Els Avsunviroidae són una família de viroides. Tenen un genoma amb uns 240-340 pb.
Probablement es repliquen mitjançant un mecanisme simètric de cercle rodant mentre que els Pospiviroidae ho fan assimètricament. La cadena llarga d'RNA- és hidrolitzada per l'activitat associada del ribozim. Tots els membres d'aquesta família estan mancats de la regió central conservada (CCR).
Els Avsunviroidae són una família de viroides. Tenen un genoma amb uns 240-340 pb.
Probablement es repliquen mitjançant un mecanisme simètric de cercle rodant mentre que els Pospiviroidae ho fan assimètricament. La cadena llarga d'RNA- és hidrolitzada per l'activitat associada del ribozim. Tots els membres d'aquesta família estan mancats de la regió central conservada (CCR).
The Avsunviroidae are a family of viroids. There are four species in three genera (Avsunviroid, Elaviroid and Pelamoviroid).[1] They consist of RNA genomes between 246 and 375 nucleotides in length. They are single-stranded covalent circles and have intramolecular base pairing. All members lack a central conserved region.[2]
Replication occurs in the chloroplasts of plant cells. Key features of replication include no helper virus required and no proteins are encoded for. Unlike the other family of viroids, Pospiviroidae, Avsunviroidae are thought to replicate via a symmetrical rolling mechanism. It is thought the positive RNA strand acts as a template to form negative strands with the help of an enzyme thought to be RNA polymerase plus 3 II. The negative RNA strands are then cleaved by ribozyme activity and circularises. A second rolling circle mechanism forms a positive strand which is also cleaved by ribozyme activity and then ligated to become circular. The site of replication is unknown but it is thought to be in the chloroplast and in the presence of Mg2+ ions.[2]
Predictions of structure have suggested that they exist either as rod-shaped molecules with regions of base pairing causing formation of some hairpin loops or have branched configurations.[2][3]
The family has four stretches of conserved nucleotides, guuuc, uc, ucag, ac from 5' to 3', plus their Watson-Crick pairings on the other end of the loop. This is part of its hammerhead ribozyme.[1] Otherwise there is little structural similarity in the family.[Fl 1] They do not have the conserved CCH, TCR, or TCH motifs, which is one of the features defining their separation from the Pospiviroidae.[Fl 2]
The family has three genera, with a total of five species.[2]
The lack of a long, central conserved region makes Avsunviroidae harder to identify than Pospiviroidae. A method to detect them is to use their circularity: a computer can piece together many overlapping reads that appear to form repeats when placed linearly.[4]
Secondary structure proposed for representative members of the family Avsunviroidae The Avsunviroidae are a family of viroids. There are four species in three genera (Avsunviroid, Elaviroid and Pelamoviroid). They consist of RNA genomes between 246 and 375 nucleotides in length. They are single-stranded covalent circles and have intramolecular base pairing. All members lack a central conserved region.
Avsunviroidae es una familia de viroides que infectan plantas y hongos,[1] aunque también han demostrado poder replicarse en bacterias y algas.[2][3]
En la actualidad se conocen tres géneros, que incluyen cuatro especies diferentes de viroides. Su genoma se compone de un ARN con una longitud de aproximadamente 246-375 nucleótidos. Este ARN es circular y monocatenario. Los círculos que forma son covalentes y se produce apareamiento de bases intramolecular. A excepción de los viroides de la familia Pospiviroidae, todos los miembros de este grupo carecen de una región conservada central.[4]
La replicación se produce en los cloroplastos en el caso de las plantas o algas, en otros huéspedes se producirá en el citoplasma. Las principales características de la replicación es que no necesita la ayuda del virus ayudante, ni las proteínas codificadas por este, para poder replicarse. A diferencia de la otra familia de viroides, Pospiviroidae, la familia Avsunviroidae se replica a través del mecanismo de replicación en círculo rodante. Se cree que las cadenas positivas de ARN son usadas como molde para formar hebras negativas con la ayuda de la enzima ARN polimerasa II. Las cadenas de ARN negativas son entonces escindidas y circularizadas por la actividad de la ribozima. Un segundo mecanismo de círculo rodante forma una hebra positiva que también se escinde por la actividad de ribozima y después se liga para ser circular. El sitio de replicación es desconocida, pero se cree que se da en el cloroplasto y en presencia de los cationes divalentes Mg2+
Las predicciones de estructura han sugerido que existen como moléculas en forma de varilla con regiones de emparejamiento de bases que provocan la formación de algunos bucles de horquilla o tienen configuraciones ramificadas.
La familia tiene cuatro tramos de nucleótidos conservados, guuuc, uc, ucag, C.Ade 5 'a 3', más sus emparejamientos Watson-Crick en el otro extremo del bucle. Esto es parte de su ribozima martillo. De lo contrario, hay poca similitud estructural en la familia. No tienen los motivos CCH, TCR o TCH conservados, que es una de las características que definen su separación de los Pospiviroidae.
La falta de una larga región central conservada hace que Avsunviroidae sea más difícil de identificar que Pospiviroidae. Un método para detectarlos es usar su circularidad: una computadora puede juntar muchas lecturas superpuestas que parecen formar repeticiones cuando se colocan linealmente.
Datos: Q1952007
Especies: Avsunviroidae
Avsunviroidae es una familia de viroides que infectan plantas y hongos, aunque también han demostrado poder replicarse en bacterias y algas.
En la actualidad se conocen tres géneros, que incluyen cuatro especies diferentes de viroides. Su genoma se compone de un ARN con una longitud de aproximadamente 246-375 nucleótidos. Este ARN es circular y monocatenario. Los círculos que forma son covalentes y se produce apareamiento de bases intramolecular. A excepción de los viroides de la familia Pospiviroidae, todos los miembros de este grupo carecen de una región conservada central.
Les Avsunviroidae sont une famille de viroïdes[1] On en connaît actuellement (2014) trois genres et cinq espèces. Ce sont des agents sous-viraux qui infectent uniquement les plantes. Comme tous les viroïdes, ils nécessitent l'aide d'un virus (dénommé « virus aidant ») pour pouvoir infecter les plantes[réf. à confirmer][2].
Le génome de ces viroïdes est constitué d'ARN, d'une longueur de 246 à 375 nucléotides. Cet ARN est circulaire à simple brin. Les cercles qu'ils forment sont covalents, avec un appariement des bases intramoléculaire. Tous les membres de ce groupe n'ont pas de région centrale conservée.
La réplication se produit dans les chloroplastes des cellules végétales infectées. Les prédictions de la structure ont suggéré qu'ils existent soit sous forme de molécules en forme de bâtonnet avec des régions d'appariement de bases causant la formation des boucles en épingles à cheveux, soit sous forme de configurations ramifiées. La réplication dans cette famille de viroïdes se caractéristiques par le fait qu'elle ne nécessite pas de virus aidant et qu'aucune protéine n'est codée à cet effet.
Les Avsunviroidae, contrairement à l'autre famille de viroïdes, les Pospiviroidae, se répliquent selon un mécanisme de cercles roulants symétriques. On pense que les brins d'ARN positif servent de modèle pour la formation des brins négatifs à l'aide d'une enzyme, l'ARN polymérase II. Les brins d'ARN négatifs sont ensuite clivés par l'activité de la ribozyme et se circularisent. Un second mécanisme de cercle roulant forme un brin positif qui est également clivé par l'activité de la ribozyme et ensuite lié pour devenir circulaire. Le site de la réplication est inconnu mais on estime qu'il se situe dans les chloroplastes en présence de cations bivalents Mg2+.
La structure définitive est inconnue, mais des études réalisées à l'aide de prédictions bioinformatiques de la structure suggèrent qu'elles existent soit sous forme de bâtonnet, dont des régions d'appariement des bases azotées causent la formation de boucles, soit sous forme de configurations ramifiées.
Selon NCBI (24 janvier 2021)[3], la famille comprend trois genres, pour un total de quatre espèces :
Les Avsunviroidae sont une famille de viroïdes On en connaît actuellement (2014) trois genres et cinq espèces. Ce sont des agents sous-viraux qui infectent uniquement les plantes. Comme tous les viroïdes, ils nécessitent l'aide d'un virus (dénommé « virus aidant ») pour pouvoir infecter les plantes[réf. à confirmer].
Le génome de ces viroïdes est constitué d'ARN, d'une longueur de 246 à 375 nucléotides. Cet ARN est circulaire à simple brin. Les cercles qu'ils forment sont covalents, avec un appariement des bases intramoléculaire. Tous les membres de ce groupe n'ont pas de région centrale conservée.
Gli Avsunviroidae sono una famiglia di viroidi. Esistono quattro specie in tre generi (Avsunviroid, Elaviroid e Pelamoviroid).[1]
Sono costituiti da genomi di RNA con 246-375 nucleotidi di lunghezza. Sono cerchi covalenti a filamento singolo e hanno un accoppiamento di base intramolecolare. Tutti i membri mancano di una regione centrale conservata.[2]
I membri della famiglia Avsunviroidae infettano naturalmente solo le angiosperme, con una gamma di ospiti limitata a una singola specie di pianta o a poche specie di piante correlate.[2]
Gli Avsunviroidae sono una famiglia di viroidi. Esistono quattro specie in tre generi (Avsunviroid, Elaviroid e Pelamoviroid).
Sono costituiti da genomi di RNA con 246-375 nucleotidi di lunghezza. Sono cerchi covalenti a filamento singolo e hanno un accoppiamento di base intramolecolare. Tutti i membri mancano di una regione centrale conservata.
I membri della famiglia Avsunviroidae infettano naturalmente solo le angiosperme, con una gamma di ospiti limitata a una singola specie di pianta o a poche specie di piante correlate.
Avsunviroidae
Avsunviroidae (лат.) — семейство вироидов. К настоящему моменту известно три представителя. Они состоят из молекулы РНК, составляющей геном вироида, длиной 246—375 нуклеотидов. Они представлены одноцепочечной кольцевой молекулой РНК и имеют внутримолекулярные спаренные основания. У всех представителей отсутствует неизменяющийся центральный участок.
Репликация происходит в хлоропластах растительных клеток. Ключевыми особенностями репликации у представителей данного семейства является отсутствие необходимости в вирусе-помощнике, а также отсутствие кодировки белков. В отличие от другого семейства вироидов, Pospiviroidae, репликация у Avsunviroidae идет по симметричному повторяющемуся механизму. Считается, что положительные цепи РНК выступают в качестве шаблона для формирования отрицательных нитей с помощью фермента, похожего на РНК-полимеразу II. Отрицательная нить РНК затем расщепляется с помощью рибозима. Во втором повторении механизма образуется положительная нить, которая также расщепляется рибозимом, а затем скрепляется и становится кольцевой. Точное место, где проходит репликация, неизвестно, но считается, что это происходит в хлоропластах в присутствии ионов магния.
Полагают, что вироиды этого семейства существуют как палочковидные молекулы с областями спаренных оснований, где они образуют булавковидные структуры или имеют разветвленные конфигурации.
По данным Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV), на май 2016 г. в семейство Avsunviroidae включают 3 рода[3]:
Avsunviroidae (лат.) — семейство вироидов. К настоящему моменту известно три представителя. Они состоят из молекулы РНК, составляющей геном вироида, длиной 246—375 нуклеотидов. Они представлены одноцепочечной кольцевой молекулой РНК и имеют внутримолекулярные спаренные основания. У всех представителей отсутствует неизменяющийся центральный участок.
本文参照
アブサンウイロイド科(Avsunviroidae)は、ウイロイドの科である。3つの属が含まれる。246から375の長さのRNAゲノムで構成されている。一本鎖の円形で、分子内塩基対を持つ。全てが保存中央ドメインを欠いている。
複製は、植物細胞の葉緑体の中で起こる。複製の主な特徴としては、ヘルパーウイルスを必要とせず、タンパク質はコードされない。もう1つのウイロイドの科であるポスピウイロイド科と異なり、アブサンウイロイド科は、対称なローリングサークルで行われると考えられている。一方のRNA鎖が鋳型となり、RNAポリメラーゼIIでもう一方のRNA鎖を形成する。新しいRNA鎖は、リボザイムの働きによって切断され、環化される。複製の起こる場所は未知であるが葉緑体と考えられ、マグネシウムイオンを必要とする。
ヘアピンループや分岐を持つ棒状の構造をしていると予測されている。
