枯草桿菌（學名：Bacillus subtilis），是芽孢桿菌屬的一種細菌，為革蘭氏陽性的好氣性菌，普遍存在於土壤及植物體表，在人體亦可發現在腸道內共生的枯草桿菌。型態上的主要特徵是菌體表面生有鞭毛，體內形成的內生孢子可抵抗惡劣的外在環境而存活。最近的研究顯示，枯草桿菌其實並不全然是好氣性的。枯草桿菌在食品和飼料添加劑上廣範使用，如日本人使用該菌的納豆亞種（var. natto）將黃豆發酵成為納豆和韓國料理中的清麴醬，近年來使用在種子保護及生物防治上，也經常被拿來應用。臨床醫學上是屬於安全性的有益微生物。
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