Hibecovirus est un sous-genre de bétacoronavirus constituant une branche du cladogramme des bétacoronavirus représentée par une seule espèce connue :
Ce virus se distingue par sa structure génomique qui contient un cadre de lecture ouvert ORF2 entre les séquences ORF1ab et le gène S.
Position phylogénétique
β-CoV
[3] Embecovirus Coronavirus humain HKU1 (HCoV HKU1)
Coronavirus murin (MCoV ou MHV)
MrufCoV 2JL14
Betacoronavirus 1 (BCoV, HCoV OC43, etc.)
ChRCoV HKU24
Merbecovirus EriCoV 1[4]
MERSr-CoV
Ty-BatCoV HKU4
Pi-BatCoV HKU5
Nobecovirus Ei-BatCoV C704
RO-BatCoV GCCDC1
RO-BatCoV HKU9
Hibecovirus Hp-betaCoV Zhejiang2013
Sarbecovirus SARSr-CoV JL2012 (chauve-souris)[5]
(…)
SARSr-CoV WIV1 (Rhinolophus sinicus)
SARSr-CoV RsSHC014 (Rhinolophus sinicus)
Civet-SARSr-CoV (civette)
SARS-CoV-1 (humain ; SRAS)
Rc-o319 (Rhinolophus cornutus, Japon)[6]
(…)
Pangolin SARSr-CoV-GX[7]
Pangolin SARSr-CoV-GD[8]
RshSTT182 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[9]
RshSTT200 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[9]
RacCS203 (Rhinolophus acuminatus, Thaïlande)[10]
RmYN02 (Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan)[11]
RaTG13 (Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan)[12]
SARS-CoV-2 (humain ; CoViD-19)
Notes et références
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↑ a b et c (en) « Virus Taxonomy: 2019 Release », ICTV, juillet 2019 (consulté le 3 avril 2021).
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↑ Wu Zhiqiang et al., Deciphering the bat virome catalog to better understand the ecological diversity of bat viruses and the bat origin of emerging infectious diseases, 2016.
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↑ Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, no 12, décembre 2020, p. 3025–3029 (DOI )
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↑ Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, no 7815, 9 juillet 2020, p. 282–285 (DOI )
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↑ Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, no 5, 14 mai 2020, e1008421 (DOI )
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↑ a et b (en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, « A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia », sur bioRxiv, 26 janvier 2021 (DOI ), p. 2021.01.26.428212
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↑ H Zhou, X Chen, T Hu, J Li, H Song, Y Liu, P Wang, D Liu, J Yang, EC Holmes, AC Hughes, Y Bi et W Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. », Current biology : CB, vol. 30, no 11, 8 juin 2020, p. 2196-2203.e3 (PMID , DOI )
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↑ « Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature, vol. 588, no 7836, décembre 2020, E6 (PMID , DOI , lire en ligne)
