Els sinergistets (Synergistetes) són un filum d'eubacteris.[2][3][4] Els seus membres són anaerobis obligats, gramnegatius i amb forma de bacil.[4] Espècies d'aquest fílum juguen un paper en les malalties periodontals,[5] les infeccions gastrointestinals i infeccions de teixits tous.[3]
Els sinergistets (Synergistetes) són un filum d'eubacteris. Els seus membres són anaerobis obligats, gramnegatius i amb forma de bacil. Espècies d'aquest fílum juguen un paper en les malalties periodontals, les infeccions gastrointestinals i infeccions de teixits tous.
Synergistetes е неодамна признато колено на анаеробни бактерии кои покажуваат Грам-негативно обојување и имаат стапчест/вибриоиден облик на клетката.[1][2] Иако Synergistetes се дидермални бактерии,[3][4] гените за различни ензими вклучени во биосинтезата на липополисахариди се уште не се детектирани, што укажува дека тие можеби имаат атипична надворешна клеточна мембрана. Synergistetes населуваат разни анаеробни средини, вклучувајќи животински гастроинтестинален тракт, почва, нафтени бунари, и отпадни води, а исто така се присутни во инфицирани ткива кај човекот, како што се цисти, апсцеси, и парадонтална болест.[5][6] Поради нивното присуство во заболени делови од телото, се претпоставува дека се патогени опортунисти, но тие исто така може да се најдат кај здрави индивидуи во микробиомот на папочната врвца и во нормалната вагинална флора.[7] Видови во рамките на ова колено, исто така, се имплицирани во развој на парадонтална болест,[8] гастроинтестинални инфекции и инфекции на меките ткива. Други видови од ова колено се значајни учесници во деградацијата на милта за производство на биогас во анаеробните дигестори и се потенцијални кандидати за искористување во производството на обновливите извори на енергија преку нивната продукција на водороден гас.[9] Сите познати видови и родови на ова колено во моментов се дел од една класа (Synergistia), еден ред (Synergistiales) и една фамилија (Synergistaceae).
Филогенијата е заоснована на Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project).[10]
Acetomicrobium flavidum (type sp.) [was Bacteroideaceae]
T. acidaminovorans (type sp.)
A. colombiense (type sp.)
D. peptidovorans (type sp.)
Моментално прифатената таксономија е базирана на Листата на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN)[11] и Националниот центар за биотехнолошки информации (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI).[12]
♠ Видот може да се најде на NCBI, но не на LPSN.
Synergistetes е неодамна признато колено на анаеробни бактерии кои покажуваат Грам-негативно обојување и имаат стапчест/вибриоиден облик на клетката. Иако Synergistetes се дидермални бактерии, гените за различни ензими вклучени во биосинтезата на липополисахариди се уште не се детектирани, што укажува дека тие можеби имаат атипична надворешна клеточна мембрана. Synergistetes населуваат разни анаеробни средини, вклучувајќи животински гастроинтестинален тракт, почва, нафтени бунари, и отпадни води, а исто така се присутни во инфицирани ткива кај човекот, како што се цисти, апсцеси, и парадонтална болест. Поради нивното присуство во заболени делови од телото, се претпоставува дека се патогени опортунисти, но тие исто така може да се најдат кај здрави индивидуи во микробиомот на папочната врвца и во нормалната вагинална флора. Видови во рамките на ова колено, исто така, се имплицирани во развој на парадонтална болест, гастроинтестинални инфекции и инфекции на меките ткива. Други видови од ова колено се значајни учесници во деградацијата на милта за производство на биогас во анаеробните дигестори и се потенцијални кандидати за искористување во производството на обновливите извори на енергија преку нивната продукција на водороден гас. Сите познати видови и родови на ова колено во моментов се дел од една класа (Synergistia), еден ред (Synergistiales) и една фамилија (Synergistaceae).
The Synergistota is a phylum of anaerobic bacteria that show Gram-negative staining and have rod/vibrioid cell shape.[2][3] Although Synergistota have a diderm cell envelope,[4][5] the genes for various proteins involved in lipopolysaccharides biosynthesis have not yet been detected in Synergistota, indicating that they may have an atypical outer cell envelope.[4][5] The Synergistota inhabit a majority of anaerobic environments including animal gastrointestinal tracts, soil, oil wells, and wastewater treatment plants and they are also present in sites of human diseases such as cysts, abscesses, and areas of periodontal disease.[6][7] Due to their presence at illness related sites, the Synergistota are suggested to be opportunistic pathogens but they can also be found in healthy individuals in the microbiome of the umbilicus and in normal vaginal flora.[7][8] Species within this phylum have also been implicated in periodontal disease,[9] gastrointestinal infections and soft tissue infections.[7] Other species from this phylum have been identified as significant contributors in the degradation of sludge for production of biogas in anaerobic digesters and are potential candidates for use in renewable energy production through their production of hydrogen gas.[10] All of the known Synergistota species and genera are presently part of a single class (Synergistia), order (Synergistiales), and family (Synergistaceae).[3]
Recent comparative analyses of sequenced Synergistota genomes have led to identification of large numbers of conserved signature indels (CSIs) in protein sequences that are specific for either all sequenced Synergistota species or some of their sub-clades that are observed in phylogenetic trees.[11] Of the CSIs that were identified, 32 in widely distributed proteins such as RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA, etc., including a large>300 aa insert in the RpoC protein, are present in various Synergistota species, but except for isolated bacteria, these CSIs are not found in the protein homologues from all other organisms. These CSIs provide novel molecular markers for distinguishing Synergistota species from all other bacteria.[11] Seven other CSIs in important proteins including a 13 aa in RpoB were found to be uniquely present in Jonquetella, Pyramidobacter and Dethiosulfovibrio species indicating a close and specific relationship among these bacteria, which is also strongly supported by phylogenetic trees. Fifteen addition CSIs that were only present in Jonquetella and Pyramidobacter indicate a close association between these two species.[11] Lastly, a close relationship between the Aminomonas and Thermanaerovibrio species is also supported by 9 identified CSIs. The identified molecular markers provide reliable means for the division of species from the phylum Synergistota into intermediate taxonomic ranks such as families and orders.[11]
The currently accepted taxonomy is based on the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LSPN)[18] and the National Center for Biotechnology Information (NCBI).[19]
Wikispecies has information related to Synergistota. The Synergistota is a phylum of anaerobic bacteria that show Gram-negative staining and have rod/vibrioid cell shape. Although Synergistota have a diderm cell envelope, the genes for various proteins involved in lipopolysaccharides biosynthesis have not yet been detected in Synergistota, indicating that they may have an atypical outer cell envelope. The Synergistota inhabit a majority of anaerobic environments including animal gastrointestinal tracts, soil, oil wells, and wastewater treatment plants and they are also present in sites of human diseases such as cysts, abscesses, and areas of periodontal disease. Due to their presence at illness related sites, the Synergistota are suggested to be opportunistic pathogens but they can also be found in healthy individuals in the microbiome of the umbilicus and in normal vaginal flora. Species within this phylum have also been implicated in periodontal disease, gastrointestinal infections and soft tissue infections. Other species from this phylum have been identified as significant contributors in the degradation of sludge for production of biogas in anaerobic digesters and are potential candidates for use in renewable energy production through their production of hydrogen gas. All of the known Synergistota species and genera are presently part of a single class (Synergistia), order (Synergistiales), and family (Synergistaceae).
Synergistetes es un filo reconocido recientemente de bacterias anaerobias Gram negativas, cuya forma celular es de bacilo o vibrio. Habitan en la mayoría de ambientes anaerobios, incluyendo el tracto gastrointestinal de animales, el suelo, pozos de petróleo, plantas de tratamiento de aguas residuales y en infecciones del ser humano tales como quistes, abscesos y enfermedad periodontal, donde aparece como patógeno oportunista.[1]
Han sido identificados como contribuyentes importantes en la degradación de lodos para la producción de biogás en digestores anaeróbicos; y son candidatos potenciales para su uso en la producción de energía renovable a través de la producción de gas hidrógeno.[2]
Datos: Q1318124
Multimedia:
Especies: Synergistetes
Synergistetes es un filo reconocido recientemente de bacterias anaerobias Gram negativas, cuya forma celular es de bacilo o vibrio. Habitan en la mayoría de ambientes anaerobios, incluyendo el tracto gastrointestinal de animales, el suelo, pozos de petróleo, plantas de tratamiento de aguas residuales y en infecciones del ser humano tales como quistes, abscesos y enfermedad periodontal, donde aparece como patógeno oportunista.
Han sido identificados como contribuyentes importantes en la degradación de lodos para la producción de biogás en digestores anaeróbicos; y son candidatos potenciales para su uso en la producción de energía renovable a través de la producción de gas hidrógeno.
Synergistetes, Synergistales, Synergistaceae
Les Synergistetes sont une division de bactéries, comprenant la seule classe des Synergistia, le seul ordre des Synergistales, et la seule famille des Synergistaceae.
Synergistetes
Synergistetes, Synergistales, Synergistaceae
Les Synergistetes sont une division de bactéries, comprenant la seule classe des Synergistia, le seul ordre des Synergistales, et la seule famille des Synergistaceae.
Os Synergistetes son un filo de bacterias de creación recente.[1][2] Os seus membros son bacterias gramnegativas , bacilares, anaerobias obrigadas.[2] Algunhas espeices do filo son infecciosas e foron implicadas en infeccións periodontais,[3] gastrointestinais e dos tecidos brandos.[1] O filo comprende unha soa familia, Synergistaceae.
O cladograma mostra a taxonomía actualmente aceptada do grupo baseada na LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) [4] e a filoxenia está baseada nas secuencias dos ARNr 16S do LTP 106 do Proxecto The All-Species Living Tree Project.[5]
?Candidatus Tammella caduceiae Hongoh et al. 2007
?Aminomonas paucivorans Baena et al. 1999
Anaerobaculum?A. hydrogeniformans ♠ Maune and Tanner 2009
A. mobile Menes and Muxí 2002
A. thermoterrenum Rees et al. 1997
Thermovirga lienii Dahle and Birkeland 2006
ThermanaerovibrioT. acidaminovorans (Guangsheng et al. 1997) Baena et al. 1999
T. velox Zavarzina et al. 2000
Aminiphilus circumscriptus Díaz et al. 2007
Cloacibacillus evryensis Ganesan et al. 2008
Synergistes jonesii Allison et al. 1993
AminobacteriumA. colombiense Baena et al. 1999
A. mobile Baena et al. 2000
Jonquetella anthropi Jumas-Bilak et al. 2007
Pyramidobacter piscolens Downes et al. 2009
DethiosulfovibrioD. salsuginis Díaz-Cárdenas et al. 2010
D. acidaminovorans Surkov et al. 2001
D. marinus Surkov et al. 2001
D. peptidovorans Magot et al. 1997
D. russensis Surkov et al. 2001
Notas:
♠ Estirpes encontradas no NCBI (National Center for Biotechnology Information) pero non na LPSN.
Os Synergistetes son un filo de bacterias de creación recente. Os seus membros son bacterias gramnegativas , bacilares, anaerobias obrigadas. Algunhas espeices do filo son infecciosas e foron implicadas en infeccións periodontais, gastrointestinais e dos tecidos brandos. O filo comprende unha soa familia, Synergistaceae.
Synergistetes é um filo de bactérias gram-negativas anaeróbicas recém descrito e têm forma de célula bastonete / vibrioide[1]. Das 124 sequências do gene 16S rRNA exibidas no banco de dados Synergistes GenBank, apenas duas são derivadas de isolados reais: Synergistes jonesii, número de acesso [[1]], isolado do rúmen de uma cabra[2], e Synergistes sp. estirpe P4G_18P1, número de acesso [[2]], isolado da cavidade oral. Sequências do gene 16S rRNA semelhantes ao Synergistes foram encontradas em inventários moleculares de vários digestores anaeróbios de remoção de poluição[3][4][5], bem como em intestinos de cupins[6][7], trato intestinal de porcos[8], reservatórios de petróleo[9][10] e o ecossistema subgengival humano[11][12]. Utilizando PCR direcionada ao gene 16S rRNA, Godon et al.[13] recentemente exploraram 93 ambientes anaeróbios, incluindo digestores anaeróbicos mesófilos e termofílicos, coalhada, dejetos de suínos, composto, solo de 23 tipos ou locais diferentes, e os intestinos de 49 animais diferentes, além de quatro espécimes de fontes humanas, e encontraram Synergistes presentes em 95% dos ecossistemas analisados, embora sua proporção fosse geralmente inferior a 1%[13][14]. As seqüências de fontes animais formaram seus próprios grupos agrupados, assim como as seqüências de digestores, solo e placa subgengival humana, sugerindo que subgrupos filogeneticamente definidos de organismos do grupo Synergistes (SGOs) ocupam seus próprios nichos ecológicos individuais[13].
É caracterizada como uma bactéria gram-negativa vibrio, ou em forma de bastonete, e é conhecida por ter 0,6-0,8 µm de diâmetro e 1,2-1,8 µm de comprimento. Dado seu habitat dentro do rúmen, é considerado uma bactéria termofílica, que segue sua categorização na subseção de Synergistetes: Thermanaerovibrio. Também atribuído ao seu habitat é o fato de que S. jonesii é anaeróbico. Outro aspecto importante é que não contém nenhum cili ou flagelo, tornando-se uma bactéria não-móvel. Uma das facetas mais intrigantes de S. jonesii é a sua capacidade de degradar os piridinodióis tóxicos que de outra forma prejudicariam o hospedeiro ruminante. S. jonesii contém alta atividade da hidrogenase que permite a degradação anaeróbica de pirindinodiol quando também na presença de metil viologen ou na presença de alfa-cetoácidos sob hidrogênio ou nitrogênio gasoso[15].
A detecção molecular da estirpe do tipo S. jonesii (78-1, ATCC 49833) foi demonstrada pela primeira vez por McSweeney et al.[16] (1993)utilizando sondas oligonucleoticas direcionadas para ARN 16S radiomarcadas (32P) e fluorescentes. Posteriormente, conjuntos de primers para detecção baseada em PCR e enumeração de regiões genômicas de S. jonesii foram desenvolvidos por Yang et al.[17] (1999) e posteriormente avaliada para sensibilidade de Anderson et al.[18] (2004). No entanto, a natureza / função deste DNA molde no genoma de S. jonesii era desconhecida, o que levanta dúvidas sobre a especificidade potencial deste método de detecção. Klieve et al.[19] (2002) utilizaram um par de primers do gene 16S rRNA (rADN) consistindo de um primer bacteriano universal (Primer 357F, Lane 1991) e iniciador DHP 1006[16] para amplificar um produto específico de 438 nucleotídeos para S. jonesii.
Outro conjunto de primers 16S rDNA para S. jonesii (sng796f e sng1001r) foi usado por Derakhshani et al. [20](2015), mas não relataram sua validação. Na tentativa de aumentar a sensibilidade e especificidade da detecção, Graham et al.[21] (2013) utilizaram uma abordagem de nested PCR 16S rDNA para monitorar a presença de S. jonesii em bovinos de propriedades do norte da Austrália. Este método detectou S. jonesii em
Outro levantamento de ruminantes em diferentes regiões geográficas confirmou a presença de S. jonesii em bovinos, caprinos, ovinos, iaques e búfalos da Austrália, China, Brasil, Tailândia, Indonésia e Vietnã por meio de uma abordagem melhorada de nested 16S rDNA PCR[22].
A análise de sequências destes produtos de PCR revelou pelo menos 4 loci com mutações pontuais (polimorfismos de nucleotídeo único; SNPs) em comparação com a estirpe do tipo ATCC. A especificidade do ensaio de PCR foi melhorada por Halliday et al.[23] (2018), mas mostrou que
Synergistes jonesii é um quimiorganotrofo que se baseia em produtos químicos orgânicos para sua fonte de energia e carbono. Como S. jonesii é estritamente anaeróbico, a principal via metabólica desse micróbio é a fermentação. Os piridinadiol, arginina e histidina são metabolizados pelo micróbio para energia e carbono. A arginina é metabolizada usando a via da arginina deaminase e ainda é incerto sobre como a histidina é degradada pela célula. Quando a arginina é metabolizada pelas vias da arginina desaminase, seus produtos são dióxido de carbono, acetato, butirato, citrulina e ornitina. Quando a histidina é metabolizada, os produtos são dióxido de carbono, acetato, butirato, citrulina e ornitina, e indiretamente formiato e propionato[24].
Esta bactéria é capaz de utilizar os aminoácidos arginina e histidina para o crescimento[25].
A fonte mais provável do nitrogênio que este micróbio utiliza é a metabolização da arginina e da histidina. Quando ambos os substratos são metabolizados, a amônia é um dos produtos das vias[25].
O Synergistes jonesii é único porque atualmente é o único microrganismo do rúmen conhecido a utilizar a arginina e a histidina como principal fonte de energia e substratos produtores de carbono. Um terceiro aminoácido que S. jonesii parecia capaz de metabolizar era a glicina, embora em menor grau a partir de arginina e histidina. Descobriu-se que a arginina era degradada em S. jonesii pela via da arginina deaminase e produzia dióxido de carbono, acetato, butirato, citrulina e ornitina. O metabolismo de histidina também produziu dióxido de carbono, acetato, butirato, citrulina e ornitina, além de fornecer carbono para formato e propionato. Devido ao fato de que os aminoácidos arginina e histidina são a principal fonte de carbono para Synergistes jonesii, pode permitir que o microorganismo compita no rúmen e ocupe um nicho individualizado dentro da comunidade[25].
O único habitat conhecido para Synergistes jonesii está dentro do rúmen. Este micróbio foi isolado pela primeira vez a partir do rúmen de uma cabra no Havaí e desde então tem sido encontrado no rúmen do gado. S. jonesii não é um micróbio comum nas populações de ruminantes, mas algumas distribuições geográficas foram mostradas[25].
A filogenia baseada no trabalho do Projeto Árvore Viva Todas as Espécies chamado All-Species Living Tree Project.
Acetomicrobium flavidum (type sp.) [was Bacteroideaceae]
T. acidaminovorans (type sp.)
A. colombiense (type sp.)
D. peptidovorans (type sp.)
Synergistetes é um filo de bactérias gram-negativas anaeróbicas recém descrito e têm forma de célula bastonete / vibrioide. Das 124 sequências do gene 16S rRNA exibidas no banco de dados Synergistes GenBank, apenas duas são derivadas de isolados reais: Synergistes jonesii, número de acesso [[1]], isolado do rúmen de uma cabra, e Synergistes sp. estirpe P4G_18P1, número de acesso [[2]], isolado da cavidade oral. Sequências do gene 16S rRNA semelhantes ao Synergistes foram encontradas em inventários moleculares de vários digestores anaeróbios de remoção de poluição, bem como em intestinos de cupins, trato intestinal de porcos, reservatórios de petróleo e o ecossistema subgengival humano. Utilizando PCR direcionada ao gene 16S rRNA, Godon et al. recentemente exploraram 93 ambientes anaeróbios, incluindo digestores anaeróbicos mesófilos e termofílicos, coalhada, dejetos de suínos, composto, solo de 23 tipos ou locais diferentes, e os intestinos de 49 animais diferentes, além de quatro espécimes de fontes humanas, e encontraram Synergistes presentes em 95% dos ecossistemas analisados, embora sua proporção fosse geralmente inferior a 1%. As seqüências de fontes animais formaram seus próprios grupos agrupados, assim como as seqüências de digestores, solo e placa subgengival humana, sugerindo que subgrupos filogeneticamente definidos de organismos do grupo Synergistes (SGOs) ocupam seus próprios nichos ecológicos individuais.
分類 ドメシネルギステス門（Synergistetes）は、真正細菌の一門である[1][2][3][4]。この門に属す細菌の多くはグラム陰性の桿菌で、ペプチドや脂質を嫌気環境で代謝する[3]。いくつかの種は動物の消化器官に存在しており、歯周病[5]、胃腸や軟組織への感染症に関係する[2]。この他嫌気性の廃水処理設備[6]や油田[7]からも見出されている。
この項目は、真正細菌（バクテリア）に関連した書きかけの項目です。この項目を加筆・訂正などしてくださる協力者を求めています（Portal:生き物と自然／ウィキプロジェクト 生物）。 シネルギステス門（Synergistetes）は、真正細菌の一門である。この門に属す細菌の多くはグラム陰性の桿菌で、ペプチドや脂質を嫌気環境で代謝する。いくつかの種は動物の消化器官に存在しており、歯周病、胃腸や軟組織への感染症に関係する。この他嫌気性の廃水処理設備や油田からも見出されている。
시네르기스테스균문(Synergistetes)은 세균 문의 하나이다.[1][2] 그람-음성균이며, 막대 모양의 절대혐기성균이다.[2] 이 세균 문에 속한 종들은 치주질환(잇몸질환),[3] 소화기계 및 연조직 감염과 관련이 있다.[1]
아래 분류는 현재 인정되고 있는 원핵생물명 목록(List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, LSPN)과[4] "현존하는 모든 생물 종의 계통수 프로젝트"(The All-Species Living Tree Project)의 16S rRNA 계통발생학 연구를 기초로 작성했다.[5]
?Candidatus Tammella caduceiae Hongoh et al. 2007
?Aminomonas paucivorans Baena et al. 1999
Anaerobaculum?A. hydrogeniformans[6] Maune and Tanner 2009
A. mobile Menes and Muxí 2002
A. thermoterrenum Rees et al. 1997
Thermovirga lienii Dahle and Birkeland 2006
ThermanaerovibrioT. acidaminovorans (Guangsheng et al. 1997) Baena et al. 1999
T. velox Zavarzina et al. 2000
Aminiphilus circumscriptus Díaz et al. 2007
Cloacibacillus evryensis Ganesan et al. 2008
Synergistes jonesii Allison et al. 1993
AminobacteriumA. colombiense Baena et al. 1999
A. mobile Baena et al. 2000
Jonquetella anthropi Jumas-Bilak et al. 2007
Pyramidobacter piscolens Downes et al. 2009
DethiosulfovibrioD. salsuginis Díaz-Cárdenas et al. 2010
D. acidaminovorans Surkov et al. 2001
D. marinus Surkov et al. 2001
D. peptidovorans Magot et al. 1997
D. russensis Surkov et al. 2001
