疣微菌門（Verrucomicrobia）是一門被劃出不久的細菌，包括少數幾個被識別的種類，主要被發現於水生和土壤環境，或者人類糞便中。還有很多未被成功培養的種類是和真核宿主共生的，包括一些原生生物的外共生菌和線蟲動物配子中的内共生菌。
疣微菌門生物中的疣微菌屬（Verrucomicrobium）和突柄桿菌屬（Prosthecobacter）具有胞質突出形成的兩個到多個突起，因此得名。它們通過二分分裂繁殖。它們的最近類群可能是衣原體門。
