhen Liu, Comprehensive analysis of genetic and evolutionary features of the hepatitis E virus, in BMC Genomics, vol. 20, n. 1, 29 ottobre 2019, p. 790, DOI:10.1186/s12864-019-6100-8, ISSN 1471-2164, PMID 31664890.
  11. ^ Mirazo S, Mir D, Bello G, Ramos N, Musto H, Arbiza J, New insights into the hepatitis E virus genotype 3 phylodynamics and evolutionary history, in Infect Genet Evol, vol. 43, 2016, pp. 267-73, DOI:10.1016/j.meegid.2016.06.003, PMID 27264728.
  12. ^ Izopet J, Abravanel F, Dalton H, Nassim RK (2014) Hepatitis E Virus Infection. Clin Micro Reviews 27 (1) 116–138

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Virus dell'epatite E: Brief Summary ( İtalyanca )

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Il virus dell'epatite E (HEV) è l'agente eziologico dell'epatite E. Appartiene alla specie Orthohepevirus A. Un precedente nome della specie è stato Hepatitis E virus.

Il carico globale di infezioni dai due principali genotipi (1 e 2) è stimato in 20 milioni all'anno, che provocano 70.000 morti e 3.000 aborti.

La particella virale è stata osservata per la prima volta nel 1983 ma è stata clonata molecolarmente solo nel 1989.

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E형 간염바이러스 ( Korece )

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E형 간염바이러스(hepatitis E virus, HEV), 또는 국제종명 오르토헤페바이러스 A(Orthohepevirus A)[a][2][1]간염의 일종인 E형 간염을 일으키는 바이러스다. 국제적으로 유행하는 E형 간염의 경우 이 바이러스의 유전자형 1형과 2형이 주 원인인데, 이 두 유전형으로만 매년 2,000만명의 사람이 감염되어 그중 7만명이 사망하고, 3천명의 사산아가 발생한다.[3]

바이러스 입자는 1983년에 처음 발견되었으나[4] 실험실에서 처음 복제된 것은 1989년이다.[5]

유전체와 단백체

총 8개의 유전자형이 존재하며 유전자형 1은 아시아에서, 2는 아프리카와 멕시코에서, 3은 유럽과 북아메리카에서, 4는 아시아에서, 5와 6은 아시아의 멧돼지에서, 7과 8은 낙타에서 주로 발견된다.[2][6]

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O1, O2, O3의 세 가지 오픈 리딩 프레임과 각각이 암호화하는 단백질이 나타나 있다.

양성 단일가닥 RNA를 유전체로 가지며, 7200개의 염기로 이루어져있다. 세 개의 오픈 리딩 프레임(ORF1, ORF2, ORF3)이 존재하여 각각 O1, O2, O3 단백질을 암호화한다. 이 중 O1과 O2는 폴리단백질이며, 번역된 이후 쪼개져 서로 다른 기능을 수행하는 여러 종류의 단백질로 나뉜다. O1, O2, O3는 각각 다음의 단백질들로 나뉜다. 각 단백질의 유전자 배치에 대해서는 오른쪽 그림을 참고하라.

  • O1 - 7개의 단백질로 쪼개지는데 각각 메틸전이효소(Met), Y-domain(Y), 파파인 유사 단백질분해효소(Plp), 프롤린 풍부 가변영역(V), X-domain(X), 헬리케이스(Hel), 그리고 RNA 의존성 RNA 중합효소(Rdrp)이다. Plp, V, X 도메인을 합쳐서 Pvx 도메인이라 부르기도 한다.
  • O2 - 캡시드를 암호화하며, 이 캡시드는 다시 껍질 도메인(S), 두 개의 돌출 도메인(P1, P2)으로 나뉜다. 숫자는 RNA 서열 위치를 의미한다.
  • O3 - O3 단백질을 암호화한다. 폴리단백질이 아니므로 단 하나의 단백질만 암호화한다.

상호작용체

단백질간 상호작용 네트워크가 2015년에 제작되었다. 10 종류의 단백질 사이에 상호작용하는 경우의 수가 총 24개임을 보였는데, 그 중 대부분이 "높은 품질(high quality)"을 가진다고 보고했다.[7]

구조

바이러스 입자는 27에서 34nm 사이의 직경을 가지며, 외피를 가지고 있지 않다.[2][4]

분류학

과거에는 칼리시바이러스과로 분류되었으나, 이후 유전체 연구를 통해 풍진바이러스와 유사함이 밝혀졌다. 따라서 지금은 헤페바이러스과오르토헤페바이러스속으로 분류한다.[2]

진화

현존하는 HEV는 모두 536년에서 1344년 전쯤에 분기된 것으로 보인다.[8] 그러나 일부 연구에서는 대략 6000년 전에 돼지를 사육하면서 분기되었다는 분석을 하기도 한다.[9] 어느 순간 인간을 주 숙주로 삼는(anthropotropic) 무리와 동물에서 지역 유행병처럼 나타나는(enzootic) 무리의 두 계통군이 분기되었고, 각각 유전자형 1, 2와 3, 4로 진화되었다.[10]

지난 100년간 유전자형 1, 3, 4가 폭발적으로 전파되었으나, 유전자형 2는 그렇지 못하여서 현재에도 잘 검출되지 않는다.[11]

같이 보기

각주

  1. The former species name was Hepatitis E virus.[1]

출처

  1. Purdy, Michael A.; 외. (June 2014). “New Classification Scheme for Hepeviridae (PDF). 《International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)》 (영어). 2019년 5월 1일에 확인함. The species Hepatitis E virus will be renamed Orthohepevirus A, and the species Avian hepatitis E virus will be renamed Orthohepevirus B.
  2. “ICTV Online (10th) Report”.
  3. Rein, D. B., Stevens, G. A., Theaker, J., Wittenborn, J. S. & Wiersma, S. T. (2012) The global burden of hepatitis E virus genotypes 1 and 2 in 2005. Hepatology 55, 988–97
  4. Balayan MS, Andjaparidze AG, Savinskaya SS, 외. (1983). “Evidence for a virus in non-A, non-B hepatitis transmitted via the fecal-oral route”. 《Intervirology》 20 (1): 23–31. doi:10.1159/000149370. PMID 6409836.
  5. Reyes GR, Purdy MA, Kim JP, 외. (1990). “Isolation of a cDNA from the virus responsible for enterically transmitted non-A, non-B hepatitis”. 《Science》 247 (4948): 1335–9. Bibcode:1990Sci...247.1335R. doi:10.1126/science.2107574. PMID 2107574.
  6. Schlauder, G. G. & Mushahwar, I. K. (2001) Genetic heterogeneity of hepatitis E virus. J Med Virol 65, 282–92
  7. Osterman A, Stellberger T, Gebhardt A, Kurz M, Friedel CC, Uetz P, Nitschko H, Baiker A, Vizoso-Pinto MG (2015). “The Hepatitis E virus intraviral interactome”. 《Sci Rep》 5: 13872. Bibcode:2015NatSR...513872O. doi:10.1038/srep13872. PMC 4604457. PMID 26463011.
  8. Khudyakov, Yury E.; Purdy, Michael A. (2010년 12월 17일). “Evolutionary History and Population Dynamics of Hepatitis E Virus”. 《PLOS ONE》 (영어) 5 (12): e14376. Bibcode:2010PLoSO...514376P. doi:10.1371/journal.pone.0014376. ISSN 1932-6203. PMC 3006657. PMID 21203540.
  9. Baha, Sarra; Behloul, Nouredine; Liu, Zhenzhen; Wei, Wenjuan; Shi, Ruihua; Meng, Jihong (2019년 10월 29일). “Comprehensive analysis of genetic and evolutionary features of the hepatitis E virus”. 《BMC Genomics》 20 (1): 790. doi:10.1186/s12864-019-6100-8. ISSN 1471-2164. PMID 31664890.
  10. Mirazo S; Mir D; Bello G; Ramos N; Musto H; Arbiza J (2016). “New insights into the hepatitis E virus genotype 3 phylodynamics and evolutionary history”. 《Infect Genet Evol》 43: 267–73. doi:10.1016/j.meegid.2016.06.003. PMID 27264728.
  11. Izopet J, Abravanel F, Dalton H, Nassim RK (2014) Hepatitis E Virus Infection. Clin Micro Reviews 27 (1) 116–138
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E형 간염바이러스: Brief Summary ( Korece )

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E형 간염바이러스(hepatitis E virus, HEV), 또는 국제종명 오르토헤페바이러스 A(Orthohepevirus A)는 간염의 일종인 E형 간염을 일으키는 바이러스다. 국제적으로 유행하는 E형 간염의 경우 이 바이러스의 유전자형 1형과 2형이 주 원인인데, 이 두 유전형으로만 매년 2,000만명의 사람이 감염되어 그중 7만명이 사망하고, 3천명의 사산아가 발생한다.

바이러스 입자는 1983년에 처음 발견되었으나 실험실에서 처음 복제된 것은 1989년이다.

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