dcsimg
Life » » Bacteria

Verrucomicrobia

Verrucomicrobis ( Katalanca; Valensiyaca )

wikipedia CA tarafından sağlandı
Crystal128-pipe.svg
Aquest article o secció no cita les fonts o necessita més referències per a la seva verificabilitat.

Els verrucomicrobis (Verrucomicrobia) són un filum descrit recentment d'eubacteris. Aquest fílum només conté algunes espècies descrites (n'és un exemple Verrucomicrobium spinosum, que dóna nom al fílum). Les espècies identificades han estat aïllades de medis d'aigua dolça, del sòl i d'excrements humans.

 src= A Wikimedia Commons hi ha contingut multimèdia relatiu a: Verrucomicrobis Modifica l'enllaç a Wikidata
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Autors i editors de Wikipedia
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia CA

Verrucomicrobia ( Çekçe )

wikipedia CZ tarafından sağlandı

Verrucomicrobia je malý kmen gramnegativních bakterií, který nemá zcela ustálenou systematiku. Zatímco dříve se k němu řadil jen jeden řád, Verrucomicrobiales (v rámci třídy Verrucomicrobieae), studie z rodu 2007 navrhuje nové řády, Opitutales a Puniceicoccales (oba v rámci nové třídy Opitutae).[1][2] Dále jsou nové druhy a jiné taxonomické jednotky popisovány.[3][4] Některé vědecké portály se stále drží původní systematiky a nové řády nezmiňují.[5]

Verrucomicrobia jsou izolovány z sladké vody, půdy a lidské stolice. Další jsou ektosymbionti prvoků či endosymbionti hlístic (Nematoda). Zdá se, že jsou poměrně hojní. Sesterskými kmeny jsou chlamydie (Chmalydiae) a navrhovaného kmene Lentisphaerae.[6] Podle Cavalier-Smithe jsou Verrucomicrobia v rámci vývojové větve Planctobacteria (a ta dále v Gracilicutes).

Mezi známější rody patří Verrucomicrobium a Prosthecobacter a mnoho nedávno popsaných rodů (Akkermansia, Rubritalea, Opitutus, Alterococcus, Puniceicoccus, Pelagicoccus, Coraliomargarita, Cerasiococcus, …)[2]

Reference

V tomto článku byl použit překlad textu z článku Verrucomicrobia na anglické Wikipedii.

  1. Y.J. Choo, K. Lee, J. Song & J.C. Cho (2007): Puniceicoccus vermicola gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium, and description of Puniceicoccaceae fam. nov., Puniceicoccales ord. nov., Opitutaceae fam. nov., Opitutales ord. nov. and Opitutae classis nov. in the phylum ‘Verrucomicrobia’
  2. a b Pojetí systematiky na Biolibu
  3. Archivovaná kopie. ijs.sgmjournals.org [online]. [cit. 2008-06-06]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2008-06-19.
  4. Archivovaná kopie. ijs.sgmjournals.org [online]. [cit. 2008-06-06]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2008-10-07.
  5. http://www.taxonomy.nl/taxonomicon/TaxonTree.aspx?id=111728
  6. Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S. Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, a transparent exopolymer producing marine bacterium, and the description of a novel bacterial phylum, Lentisphaerae.. Environ Microbiol. 2004 ♀4 url = http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x, roč. 6, čís. 6, s. 611-21.
Pahýl
Tento článek je příliš stručný nebo postrádá důležité informace.
Pomozte Wikipedii tím, že jej vhodně rozšíříte. Nevkládejte však bez oprávnění cizí texty.
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Wikipedia autoři a editory
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia CZ

Verrucomicrobia: Brief Summary ( Çekçe )

wikipedia CZ tarafından sağlandı

Verrucomicrobia je malý kmen gramnegativních bakterií, který nemá zcela ustálenou systematiku. Zatímco dříve se k němu řadil jen jeden řád, Verrucomicrobiales (v rámci třídy Verrucomicrobieae), studie z rodu 2007 navrhuje nové řády, Opitutales a Puniceicoccales (oba v rámci nové třídy Opitutae). Dále jsou nové druhy a jiné taxonomické jednotky popisovány. Některé vědecké portály se stále drží původní systematiky a nové řády nezmiňují.

Verrucomicrobia jsou izolovány z sladké vody, půdy a lidské stolice. Další jsou ektosymbionti prvoků či endosymbionti hlístic (Nematoda). Zdá se, že jsou poměrně hojní. Sesterskými kmeny jsou chlamydie (Chmalydiae) a navrhovaného kmene Lentisphaerae. Podle Cavalier-Smithe jsou Verrucomicrobia v rámci vývojové větve Planctobacteria (a ta dále v Gracilicutes).

Mezi známější rody patří Verrucomicrobium a Prosthecobacter a mnoho nedávno popsaných rodů (Akkermansia, Rubritalea, Opitutus, Alterococcus, Puniceicoccus, Pelagicoccus, Coraliomargarita, Cerasiococcus, …)

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Wikipedia autoři a editory
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia CZ

Verrucomicrobia ( Makedonca )

wikipedia emerging languages tarafından sağlandı

Verrucomicrobia е колено на бактерии. Ова колено содржи само неколку опишани видови (коленото е именувано според видот Verrucomicrobium spinosum). Досега идентификуваните видови се изолирани од слатководни средини, почви, а присутни се и во човечкиот измет. Голем број на видови кои сѐ уште не се култивирани утврдено е дека стапуваат во разни асоцијации со еукариотски домаќини како протисти и нематоди. Додека терминот verrucae е име за брадавици кои се јавуваат по рацете и нозете, ова бактериско колено не е именувано бидејќи е предизвикувачки агенс за брадавици, туку поради нивната морфологија која потсетува на брадавици.

Постојат докази дека Verrucomicrobia се наоѓаат во изобилство во животната средина, особено во почвите. Ова колено се смета дека има две сестрински колена: Chlamydiae и Lentisphaerae, кои заедно се групираат во т.н. PVC група.[1] Коленото Verrucomicrobia може да се разликува од соседните колена во рамките на PVC групата со неколку CSIs (анг. Conserved signature inserts and deletions).[2] Овие CSIs претставуваат единствени, синапоморфични карактеристики кои сугерираат заедничко потекло на членовите во рамките на Verrucomicrobia, а истовремено ги разграничуваат од останатите бактерии.[3] Неколку CSIs се уникатно споделувани помеѓу колената Verrucomicrobia и Chlamydiae.[4] Овие CSIs се доказ дека Chlamydiae се најблиску сродни со Verrucomicrobia, и дека тие се посродни една со друга, отколку што било која од нив е со Planctomycetes.

Томас Кавалир-Смит има хипотизирано дека Verrucomicrobia припаѓаат на таксонот Planctobacteria, кој пак е дел на поголемиот таксон Gracilicutes. Податоците добиени од 16S рРНК го потврдуваат ова гледиште.[5] Во 2008 година, целиот геном на Methylacidiphilum infernorum (2.3 Mbp) беше објавен. Неговиот единечен кружен хромозом кодира околу 2473 протеини, од кои 731 немаат познати хомолози. Овие анализи открија и многу можни хомологии со Proteobacteria.[6][7]

Филогенија

Филогенијата е врз основа на работата на проектот Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project).[8]


Opitutae Puniceicoccaceae

Coraliomargarita akajimensis




Puniceicoccus vermicola



Cerasicoccus arenae





Opitutaceae

Opitutus terrae



Alterococcus agarolyticus



Pelagicoccus

P. croceus




P. mobilis (type sp.)




P. albus



P. litoralis







Verrucomicrobiales

Limisphaera ngatamarikiensis



Verrucomicrobiaceae

Terrimicrobium sacchariphilum




Verrucomicrobium spinosum




Roseimicrobium gellanilyticum


Prosthecobacter

P. fluviatilis



P. vanneervenii





Brevifollis gellanilyticus





P. algae



P. dejongeii





P. debontii



P. fusiformis (type sp.)











Akkermansia muciniphila




Luteolibacter

L. cuticulihirudinis




L. pohnpeiensis (type sp.)




L. algae




L. luojiensis



L. yonseiensis






Haloferula

H. luteola



H. sargassicola





H. helveola




H. phyci




H. harenae




H. chungangensis



H. rosea (type sp.)









Roseibacillus

R. persicicus




R. ishigakijimensis (type sp.)



R. ponti






Persicirhabdus sediminis


Rubritalea

R. sabuli




R. halochordaticola



R. squalenifaciens






R. marina (type sp.)




R. spongiae



R. tangerina












Таксономија

Моментално прифатената таксономија се заснова на Листата на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN)[9] и Националниот центар за биотехнолошки информации (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI).[10]

  • Колено Verrucomicrobia Hedlund 2012 [Verrucomicrobaeota Oren et al. 2015]
    • Род ?"Candidatus Epixenosoma" ♠ Bauer et al. 2005
      • Вид "Candidatus Epixenosoma ejectans" ♠ Bauer et al. 2005
    • Род ?LentimonasChoo & Cho 2006
      • Вид "Lentimonas marisflavi" ♠ Choo & Cho 2006
    • Род? "Methyloacida" ♠ Islam et al. 2008
    • Род ?"Methylacidimicrobium" ♠ van Teeseling et al. 2014
      • Вид "M. cyclopophantes" ♠ van Teeseling et al. 2014
      • Вид "M. fagopyrum" ♠ van Teeseling et al. 2014
      • Вид "M. tartarophylax" ♠ van Teeseling et al. 2014
    • Ред ?"Methylacidiphilales" ♠ Op den Camp 2009
      • Фамилија "Methylacidiphilaceae" ♠ Op den Camp 2009
        • Род "Methylacidiphilum" ♠ Hou et al. 2008 emend. Op den Camp et al. 2009
          • Вид "M. fumariolicum" ♠ (Pol et al. 2007) Op den Camp et al. 2009
          • Вид "M. infernorum" ♠ (Dunfield et al. 2007) Hou et al. 2008
          • Вид "M. kamchatkense" ♠ Islam et al. 2008
    • Класа ?"Spartobacteria" Sangwan et al. 2004
      • Род "Candidatus Xiphinematobacter" ♠ Vandekerckhove et al. 2000
        • Вид "Ca. X. americani" ♠ Vandekerckhove et al. 2000
        • Вид "Ca. X. brevicolli" ♠ Vandekerckhove et al. 2000
        • Вид "Ca. X. rivesi" ♠ Vandekerckhove et al. 2000
      • Ред "Chthoniobacterales" Sangwan et al. 2004
        • Фамилија "Chthoniobacteraceae" Sangwan et al. 2004
          • Род "Chthoniobacter" ♠ Sangwan et al. 2004
            • Вид "Chthoniobacter flavus" ♠ Sangwan et al. 2004
    • Класа Opitutae Choo et al. 2007
      • Ред Opitutales Choo et al. 2007
        • Фамилија Opitutaceae Choo et al. 2007
          • Род ?"Diplosphaera" ♠ Wertz et al. 2012 non Bialosuknia 1909
            • Вид "Diplosphaera colitermitum" ♠ Wertz et al. 2012
          • Род Alterococcus Shieh and Jean 1999
            • Вид Alterococcus agarolyticus Shieh and Jean 1999
          • Род Opitutus Chin et al. 2001
            • Вид Opitutus terrae Chin et al. 2001
          • Род Cephaloticoccus Lin et al. 2016
            • Вид C. capnophilus Lin et al. 2016
            • Вид C. primus Lin et al. 2016
      • Ред Puniceicoccales Choo et al. 2007
        • Фамилија Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
          • Род Cerasicoccus Yoon et al. 2007
            • Вид C. arenae Yoon et al. 2007 (type sp.)
            • Вид "C. frondis" ♠ Yoon et al. 2010
            • Вид "C. maritimus" ♠ Yoon et al. 2010
          • Род Coraliomargarita Yoon et al. 2007
            • Вид Coraliomargarita akajimensis Yoon et al. 2007
          • Род Pelagicoccus Yoon et al. 2007
            • Вид P. albus Yoon et al. 2007
            • Вид P. croceus Yoon et al. 2007
            • Вид P. litoralis Yoon et al. 2007
            • Вид P. mobilis Yoon et al. 2007 (type sp.)
          • Род Puniceicoccus Choo et al. 2007
            • Вид Puniceicoccus vermicola Choo et al. 2007
    • Класа Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 emend. Yoon et al. 2008
      • Ред Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 emend. Yoon et al. 2008
        • Фамилија Verrucomicrobia subdivision 3 [Pedosphaeraceae]
          • Род ?"Pedosphaera" ♠ Ozyurt 2008
            • Вид "Pedosphaera parvula" ♠ Ozyurt 2008
          • Род Limisphaera ngatamarikiensis Anders et al. 2015
            • Вид Limisphaera ngatamarikiensis Anders et al. 2015
        • Фамилија Akkermansiaceae Hedlund & Derrien 2012
          • Род Akkermansia Derrien et al. 2004
            • Вид Akkermansia muciniphila Derrien et al. 2004
        • Фамилија Rubritaleaceae Hedlund 2012
          • Род Rubritalea Scheuermayer et al. 2006
            • Вид R. halochordaticola Yoon et al. 2011
            • Вид R. marina Scheuermayer et al. 2006 (type sp.)
            • Вид R. sabuli Yoon et al. 2008
            • Вид R. spongiae Yoon et al. 2007
            • Вид R. squalenifaciens Kasai et al. 2007
            • Вид R. tangerina Yoon et al. 2007
        • Фамилија Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 emend. Takeda et al. 2008
          • Род ?FucophilusSakai et al. 2001b
            • Вид Fucophilus fucoidanolyticusSakai et al. 2001b
          • Род Brevifollis Otsuka et al. 2013
            • Вид Brevifollis gellanilyticus Otsuka et al. 2013
          • Род Haloferula Yoon et al. 2008 emend. Bibi et al. 2011
            • Вид H. chungangensis Kang et al. 2013
            • Вид H. harenae Yoon et al. 2008
            • Вид H. helveola Yoon et al. 2008
            • Вид H. luteola Bibi et al. 2011
            • Вид H. phyci Yoon et al. 2008
            • Вид H. rosea Yoon et al. 2008 (type sp.)
            • Вид H. sargassicola Yoon et al. 2008
          • Род Persicirhabdus Yoon et al. 2008
            • Вид Persicirhabdus sediminis Yoon et al. 2008
          • Род Luteolibacter Yoon et al. 2008
            • Вид L. algae Yoon et al. 2008
            • Вид L. cuticulihirudinis Glaeser et al. 2012
            • Вид L. luojiensis Jiang et al. 2012
            • Вид L. pohnpeiensis Yoon et al. 2008 (type sp.)
            • Вид L. yonseiensis Park et al. 2013
          • Род Roseibacillus Yoon et al. 2008
            • Вид R. persicicus Yoon et al. 2008
            • Вид R. ishigakijimensis Yoon et al. 2008 (type sp.)
            • Вид R. ponti Yoon et al. 2008
          • Род Roseimicrobium Otsuka et al. 2013
            • Вид Roseimicrobium gellanilyticum Otsuka et al. 2013
          • Род Prosthecobacter (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 emend. Takeda et al. 2008
            • Вид P. algae Lee et al. 2014
            • Вид P. dejongeii Hedlund et al. 1998
            • Вид P. debontii Hedlund et al. 1998
            • Вид P. fluviatilis Takeda et al. 2008
            • Вид P. fusiformis (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 (type sp.)
            • Вид P. vanneervenii Hedlund et al. 1998
          • Род Terrimicrobium Qiu et al. 2014
            • Вид Terrimicrobium sacchariphilum Qiu et al. 2014
          • Род Verrucomicrobium Schlesner 1988
            • Вид Verrucomicrobium spinosum Schlesner 1988

Забелешки: ♠ Видот се наоѓа во NCBI, но го нема во Бактериолошкиот Код (1990 година и последователните ревизии), како што е наведено во LPSN.

Наводи

  1. Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, a transparent exopolymer producing marine bacterium, and the description of a novel bacterial phylum, Lentisphaerae. „Environ Microbiol“ том 6 (6): 611–21. doi:10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x. PMID 15142250.
  2. Molecular Signatures for the PVC Clade (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Lentisphaerae) of Bacteria Provide Insights into Their Evolutionary Relationships. „Front Microbiol“ том 3: 327. doi:10.3389/fmicb.2012.00327. PMID 23060863.
  3. Impact of genomics on the understanding of microbial evolution and classification: the importance of Darwin's views on classification. „FEMS Microbiol Rev“ том 40 (4): 520–53. 2016 г. doi:10.1093/femsre/fuw011. PMID 27279642. http://femsre.oxfordjournals.org/content/early/2016/06/07/femsre.fuw011.abstract.
  4. Phylogeny and shared conserved inserts in proteins provide evidence that Verrucomicrobia are the closest known free-living relatives of chlamydiae. „Microbiology“ том 153 (Pt 8): 2648–54. doi:10.1099/mic.0.2007/009118-0. PMID 17660429.
  5. Wagner, M; Horn, M. The Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae and sister phyla comprise a superphylum with biotechnological and medical relevance. „Current Opinion in Biotechnology“ том 17 (3): 241–9. doi:10.1016/j.copbio.2006.05.005. PMID 16704931.
  6. Hou, S; Makarova, KS; Saw, JH; Senin, P; Ly, BV; Zhou, Z; Ren, Y; Wang, J; и др.. Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia. „Biology direct“ том 3: 26. doi:10.1186/1745-6150-3-26. PMID 18593465.
  7. Ludwig, W., Euzéby, J., & Whitman W.B.. Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes. „Bergey's Manual Trust“: 15. http://bergeys.org/outlines/Bergeys_Vol_4_Outline.pdfПредлошка:Inconsistent citations CS1 maint: Multiple names: authors list (link)
  8. „16S rRNA-based LTP release 123 (full tree)“ (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. конс. 2016-03-20.
  9. J.P. Euzéby. „Verrucomicrobia“. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). конс. 2016-03-20.
  10. Sayers и др. „Verrucomicrobia“. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. конс. 2016-03-20.
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Автори и уредници на Википедија

Verrucomicrobia ( Tagalogca )

wikipedia emerging languages tarafından sağlandı

Ang Verrucomicrobia ay isang uri ng phylum sa bakterya kahariang Protista. Ito ay Gram-negative bacteria.


Bakterya Ang lathalaing ito na tungkol sa Bakterya ay isang usbong. Makatutulong ka sa Wikipedia sa nito.

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Mga may-akda at editor ng Wikipedia

Verrucomicrobia ( İnterlingua (Uluslararası Yardımcı Dil Derneği) )

wikipedia emerging languages tarafından sağlandı

Verrucomicrobia es un phylo de Negibacteria.

Nota
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Wikipedia authors and editors

Verrucomicrobia: Brief Summary ( Makedonca )

wikipedia emerging languages tarafından sağlandı

Verrucomicrobia е колено на бактерии. Ова колено содржи само неколку опишани видови (коленото е именувано според видот Verrucomicrobium spinosum). Досега идентификуваните видови се изолирани од слатководни средини, почви, а присутни се и во човечкиот измет. Голем број на видови кои сѐ уште не се култивирани утврдено е дека стапуваат во разни асоцијации со еукариотски домаќини како протисти и нематоди. Додека терминот verrucae е име за брадавици кои се јавуваат по рацете и нозете, ова бактериско колено не е именувано бидејќи е предизвикувачки агенс за брадавици, туку поради нивната морфологија која потсетува на брадавици.

Постојат докази дека Verrucomicrobia се наоѓаат во изобилство во животната средина, особено во почвите. Ова колено се смета дека има две сестрински колена: Chlamydiae и Lentisphaerae, кои заедно се групираат во т.н. PVC група. Коленото Verrucomicrobia може да се разликува од соседните колена во рамките на PVC групата со неколку CSIs (анг. Conserved signature inserts and deletions). Овие CSIs претставуваат единствени, синапоморфични карактеристики кои сугерираат заедничко потекло на членовите во рамките на Verrucomicrobia, а истовремено ги разграничуваат од останатите бактерии. Неколку CSIs се уникатно споделувани помеѓу колената Verrucomicrobia и Chlamydiae. Овие CSIs се доказ дека Chlamydiae се најблиску сродни со Verrucomicrobia, и дека тие се посродни една со друга, отколку што било која од нив е со Planctomycetes.

Томас Кавалир-Смит има хипотизирано дека Verrucomicrobia припаѓаат на таксонот Planctobacteria, кој пак е дел на поголемиот таксон Gracilicutes. Податоците добиени од 16S рРНК го потврдуваат ова гледиште. Во 2008 година, целиот геном на Methylacidiphilum infernorum (2.3 Mbp) беше објавен. Неговиот единечен кружен хромозом кодира околу 2473 протеини, од кои 731 немаат познати хомолози. Овие анализи открија и многу можни хомологии со Proteobacteria.

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Автори и уредници на Википедија

Verrucomicrobiota ( İngilizce )

wikipedia EN tarafından sağlandı

Verrucomicrobiota is a phylum of Gram-negative bacteria that contains only a few described species. The species identified have been isolated from fresh water, marine and soil environments and human faeces. A number of as-yet uncultivated species have been identified in association with eukaryotic hosts including extrusive explosive ectosymbionts of protists and endosymbionts of nematodes residing in their gametes.

Verrucomicrobiota are abundant within the environment, though relatively inactive.[2] This phylum is considered to have two sister phyla: Chlamydiota (formerly Chlamydiae) and Lentisphaerota (formerly Lentisphaerae) within the PVC superphylum.[3] The Verrucomicrobiota phylum can be distinguished from neighbouring phyla within the PVC group by the presence of several conserved signature indels (CSIs).[4] These CSIs represent unique, synapomorphic characteristics that suggest common ancestry within Verrucomicrobiota and an independent lineage amidst other bacteria.[5] CSIs have also been found that are shared by Verrucomicrobiota and Chlamydiota exclusively of all other bacteria.[6] These CSIs provide evidence that Chlamydiota is the closest relative to Verrucomicrobiota, and that they are more closely related to one another than to the Planctomycetales.

Verrucomicrobiota might belong in the clade Planctobacteria in the larger clade Gracilicutes.[7]

In 2008, the whole genome of Methylacidiphilum infernorum (2.3 Mbp) was published. On the single circular chromosome, 2473 predicted proteins were found, 731 of which had no detectable homologs. These analyses also revealed many possible homologies with Pseudomonadota.[8][9]

Phylogeny

Taxonomy

The currently accepted taxonomy is based on the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)[16] and National Center for Biotechnology Information (NCBI)[17]

See also

References

  1. ^ Oren A, Garrity GM (2021). "Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes". Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987. S2CID 239887308.
  2. ^ White, Richard Allen; Bottos, Eric M.; Roy Chowdhury, Taniya; Zucker, Jeremy D.; Brislawn, Colin J.; Nicora, Carrie D.; Fansler, Sarah J.; Glaesemann, Kurt R.; Glass, Kevin; Jansson, Janet K. (2016-06-28). Langille, Morgan (ed.). "Moleculo Long-Read Sequencing Facilitates Assembly and Genomic Binning from Complex Soil Metagenomes". mSystems. 1 (3): mSystems.00045–16, e00045–16. doi:10.1128/mSystems.00045-16. ISSN 2379-5077. PMC 5069762. PMID 27822530.
  3. ^ Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). "Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, a transparent exopolymer producing marine bacterium, and the description of a novel bacterial phylum, Lentisphaerae". Environ Microbiol. 6 (6): 611–21. doi:10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x. PMID 15142250.
  4. ^ Gupta RS, Bhandari V, Naushad HS (2012). "Molecular Signatures for the PVC Clade (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Lentisphaerae) of Bacteria Provide Insights into Their Evolutionary Relationships". Front Microbiol. 3: 327. doi:10.3389/fmicb.2012.00327. PMC 3444138. PMID 23060863.
  5. ^ Gupta RS (2016). "Impact of genomics on the understanding of microbial evolution and classification: the importance of Darwin's views on classification". FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. doi:10.1093/femsre/fuw011. PMID 27279642.
  6. ^ Griffiths E, Gupta RS (2007). "Phylogeny and shared conserved inserts in proteins provide evidence that Verrucomicrobia are the closest known free-living relatives of chlamydiae". Microbiology. 153 (Pt 8): 2648–54. doi:10.1099/mic.0.2007/009118-0. PMID 17660429. S2CID 2094762.
  7. ^ Wagner, M; Horn, M (2006). "The Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae and sister phyla comprise a superphylum with biotechnological and medical relevance". Current Opinion in Biotechnology. 17 (3): 241–9. doi:10.1016/j.copbio.2006.05.005. PMID 16704931.
  8. ^ Hou, S; Makarova, KS; Saw, JH; Senin, P; Ly, BV; Zhou, Z; Ren, Y; Wang, J; Galperin, MY; Omelchenko, Marina V; Wolf, Yuri I; Yutin, Natalya; Koonin, Eugene V; Stott, Matthew B; Mountain, Bruce W; Crowe, Michelle A; Smirnova, Angela V; Dunfield, Peter F; Feng, Lu; Wang, Lei; Alam, Maqsudul (2008). "Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia". Biology Direct. 3: 26. doi:10.1186/1745-6150-3-26. PMC 2474590. PMID 18593465.
  9. ^ Ludwig, W., Euzéby, J., & Whitman W.B. (2008). "Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes" (PDF). Bergey's Manual Trust: 15. Archived from the original (PDF) on 2016-11-08. Retrieved 2011-06-22.{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  10. ^ "The LTP". Retrieved 23 February 2022.
  11. ^ "LTP_all tree in newick format". Retrieved 23 February 2022.
  12. ^ "LTP_01_2022 Release Notes" (PDF). Retrieved 23 February 2022.
  13. ^ "GTDB release 07-RS207". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  14. ^ "bac120_r207.sp_labels". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  15. ^ "Taxon History". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  16. ^ J.P. Euzéby. "Verrucomicrobiota". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Retrieved 2022-09-09.
  17. ^ Sayers; et al. "Verrucomicrobia". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2022-09-09.
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Wikipedia authors and editors
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia EN

Verrucomicrobiota: Brief Summary ( İngilizce )

wikipedia EN tarafından sağlandı

Verrucomicrobiota is a phylum of Gram-negative bacteria that contains only a few described species. The species identified have been isolated from fresh water, marine and soil environments and human faeces. A number of as-yet uncultivated species have been identified in association with eukaryotic hosts including extrusive explosive ectosymbionts of protists and endosymbionts of nematodes residing in their gametes.

Verrucomicrobiota are abundant within the environment, though relatively inactive. This phylum is considered to have two sister phyla: Chlamydiota (formerly Chlamydiae) and Lentisphaerota (formerly Lentisphaerae) within the PVC superphylum. The Verrucomicrobiota phylum can be distinguished from neighbouring phyla within the PVC group by the presence of several conserved signature indels (CSIs). These CSIs represent unique, synapomorphic characteristics that suggest common ancestry within Verrucomicrobiota and an independent lineage amidst other bacteria. CSIs have also been found that are shared by Verrucomicrobiota and Chlamydiota exclusively of all other bacteria. These CSIs provide evidence that Chlamydiota is the closest relative to Verrucomicrobiota, and that they are more closely related to one another than to the Planctomycetales.

Verrucomicrobiota might belong in the clade Planctobacteria in the larger clade Gracilicutes.

In 2008, the whole genome of Methylacidiphilum infernorum (2.3 Mbp) was published. On the single circular chromosome, 2473 predicted proteins were found, 731 of which had no detectable homologs. These analyses also revealed many possible homologies with Pseudomonadota.

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Wikipedia authors and editors
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia EN

Verrucomicrobia ( İspanyolca; Kastilyaca )

wikipedia ES tarafından sağlandı

Los verrucomicrobios (Verrucomicrobia) son un filo recientemente descrito de bacterias. Este filo contiene sólo unas pocas especies, siendo Verrucomicrobia spinosum la que ha dado nombre al grupo, y las Prosthecobacter las que más llaman la atención por su relación con los eucariotas.

Las especies identificadas han sido aisladas del agua dulce, del suelo, agua de mar y heces humanas. Se aisló en aguas termales a Methylacidiphilum infernorum, un autótrofo-metanótrofo hiperacidófilo.

Algunas Verrucomicrobia, todavía no cultivadas, se han encontrado en asociación con huéspedes eucariotas, incluyendo protistas y nematodos. Ciertas evidencias sugieren que muchas son abundantes e importantes para el medio ambiente.

Se considera a Verrucomicrobia parte del supergrupo PVC o también llamado Planctobacteria, el cual agrupa a Planctomycetes, Verrucomicrobia y Chlamydiae.

Bibliografía

  • Cavalier-Smith, T. 2006. Rooting the tree of life by transition analyses, Biol Direct. 1: 19. doi: 10.1186/1745-6150-1-19.
  • Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, "Methylacidiphilum infernorum", a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia. Hou. S. y otros. Biology Direct 2008, 3:26 doi:10.1186/1745-6150-3-26. Publicado: 1/7/08
 title=
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Autores y editores de Wikipedia
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia ES

Verrucomicrobia: Brief Summary ( İspanyolca; Kastilyaca )

wikipedia ES tarafından sağlandı

Los verrucomicrobios (Verrucomicrobia) son un filo recientemente descrito de bacterias. Este filo contiene sólo unas pocas especies, siendo Verrucomicrobia spinosum la que ha dado nombre al grupo, y las Prosthecobacter las que más llaman la atención por su relación con los eucariotas.

Las especies identificadas han sido aisladas del agua dulce, del suelo, agua de mar y heces humanas. Se aisló en aguas termales a Methylacidiphilum infernorum, un autótrofo-metanótrofo hiperacidófilo.

Algunas Verrucomicrobia, todavía no cultivadas, se han encontrado en asociación con huéspedes eucariotas, incluyendo protistas y nematodos. Ciertas evidencias sugieren que muchas son abundantes e importantes para el medio ambiente.

Se considera a Verrucomicrobia parte del supergrupo PVC o también llamado Planctobacteria, el cual agrupa a Planctomycetes, Verrucomicrobia y Chlamydiae.

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Autores y editores de Wikipedia
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia ES

Verrucomicrobia ( Fransızca )

wikipedia FR tarafından sağlandı

Les Verrucomicrobia sont une division de bactéries.

Classification

Verrucomicrobia

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Auteurs et éditeurs de Wikipedia
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia FR

Verrucomicrobia: Brief Summary ( Fransızca )

wikipedia FR tarafından sağlandı

Les Verrucomicrobia sont une division de bactéries.

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Auteurs et éditeurs de Wikipedia
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia FR

Verrucomicrobios ( Galiçyaca )

wikipedia gl Galician tarafından sağlandı

Os verrucomicrobios ou Verrucomicrobia son un filo de bacterias recentemente descrito. Este filo contén só unhas poucas especies descritas; un exemplo é Verrucomicrobium spinosum, un microbio cunha morfoloxía que lembra ás verrugas, a partir do cal o filum recibiu o seu nome (pero non son causantes da formación de verrugas). As especies identificadas foron illadas da auga doce, do solo e das feces humanas, e considéranse abundantes e importantes nos solos agrícolas e forestais. Identificáronse varias especies que aínda non se puideron cultivar asociadas con hóspedes eucariotas, como ectosimbiontes de protistas e endosimbiontes de nematodos, que viven nos seus gametos.

Presentan unha ou varias prolongacións (prostecas) con forma de apéndices verrugosos. A súa parede ten proteoglicano. Divídense simetricamente por fisión. Son aerobias facultativas que respiran ou fermentan azucres. A ultraestrutura celular é peculiar e case única entre os procariotas (só parecida á de Planctomycetes), xa que a célula está dividida por membranas en varios compartimentos: un compartimento grande chamado pirelulosoma alberga ao nucleoide condensado e aos ribosomas e está rodeado por unha membrana intracitoplasmática; o outro compartimento é o parifoplasma, libre de ribosomas e situado entre a membrana intracitoplasmática e a membrana plasmática.[1]

Este filo considérase que ten dous filos irmáns: Chlamydiae e Lentisphaerae.[2]

Cavalier-Smith postulou que os Verrucomicrobia pertencen ao clado Planctobacteria do gran clado Gracilicutes. Datos do ARNr 16S apoian esta idea.[3]

Recentemente foi secuenciado o xenoma completo de Methylacidiphilum infernorum (2,3 Mbp). No seu único cromosoma circular, foron preditas 2473 proteínas, 731 das cales non teñen homólogos detectables. Estas análises tamén revelaron moitas posibles homoloxías coas Proteobacteria.[4] [5]

Filoxenia

Véxase tamén: Taxonomía bacteriana.

O cladograma mostra a taxonomía actualmente aceptada deste grupo baseado na LSPN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) [6] e a filoxenia está baseada nos datos do ARNr 16S da LTP 106 do Proxecto The All-Species Living Tree.[7]

   

?Candidatus Epixenosoma ejectans

   

?Lentimonas marisflaviChoo & Cho 2006

  ?Methylacidiphilum

M. fumariolicum(Pol et al. 2007) Op den Camp et al. 2009

   

M. infernorum(Dunfield et al. 2007) Hou et al. 2008

   

M. kamchatkenseIslam et al. 2008

    Opitutae Puniceicoccaceae

Puniceicoccus vermicola Choo et al. 2007

     

Coraliomargarita akajimensis Yoon et al. 2007

Cerasicoccus

C. arenae Yoon et al. 2007

   

C. frondisYoon et al. 2010

   

C. maritimusYoon et al. 2010

        Opitutales Pelagicoccus

P. croceus Yoon et al. 2007

     

P. mobilis Yoon et al. 2007

     

P. albus Yoon et al. 2007

   

P. litoralis Yoon et al. 2007

        Opitutaceae

Opitutus terrae Chin et al. 2001

   

Alterococcus agarolyticus Shieh and Jean 1999

          Chthoniobacteraceae

Chthoniobacter flavusSangwan et al. 2004

Candidatus Xiphinematobacter ♠  

Candidatus X. americaniVandekerckhove et al. 2000

   

Candidatus X. brevicolliVandekerckhove et al. 2000

   

Candidatus X. rivesiVandekerckhove et al. 2000

      Verrucomicrobiales

?Fucophilus fucoidanolyticusSakai et al. 2001b

   

?Pedosphaera parvulaOzyurt 2008

Verrucomicrobiaceae

Verrucomicrobium spinosum Schlesner 1988

Prosthecobacter    

P. fluviatilis Takeda et al. 2008

   

P. vanneervenii Hedlund et al. 1998

       

P. dejongeii Hedlund et al. 1998

     

P. debontii Hedlund et al. 1998

   

P. fusiformis (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980

          Rubritaleaceae

Akkermansia muciniphila Derrien et al. 2004

      Luteolibacter

L. algae Yoon et al. 2008

   

L. pohnpeiensis Yoon et al. 2008

    Haloferula

?H. luteola Bibi et al. 2011

   

H. sargassicola Yoon et al. 2008

     

H. helveola Yoon et al. 2008

     

H. phyci Yoon et al. 2008

     

H. harenae Yoon et al. 2008

   

H. rosea Yoon et al. 2008

              Roseibacillus

R. persicicus Yoon et al. 2008

     

R. ishigakijimensis Yoon et al. 2008

   

R. ponti Yoon et al. 2008

         

Persicirhabdus sediminis Yoon et al. 2008

Rubritalea

?R. halochordaticola Yoon et al. 2011

     

R. sabuli Yoon et al. 2008

   

R. squalenifaciens Kasai et al. 2007

       

R. marina Scheuermayer et al. 2006

     

R. spongiae Yoon et al. 2007

   

R. tangerina Yoon et al. 2007

                     

Notas:
♠ Cepas que se encontran no NCBI (National Center for Biotechnology Information) pero non na LSPN.

Notas

  1. Lee, K. C.; Webb, R. I.; Janssen, P. H.; Sangwan, P.; Romeo, T.; Staley, J. T.; Fuerst, J. A. (2009). "Phylum Verrucomicrobia representatives share a compartmentalized cell plan with members of bacterial phylum Planctomycetes". BMC Microbiology 9: 5. doi:10.1186/1471-2180-9-5. PMC 2647929. PMID 19133117.
  2. Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). "Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, a transparent exopolymer producing marine bacterium, and the description of a novel bacterial phylum, Lentisphaerae". Environ Microbiol 6 (6): 611–21. PMID 15142250. doi:10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x.
  3. Wagner, M; Horn, M (2006). "The Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae and sister phyla comprise a superphylum with biotechnological and medical relevance". Current opinion in biotechnology 17 (3): 241–9. PMID 16704931. doi:10.1016/j.copbio.2006.05.005.
  4. Hou, S; Makarova, KS; Saw, JH; Senin, P; Ly, BV; Zhou, Z; Ren, Y; Wang, J; Galperin, MY (2008). "Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia". Biology direct 3: 26. PMC 2474590. PMID 18593465. doi:10.1186/1745-6150-3-26.
  5. Ludwig, W., Euzéby, J., & Whitman W.B. (2008). "Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes" (PDF). Bergey's Manual Trust: 15. Arquivado dende o orixinal (PDF) o 24 de abril de 2009. Consultado o 03 de xullo de 2012.
  6. See the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. Data extracted from the "Verrucomicrobia". Arquivado dende o orixinal o 27 de xaneiro de 2013. Consultado o 3 xullo 2012.
  7. See the All-Species Living Tree Project [1]. Data extracted from the "16S rRNA-based LTP release 106 (full tree)" (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Consultado o 3 xullo 2012.
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Autores e editores de Wikipedia

Verrucomicrobios: Brief Summary ( Galiçyaca )

wikipedia gl Galician tarafından sağlandı

Os verrucomicrobios ou Verrucomicrobia son un filo de bacterias recentemente descrito. Este filo contén só unhas poucas especies descritas; un exemplo é Verrucomicrobium spinosum, un microbio cunha morfoloxía que lembra ás verrugas, a partir do cal o filum recibiu o seu nome (pero non son causantes da formación de verrugas). As especies identificadas foron illadas da auga doce, do solo e das feces humanas, e considéranse abundantes e importantes nos solos agrícolas e forestais. Identificáronse varias especies que aínda non se puideron cultivar asociadas con hóspedes eucariotas, como ectosimbiontes de protistas e endosimbiontes de nematodos, que viven nos seus gametos.

Presentan unha ou varias prolongacións (prostecas) con forma de apéndices verrugosos. A súa parede ten proteoglicano. Divídense simetricamente por fisión. Son aerobias facultativas que respiran ou fermentan azucres. A ultraestrutura celular é peculiar e case única entre os procariotas (só parecida á de Planctomycetes), xa que a célula está dividida por membranas en varios compartimentos: un compartimento grande chamado pirelulosoma alberga ao nucleoide condensado e aos ribosomas e está rodeado por unha membrana intracitoplasmática; o outro compartimento é o parifoplasma, libre de ribosomas e situado entre a membrana intracitoplasmática e a membrana plasmática.

Este filo considérase que ten dous filos irmáns: Chlamydiae e Lentisphaerae.

Cavalier-Smith postulou que os Verrucomicrobia pertencen ao clado Planctobacteria do gran clado Gracilicutes. Datos do ARNr 16S apoian esta idea.

Recentemente foi secuenciado o xenoma completo de Methylacidiphilum infernorum (2,3 Mbp). No seu único cromosoma circular, foron preditas 2473 proteínas, 731 das cales non teñen homólogos detectables. Estas análises tamén revelaron moitas posibles homoloxías coas Proteobacteria.

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Autores e editores de Wikipedia

Verrucomicrobia spinosum ( Norveççe )

wikipedia NO tarafından sağlandı

Verrucomicrobia er en nyoppdaget rekke (biologi) av bakteriene. Denne rekken inneholder kun en beskrevet art, Verrucomicrobia spinosum og rekken er oppkalt etter denne. Arten har blitt isolert fra ferskvann, jordsmonn og avføring fra husdyr.

Rekken har blitt veloverveid til å ha to søsterrekker, Chlamydia og Lentisphaerae.


Eksterne lenker

biologistubbDenne biologirelaterte artikkelen er foreløpig kort eller mangelfull, og du kan hjelpe Wikipedia ved å utvide den.
Det finnes mer utfyllende artikkel/artikler på .
Crystal Clear action configure.png
Taksonomisk opprydning: Denne artikkelen trenger en opprydning. Du kan hjelpe Wikipedia ved å forbedre og standardisere den, f.eks. ved å sette inn eller komplettere en taksoboks.
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Wikipedia forfattere og redaktører
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia NO

Verrucomicrobia spinosum: Brief Summary ( Norveççe )

wikipedia NO tarafından sağlandı

Verrucomicrobia er en nyoppdaget rekke (biologi) av bakteriene. Denne rekken inneholder kun en beskrevet art, Verrucomicrobia spinosum og rekken er oppkalt etter denne. Arten har blitt isolert fra ferskvann, jordsmonn og avføring fra husdyr.

Rekken har blitt veloverveid til å ha to søsterrekker, Chlamydia og Lentisphaerae.


lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Wikipedia forfattere og redaktører
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia NO

Verrucomicrobia ( Portekizce )

wikipedia PT tarafından sağlandı

Verrucomicrobia é um filo de bactérias recém descrito. Contém apenas duas famílias Verrucomicrobiaceae e Opitutaceae. Este filo contém dois filos-irmãos, Chlamydiae e Lentisphaerae.[1]

Thomas Cavalier-Smith postulou que o Verrucomicrobia pertence ao clado Planctobacteria no amplo grupo dos Gracilicutes.[2] Análises posteriores de 16S rRNA corroboraram com este posicionamento.[3]

Referências

  1. Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). «Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, a transparent exopolymer producing marine bacterium, and the description of a novel bacterial phylum, Lentisphaerae». Environmental Microbiology. 6 (6): 611–21. PMID 15142250. doi:10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x
  2. CAVALIER-SMITH, T. (2006). Rooting the tree of life by transition analyses. Biology Direct 1: 19. doi:10.1186/1745-6150-1-19
  3. Wagner M, Horn M: The Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae and sister phyla comprise a superphylum with biotechnological and medical relevance. Curr Opin Biotechnol 2006, 17(3):241-249
 title=
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Autores e editores de Wikipedia
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia PT

Verrucomicrobia: Brief Summary ( Portekizce )

wikipedia PT tarafından sağlandı

Verrucomicrobia é um filo de bactérias recém descrito. Contém apenas duas famílias Verrucomicrobiaceae e Opitutaceae. Este filo contém dois filos-irmãos, Chlamydiae e Lentisphaerae.

Thomas Cavalier-Smith postulou que o Verrucomicrobia pertence ao clado Planctobacteria no amplo grupo dos Gracilicutes. Análises posteriores de 16S rRNA corroboraram com este posicionamento.

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Autores e editores de Wikipedia
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia PT

Verrucomicrobia ( Ukraynaca )

wikipedia UK tarafından sağlandı
  1. Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, a transparent exopolymer producing marine bacterium, and the description of a novel bacterial phylum, Lentisphaerae.. Environ Microbiol 6 (6): 611–21. PMID 15142250.

Див. також

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Автори та редактори Вікіпедії
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia UK

Verrucomicrobia: Brief Summary ( Ukraynaca )

wikipedia UK tarafından sağlandı
Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, a transparent exopolymer producing marine bacterium, and the description of a novel bacterial phylum, Lentisphaerae.. Environ Microbiol 6 (6): 611–21. PMID 15142250.
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Автори та редактори Вікіпедії
orijinal
kaynağı ziyaret et
ortak site
wikipedia UK

Verrucomicrobia ( Rusça )

wikipedia русскую Википедию tarafından sağlandı
Тип: Verrucomicrobia
Международное научное название

Verrucomicrobia Hedlund 1997[1]

Wikispecies-logo.svg
Систематика
на Викивидах
Commons-logo.svg
Изображения
на Викискладе
ITIS 956126NCBI 74201EOL 289

Verrucomicrobia (лат., от лат. verruca — бугорок) — тип бактерий, к которому относятся в основном некультивируемые формы. Как указывают метагеномные данные, в природе они распространены исключительно широко. Они составляют от 1 до 10 % почвенной микробиоты и потому имеют важное экологическое значение[2].

Описание

Представители Verrucomicrobiaграмотрицательные бактерии, у многих из которых на поверхности имеются простеки (бугорки), за что тип и получил своё название. Клетки — палочковидные, овоидные, одиночные или в парах, веретеновидные. У Prosthecobacter[en] на одном из конце клетки имеется уникальное бульбовидное утолщение. По типу питания Verrucomicrobiaхемоорганогетеротрофы и сбраживают разнообразные сахара[3]. Некоторые представители способны окислять метан при экстремально низких значениях рН[4][5].

Среди Verrucomicrobia есть анаэробы, факультативные анаэробы и аэробы; лучше всего представители филы растут при температуре 25 °C и pH от 4 до 7. Помимо почв, встречаются в пресноводных водоёмах, пелагиали и желудочно-кишечном тракте человека[3].

Систематика

По данным филогенетического анализа, ближайшими родственниками Verrumicrobia являются представители типа Chlamydiae[en][6]. В 2008 году был секвенирован и опубликован геном одного из представителей типа, Methylacidiphilum infernorum[en]. Его анализ указал на возможное родство Verrumicrobia и протеобактерий[7].

Филогения

Ниже представлено филогенетическое дерево Verrumicrobia, построенное по последовательностям 16S рРНК в рамках проекта The All-Species Living Tree[en].

Verrumicrobia Opitutae Puniceicoccaceae

Coraliomargarita akajimensis




Puniceicoccus vermicola



Cerasicoccus arenae





Opitutaceae

Opitutus terrae[en]



Alterococcus agarolyticus



Pelagicoccus

P. croceus




P. mobilis (типовой вид)




P. albus



P. litoralis







Verrucomicrobiales

Limisphaera ngatamarikiensis



Verrucomicrobiaceae

Terrimicrobium sacchariphilum




Verrucomicrobium spinosum[en]




Roseimicrobium gellanilyticum


Prosthecobacter

P. fluviatilis



P. vanneervenii





Brevifollis gellanilyticus





P. algae



P. dejongeii





P. debontii



P. fusiformis (типовой вид)











Akkermansia muciniphila[en]




Luteolibacter

L. cuticulihirudinis




L. pohnpeiensis (типовой вид)




L. algae




L. luojiensis



L. yonseiensis






Haloferula

H. luteola



H. sargassicola





H. helveola




H. phyci




H. harenae




H. chungangensis



H. rosea (типовой вид)









Roseibacillus

R. persicicus




R. ishigakijimensis (типовой вид)



R. ponti






Persicirhabdus sediminis


Rubritalea

R. sabuli




R. halochordaticola



R. squalenifaciens






R. marina (типовой вид)




R. spongiae



R. tangerina












Классификация

На декабрь 2017 года в тип включают следующие таксоны до рода включительно[8]:

Примечания

  1. Hedlund B. P., Gosink J. J., Staley J. T. Verrucomicrobia div. nov., a new division of the bacteria containing three new species of Prosthecobacter. (англ.) // Antonie Van Leeuwenhoek. — 1997. — July (vol. 72, no. 1). — P. 29—38. — PMID 9296261. [исправить]
  2. Пиневич, 2006, с. 127—128.
  3. 1 2 Пиневич, 2006, с. 128.
  4. Pol Arjan, Heijmans Klaas, Harhangi Harry R., Tedesco Dario, Jetten Mike S. M., Op Den Camp Huub J. M. Methanotrophy below pH 1 by a new Verrucomicrobia species // Nature. — 2007. — Vol. 450. — P. 874—878. — ISSN 0028-0836. — DOI:10.1038/nature06222. [исправить]
  5. Dunfield P. F., Yuryev A., Senin P., Smirnova A. V., Stott M. B., Hou S., Ly B., Saw J. H., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Mountain B. W., Crowe M. A., Weatherby T. M., Bodelier P. L., Liesack W., Feng L., Wang L., Alam M. Methane oxidation by an extremely acidophilic bacterium of the phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Nature. — 2007. — Vol. 450, no. 7171. — P. 879—882. — DOI:10.1038/nature06411. — PMID 18004300. [исправить]
  6. Griffiths E., Gupta R. S. Phylogeny and shared conserved inserts in proteins provide evidence that Verrucomicrobia are the closest known free-living relatives of chlamydiae. (англ.) // Microbiology (Reading, England). — 2007. — August (vol. 153, no. Pt 8). — P. 2648—2654. — DOI:10.1099/mic.0.2007/009118-0. — PMID 17660429. [исправить]
  7. Hou S., Makarova K. S., Saw J. H., Senin P., Ly B. V., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Galperin M. Y., Omelchenko M. V., Wolf Y. I., Yutin N., Koonin E. V., Stott M. B., Mountain B. W., Crowe M. A., Smirnova A. V., Dunfield P. F., Feng L., Wang L., Alam M. Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Biology Direct. — 2008. — 1 July (vol. 3). — P. 26—26. — DOI:10.1186/1745-6150-3-26. — PMID 18593465. [исправить]
  8. Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria) : Version 2.0 : [англ.] // LPSN. — 2016. — 2 October.
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Авторы и редакторы Википедии

Verrucomicrobia: Brief Summary ( Rusça )

wikipedia русскую Википедию tarafından sağlandı

Verrucomicrobia (лат., от лат. verruca — бугорок) — тип бактерий, к которому относятся в основном некультивируемые формы. Как указывают метагеномные данные, в природе они распространены исключительно широко. Они составляют от 1 до 10 % почвенной микробиоты и потому имеют важное экологическое значение.

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Авторы и редакторы Википедии

疣微菌門 ( Çince )

wikipedia 中文维基百科 tarafından sağlandı

疣微菌門(Verrucomicrobia)是一被劃出不久的細菌,包括少數幾個被識別的種類,主要被發現於水生和土壤環境,或者人類糞便中。還有很多未被成功培養的種類是和真核宿主共生的,包括一些原生生物的外共生菌和線蟲動物配子中的内共生菌。

疣微菌門生物中的疣微菌屬Verrucomicrobium)和突柄桿菌屬Prosthecobacter)具有胞質突出形成的兩個到多個突起,因此得名。它們通過二分分裂繁殖。它們的最近類群可能是衣原體門

參見

 title=
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
维基百科作者和编辑

疣微菌門: Brief Summary ( Çince )

wikipedia 中文维基百科 tarafından sağlandı

疣微菌門(Verrucomicrobia)是一被劃出不久的細菌,包括少數幾個被識別的種類,主要被發現於水生和土壤環境,或者人類糞便中。還有很多未被成功培養的種類是和真核宿主共生的,包括一些原生生物的外共生菌和線蟲動物配子中的内共生菌。

疣微菌門生物中的疣微菌屬(Verrucomicrobium)和突柄桿菌屬(Prosthecobacter)具有胞質突出形成的兩個到多個突起,因此得名。它們通過二分分裂繁殖。它們的最近類群可能是衣原體門

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
维基百科作者和编辑

ウェルコミクロビウム門 ( Japonca )

wikipedia 日本語 tarafından sağlandı
ウェルコミクロビウム門 TEM - Epixenosomes.jpg
Euplotidium(原虫)のエクト共生体
分類 ドメ
イン
: 細菌 Bacteria : ウェルコミクロビウム門
Verrucomicrobia 下位分類(綱)

ウェルコミクロビウム門Verrucomicrobia、ベルコミクロビウム門)はグラム陰性真正細菌である。真正細菌の門としては中程度の規模を持ち、2綱3目5科15属を含む。この中には、海洋、淡水、土壌から発見されたものに加え、動物原生生物の共生体、好酸性メタン資化菌まで多様な種が含まれている。培養が比較的難しく、全貌はまだよくわかっていない。

タイプであるVerrucomicrobiumは、ラテン語で「イボを持つ微生物」を意味し、細胞表面に多数の突起を持つことにちなんで命名されたものである。ただし、突起を持つのはこの門全体の性質ではない。

系統的にはクラミジア門レンティスファエラ門に近縁とみられている。また、プランクトミケス門とも近縁とみられ、これらの系統を合わせてPVC群という。VerrucomicrobiumProsthecobacter dejongeii、"Chthoniobacter flavus"、Ellin514株にはプランクトミケス門と似た細胞内構造が認められている[1]

下位分類[編集]

参考文献[編集]

  1. ^ Lee, K. C., et al. (2009) Phylum Verrucomicrobia representatives share a compartmentalized cell plan with members of bacterial phylum Planctomycetes. BMC Microbiol 9:5.
執筆の途中です この項目は、真正細菌(バクテリア)に関連した書きかけの項目です。この項目を加筆・訂正などしてくださる協力者を求めていますPortal:生き物と自然ウィキプロジェクト 生物)。
 title=
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
ウィキペディアの著者と編集者

ウェルコミクロビウム門: Brief Summary ( Japonca )

wikipedia 日本語 tarafından sağlandı

ウェルコミクロビウム門(Verrucomicrobia、ベルコミクロビウム門)はグラム陰性真正細菌である。真正細菌の門としては中程度の規模を持ち、2綱3目5科15属を含む。この中には、海洋、淡水、土壌から発見されたものに加え、動物原生生物の共生体、好酸性メタン資化菌まで多様な種が含まれている。培養が比較的難しく、全貌はまだよくわかっていない。

タイプであるVerrucomicrobiumは、ラテン語で「イボを持つ微生物」を意味し、細胞表面に多数の突起を持つことにちなんで命名されたものである。ただし、突起を持つのはこの門全体の性質ではない。

系統的にはクラミジア門レンティスファエラ門に近縁とみられている。また、プランクトミケス門とも近縁とみられ、これらの系統を合わせてPVC群という。Verrucomicrobium、Prosthecobacter dejongeii、"Chthoniobacter flavus"、Ellin514株にはプランクトミケス門と似た細胞内構造が認められている。

lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
ウィキペディアの著者と編集者

우미균류 ( Korece )

wikipedia 한국어 위키백과 tarafından sağlandı

우미균류(疣微菌類, Verrucomicrobia)는 우미균문(疣微菌門)[1]에 속하는 세균 분류군이다. 그람음성균 계열의 세균이다. 2강 3목 4과 14속으로 이루어져 있다. 이 세균 문에는 해양과 담수, 토양에서 발견되며, 동물이나 원생 생물의 공생체, 호기성 메탄산화세균까지 다양한 종이 포함되어 있다. 배양이 비교적 어렵고, 전모는 아직 밝혀져 있지 않다.

계통적으로는 클라미디아균문이나 렌티스페라문과 가까운 것으로 보고 있다.

하위 분류

  • Candidatus Epixenosoma ejectans ♠
  • Lentimonas marisflavi
  • Methylacidiphilales ♠
    • Methylacidiphilaceae ♠
      • Methylacidiphilum ♠ Hou et al. 2008 emend. Op den Camp et al. 2009
  • Spartobacteria
    • Chthoniobacterales
      • Chthoniobacteraceae
        • ChthoniobacterSangwan et al. 2004
        • Candidatus Xiphinematobacter ♠ Vandekerckhove et al. 2000
  • Opitutae Choo et al. 2007
    • Opitutales Choo et al. 2007
      • Opitutaceae Choo et al. 2007
        • Opitutus Chin et al. 2001
        • Alterococcus Shieh and Jean 1999
    • Puniceicoccales Choo et al. 2007
      • Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
        • Pelagicoccus Yoon et al. 2007
        • Puniceicoccus Choo et al. 2007
        • Coraliomargarita Yoon et al. 2007
        • Cerasicoccus Yoon et al. 2007
  • Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 emend. Yoon et al. 2008
    • Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 emend. Yoon et al. 2008
      • Pedosphaeraceae ♠
        • PedosphaeraOzyurt 2008
      • Rubritaleaceae
        • Rubritalea Scheuermayer et al. 2006
      • Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 emend. Takeda et al. 2008
        • Akkermansia Derrien et al. 2004
        • FucophilusSakai et al. 2001b
        • Haloferula Yoon et al. 2008 emend. Bibi et al. 2011
        • Persicirhabdus Yoon et al. 2008
        • Luteolibacter Yoon et al. 2008
        • Roseibacillus Yoon et al. 2008
        • Prosthecobacter (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 emend. Takeda et al. 2008
        • Verrucomicrobium Schlesner 1988

각주

  1. 한국어 번역어가 없어 중국어판 위키백과의 표제어('疣微菌門')를 번역한 용어이다.
lisans
cc-by-sa-3.0
telif hakkı
Wikipedia 작가 및 편집자