Embecovirus is a subgenus of coronaviruses in the genus Betacoronavirus.[1] The viruses in this subgenus, unlike other coronaviruses, have a hemagglutinin esterase (HE) gene.[2] The viruses in the subgenus were previously known as group 2a coronaviruses.[3][4]
The viruses of this subgenus, like other coronaviruses, have a lipid bilayer envelope in which the membrane (M), envelope (E) and spike (S) structural proteins are anchored.[5] Unlike other coronaviruses, viruses in this subgenus also have an additional shorter spike-like structural protein called hemagglutinin esterase (HE).[2][6]
Genetic recombination can occur when two or more viral genomes are present in the same host cell. The dromedary camel beta-coronavirus (Beta-CoV HKU23) exhibits genetic diversity in the African camel population.[7] Contributing to this diversity are several recombination events that had taken place in the past between closely related Beta-CoVs of the subgenus Embecovirus.[7]
Embecovirus is a subgenus of coronaviruses in the genus Betacoronavirus. The viruses in this subgenus, unlike other coronaviruses, have a hemagglutinin esterase (HE) gene. The viruses in the subgenus were previously known as group 2a coronaviruses.
Embecovirus est un sous-genre de coronavirus du genre Betacoronavirus[1]. Les virus de ce sous-genre, contrairement aux autres coronavirus, ont un gène d'hémagglutinine estérase (HE)[2]. Les virus du sous-genre étaient auparavant connus sous le nom de coronavirus du groupe 2a[3],[4].
La taxonomie ICTV de 2019 dénombre cinq espèces dans ce sous-genre. Ces coronavirus infectent rongeurs, bovins et humains.
Les virus de ce sous-genre, comme les autres coronavirus, ont une enveloppe lipidique bicouche dans laquelle sont ancrées les protéines structurales de la membrane (M), de l'enveloppe (E) et spiculaires (S)[5]. Contrairement à d'autres coronavirus, les virus de ce sous-genre ont également une protéine structurale en forme de pic plus courte supplémentaire appelée hémagglutinine estérase (HE)[2],[6].
La recombinaison génétique peut se produire lorsque deux génomes viraux ou plus sont présents dans la même cellule hôte. Le bétacoronavirus (Beta-CoV HKU23) présente une diversité génétique dans la population de dromadaires[7]. Plusieurs évènements de recombinaison se sont en effet produit dans le passé entre des bêta-CoV étroitement apparentés du sous-genre Embecovirus, contribuant à cette diversité[7].
Coronavirus humain HKU1 (HCoV HKU1)
Coronavirus murin (MCoV ou MHV)
Betacoronavirus 1 (BCoV, HCoV OC43, etc.)
SARSr-CoV JL2012 (chauve-souris)[10]
(…)
SARSr-CoV WIV1 (Rhinolophus sinicus)
SARSr-CoV RsSHC014 (Rhinolophus sinicus)
Rc-o319 (Rhinolophus cornutus, Japon)[11]
(…)
RshSTT182 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[14]
RshSTT200 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[14]
RacCS203 (Rhinolophus acuminatus, Thaïlande)[15]
RmYN02 (Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan)[16]
RaTG13 (Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan)[17]
SARS-CoV-2 (humain ; CoViD-19)
« In all members of Betacoronavirus subgroup A, a haemagglutinin esterase (HE) gene, which encodes a glycoprotein with neuraminate O-acetyl-esterase activity and the active site FGDS, is present downstream to ORF1ab and upstream to S gene (Figure 1). »
« See figure 2. »
« CoVs are classified into four genera, Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus and Deltacoronavirus. Within Betacoronavirus, they can be further subclassified into lineages A, B, C and D [1]. In 2018, these four lineages were reclassified as subgenera of Betacoronavirus, and renamed as Embecovirus (previous lineage A), Sarbecovirus (previous lineage B), Merbecovirus (previous lineage C) and Nobecovirus (previous lineage D) [2]. In addition, a fifth subgenus, Hibecovirus, was also included (Figure 1) [2]. »
« The presence of HE genes exclusively in members of Betacoronavirus subgroup A, but not members of Betacoronavirus subgroup B, C and D suggested that the recombination had probably occurred in the ancestor of members of Betacoronavirus subgroup A, after diverging from the ancestor of other subgroups of Betacoronavirus. »
Embecovirus est un sous-genre de coronavirus du genre Betacoronavirus. Les virus de ce sous-genre, contrairement aux autres coronavirus, ont un gène d'hémagglutinine estérase (HE). Les virus du sous-genre étaient auparavant connus sous le nom de coronavirus du groupe 2a,.
La taxonomie ICTV de 2019 dénombre cinq espèces dans ce sous-genre. Ces coronavirus infectent rongeurs, bovins et humains.
