Fibrobacteres

Fibrobacteres е мало бактериско колено кое вклучува многу видови бактерии кои живеат во бурагот (предниот желудник) на преживарите. Тие учествуваат во процесот на разложување на целулозата од растителниот материјал. Членовите на ова колено порано биле категоризирани во други колена, на пример, родот Fibrobacter (единствениот род на Fibrobacteres) бил отстранет од родот Bacteroides во 1988 година.^[1]

Филогенија и компаративни геномски студии

Иако Fibrobacteres, кое се состои само од еден род Fibrobacter и два вида, моментално е признаено како посебно колено, филогенетските студии базирани на секвенци на протеините RpoC и гираза B, укажуваат на тоа дека видот Fibrobacter succinogenes е сроден со видовите на колената Bacteroidetes и Chlorobi.^[2] Видовите од овие три колена се гранаат на иста позиција врз основа на CSIs (анг. conserved signature indels) во голем број на важни протеини.^[3] Што е најважно, компаративни геномски студии откриле две CSIs (5-7 аминокиселини вметнати во RpoC протеини и 13-16 аминокиселини вметнати во серин хидроксиметилтрансфераза) и еден специфичен протеин (PG00081) кои уникатно се споделени од сите видови на овие три колена.^[4] Овие резултати даваат убедливи докази дека видовите на трите колена имаат заеднички предок и предложено е тие да бидат групирани во суперколеното "FCB".

Таксономија

Моментално прифатената таксономија се заснова на Листата на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN),^[5] Националниот центар за биотехнолошки информации (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI)^[6] и 16S рРНК-базираното LTP ослободување 123 од Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project).^[7]

• Класа "Chitinispirillia" ♠ Sorokin et al. 2016
  • Ред "Chitinispirillales" Sorokin et al. 2016
    • Фамилија "Chitinispirillaceae" ♠ Sorokin et al. 2016
      • Род "Chitinispirillum" ♠ Sorokin et al. 2016
        • Вид "Chitinispirillum alkaliphilum" ♠ Sorokin et al. 2016
• Класа Chitinivibrionia Sorokin et al. 2014
  • Ред Chitinivibrionales Sorokin et al. 2014
    • Фамилија Chitinivibrionaceae Sorokin et al. 2014
      • Род Chitinivibrio Sorokin et al. 2014
        • Вид Chitinivibrio alkaliphilus Sorokin et al. 2014
• Класа Fibrobacteria Spain et al. 2012
  • Ред "Candidatus Fibromonadales" ♠ Abdul Rahman et al. 2016
    • Фамилија "Candidatus Fibromonadaceae" ♠ Abdul Rahman et al. 2016
      • Род "Candidatus Fibromonas" ♠ Abdul Rahman et al. 2016
        • Вид "Candidatus Fibromonas termitidis" ♠ Abdul Rahman et al. 2016
  • Ред Fibrobacterales Spain et al. 2012
    • Фамилија Fibrobacteraceae Spain et al. 2012
      • Род Fibrobacter Montgomery et al. 1988
        • Вид F. intestinalis Montgomery et al. 1988
        • Вид F. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al.. 1988
          • Подвид F. s. elongatus Montgomery et al. 1988
          • Подвид F. s. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988

Коленото Fibrobacteres и некои од неговите филогенетски соседи

Забелешки: ♠ Видови кои се наоѓаат во NCBI, но не се наведени во LSPN.

Дистрибуција

Коленото Fibrobacteres се смета дека е сродно со CFB [Cytophaga-Flavibacterium-Bacteroides]. Единствениот род во ова колено е Fibrobacter кој содржи видови од цревната микрофлора на цицачи како добитокот и свињите.^[8] Двата опишани вида од овој род, Fibrobacter succinogenes и Fibrobacter intestinalis се важни членови на фибролитичките микробни заедници во цревата на цицачите.

Молекуларните докази засновани на гени на 16S рРНК изолирани од различни средини укажуваат на тоа дека ова колено е повеќе распространето отколку што порано се мислело.^[9][10] Повеќето клонови изолирани од цицачите се групираат заедно со познатите изолати во Fibrobacteres потколено 1. Членовите на Fibrobacteres потколено 2, досега се пронајдени само во цревата на термитите^[11] и во некои лебарки.^[12] Доминантноста на Fibrobacteres потколено 2 во бактериските заедници кои разградуваат целулоза во цревата на термитот Nasutitermes corniger укажува на тоа дека тие играат важна улога во разградбата на растителниот материјал кај термитите.^[13]

Поврзано

• Fibrobacter succinogenes
• Листа на бактериски редови

Наводи

1. ↑ Transfer of Bacteroides succinogenes (Hungate) to Fibrobacter gen. nov. as Fibrobacter succinogenes comb. nov. and description of Fibrobacter intestinalis sp. nov. „Int. J. Syst. Bacteriol.“ том 38 (4): 430–435. doi:10.1099/00207713-38-4-430.
2. ↑ Gupta, R. S.. The phylogeny and signature sequences characteristics of Fibrobacteres, Chlorobi, and Bacteroidetes. „Critical Reviews in Microbiology“ том 30: 123–140. doi:10.1080/10408410490435133. PMID 15239383.
3. ↑ Griffiths, E; Gupta, RS. The use of signature sequences in different proteins to determine the relative branching order of bacterial divisions: evidence that Fibrobacter diverged at a similar time to Chlamydia and the Cytophaga- Flavobacterium-Bacteroides division. „Microbiology“ том 147: 2611–22. doi:10.1099/00221287-147-9-2611. PMID 11535801.
4. ↑ Gupta, R. S.; Lorenzini, E.. Phylogeny and molecular signatures (conserved proteins and indels) that are specific for the Bacteroidetes and Chlorobi species. „BMC Evolutionary Biology“ том 7: 71. doi:10.1186/1471-2148-7-71. PMID 17488508.
5. ↑ J.P. Euzéby. „Fibrobacteres“. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). конс. 2016-06-05.
6. ↑ Sayers и др. „Fibrobacteres“. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. конс. 2016-06-05.
7. ↑ 'The All-Species Living Tree' Project.„16S rRNA-based LTP release 123 (full tree)“ (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. конс. 2016-06-05.
8. ↑ Qi, M. and Nelson, K.E. and Daugherty, S.C. and Nelson, W.C. and Hance, I.R. and Morrison, M. and Forsberg, C.W.. Novel molecular features of the fibrolytic intestinal bacterium Fibrobacter intestinalis not shared with Fibrobacter succinogenes as determined by suppressive subtractive hybridization. „Journal of Bacteriology“ том 187 (11): 3739–3751. doi:10.1128/jb.187.11.3739-3751.2005. PMID 15901698.
9. ↑ McDonald, JE; Lockhart, RJ; Cox, MJ; Allison, HE; McCarthy, AJ. Detection of novel Fibrobacter populations in landfill sites and determination of their relative abundance via quantitative PCR. „Environmental Microbiology“ (Wiley Online Library) том 10 (5): 1310–1319. doi:10.1111/j.1462-2920.2007.01544.x. PMID 18266756.
10. ↑ Hongoh, Y. and Deevong, P. and Hattori, S. and Inoue, T. and Noda, S. and Noparatnaraporn, N. and Kudo, T. and Ohkuma, M.. Phylogenetic diversity, localization, and cell morphologies of members of the candidate phylum TG3 and a subphylum in the phylum Fibrobacteres, recently discovered bacterial groups dominant in termite guts. „Applied and Environmental Microbiology“ (Am Soc Microbiol) том 72 (10): 6780–6788. doi:10.1128/aem.00891-06. PMID 17021231.
11. ↑ Mikaelyan, A.; Dietrich, C.; Köhler, T.; Poulsen, M.; Sillam-Dussès, D.; Brune, A.. Diet is the primary determinant of bacterial community structure in the guts of higher termites. „Molecular Ecology“ том 24 (20): 5824–5895. doi:10.1111/mec.13376. PMID 26348261.
12. ↑ Mikaelyan, A.; Köhler, T.; Lampert, N.; Rohland, J.; Boga, H.; Meuser, K.; Brune, A.. Classifying the bacterial gut microbiota of termites and cockroaches: A curated phylogenetic reference database (DictDb). „Systematic and Applied Microbiology“ том 38: 472–482. doi:10.1016/j.syapm.2015.07.004.
13. ↑ Mikaelyan, A.; Strassert, J.; Tokuda, G.; Brune, A.. The fibre-associated cellulolytic bacterial community in the hindgut of wood-feeding higher termites (Nasutitermes spp.). „Environmental Microbiology“ том 16 (9): 2711–2722. doi:10.1111/1462-2920.12425.