新鰭亞綱是輻鰭魚的一個類群，在演化上和早期的輻鰭魚相比只有少些的差異。新鰭亞綱出現在二疊紀中期（恐龍出現之前）的一些地方上。新鰭亞綱是魚類中非常成功的一個類群，因為它們可以游得比它們的祖先更快，鱗片和骨頭也開始變輕，連下顎也變得更有力量且更有效率。
依照2017年《硬骨鱼支序分类法》，本亚纲与其它硬骨鱼的演化关系如下[1][2]：
硬骨鱼高纲 Osteichthyes 辐鳍鱼总纲 Actinopterygii 辐鳍鱼纲 Actinopteri 新鳍亚纲 Neopterygii真骨下纲 Teleostei 
全骨下纲 Holostei 
软质亚纲 Chondroste 
腕鳍鱼纲 Cladistia 
肺鱼亚纲 Dipnomorpha 
四足形亚纲 Tetrapodomorpha 
腔棘魚綱 Coelacanthimorpha 
在传统分类系统中，大致包含以下各目：
新鰭亞綱（Neopterygii） 全骨下綱（Holostei）雀鱔目（Lepisosteiformes）
弓鰭魚目（Amiiformes）
真骨下綱 （Teleostei） 骨舌魚總目（Osteoglossomorpha）骨舌魚目（Osteoglossiformes）
月眼魚目（Hiodontiformes）
海鰱總目（Elopomorpha）海鰱目Elopiformes
北梭魚目Albuliformes
背棘魚目Notacanthiformes
鰻鱺目Anguilliformes
囊鰓鰻目Saccopharyngiformes
鯡形總目（Clupeomorpha）鯡形目（Clupeiformes）
骨鰾總目（Ostariophysi）鼠鱚目（Gonorynchiformes）
鯉形目（Cypriniformes）
脂鯉目（Characiformes）
裸背魚目（Gymnotiformes）
鯰形目（Siluriformes）
原棘鰭總目（Protacanthopterygii）鮭形目（Salmoniformes）
狗魚目（sociformes）
胡瓜魚目（Osmeriformes）
巨口魚總目（Stenopterygii）辮魚目（Ateleopodiformes）
巨口魚目（Stomiiformes）
圓鱗總目（Cyclosquamata）仙女魚目（Aulopiformes）
燈籠魚總目（Scopelomorpha）燈籠魚目（Myctophiformes）
月魚總目（Lampridiomorpha）月魚目（Lampriformes）
鬚鰃總目（Polymyxiomorpha）鬚鰃目（Polymixiiformes）
副棘鰭總目（Paracanthopterygii）鮭鱸目（Percopsiformes）
蟾魚目（Batrachoidiformes）
鮟鱇目（Lophiiformes）
鱈形目（Gadiformes）
鼬魚目（Ophidiiformes）
棘鰭總目 （Acanthopterygii）鯔形目（Mugiliformes）
銀漢魚目（Atheriniformes）
鶴鱵目（Beloniformes）
奇鰭魚科（Cetomimiformes）
鯉齒目（Cyprinodontiformes）
奇鯛目（Stephanoberyciformes）
金眼鯛目（Beryciformes）
海魴目（Zeiformes）
喉盤魚目（Gobiesociformes）
棘背魚目（Gasterosteiformes）
海龍目（Syngnathiformes）
合鰓目（Synbranchiformes）
魨形目（Tetraodontiformes）
鰈形目（Pleuronectiformes）
鮋形目（Scorpaeniformes）
鱸形目（Perciformes）
