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Portogloboviridae

Portogloboviridae ( allemand )

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Portogloboviridae ist die Bezeichnung für eine Familie von DNA-Viren, die Archaeen infizieren. Es gibt derzeit (Stand Mitte März 2021) in der Familie nur eine vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) bestätigte Gattung (Genus) in dieser Familie, Alphaportoglobovirus.

Die Familie scheint eng verwandt zu sein mit der Familie Sphaerolipoviridae, die zum Realm Varidnaviria gehört. Es wurde daher vorgeschlagen, die Portogloboviridae ebenfalls den Varidnaviria zuzuordnen. Die Kapsidproteine der Portogloboviridae und ihre Eigenschaften sind von evolutionärer Bedeutung für den Ursprung aller Varidnaviria, da sie offenbar sehr ursprüngliche Merkmale beibehalten haben.[2]

Der Name Portogloboviridae kommt von lateinisch portoglobo mit porto ich trage und globus Kugel: dies bezieht sich auf die Kugelform der Viruspartikel, sobald das äußere Kapsid entfernt wird.[3]

Beschreibung

Die Virionen (Viruspartikel) dieser Familie haben ein Kapsid mit ikosaedrischer Geometrie und eine interne Lipidmembran, die das genetische Material schützt. Der Durchmesser liegt bei 83 bis 87 nm. Das Genom ist unsegmentiert (monopartit) und besteht aus einem zirkulär geschlossenen Doppelstrang-DNA-Molekül mit einer Länge von 20.222 bp. Es enthält 45 offene Leserahmen (en. open reading frames, ORFs), die eng angeordnet sind und 89,1 % des Genoms einnehmen. Die ORFs sind im Allgemeinen kurz, mit einer durchschnittlichen Länge von 103 Codons (Basentripletts). Die Virionen besitzen 10 verschiedene Proteine mit einer Größe von 20 bis 32 kDa (Kilo-Dalton), acht davon sind Kapsidproteine, eines davon mit Singe-Jelly-Roll-Struktur (SJR). Die Replikation erfolgt im Zytoplasma, der Austritt ohne die Wirtszelle zu zerstören, d. h. ohne Lyse.[4]

Als natürliche Wirte dienen hyperthermophile Archaeen der Gattung Sulfolobus [en] (Klasse Thermoprotei, Phylum Crenarchaeota).[4]

Systematik

Die Portogloboviridae sind zusammen mit den Sphaerolipoviridae von evolutionärer Bedeutung für den Realm der Varidnaviren, da sie offenbar Relikte der ersten Viren dieses Realms sind. Vertreter der Portogloboviridae haben zusammen mit denen der Sphaerolipoviridae möglicherweise den letzten universellen gemeinsamen Vorfahren (Ahnen) aller zellulären Organismen (LUGA oder Urvorfahr, en. last universal common ancestor, LUCA) infiziert und sind vor oder mit diesem Organismus entstanden.[2]

Es wurde daher folgende äußere Systematik vorgeschlagen:[2]

Varidnaviria

Portogloboviridae



Helvetiavirae mit einziger Familie Sphaerolipoviridae


Bamfordvirae




Innere Systematik nach ICTV (es gibt keine weiteren Vorschläge bei NCBI) mit Stand Mitte März 2021:

  • Familie: Portogloboviridae
  • Gattung: Alphaportoglobovirus
  • Spezies Alphaportoglobovirus SPV2
  • Stamm: Sulfolobus polyhedral virus 2 (SPV2)
  • Spezies Sulfolobus alphaportoglobovirus 1 (Typus)
  • Stamm: Sulfolobus polyhedral virus 1 (SPV1)

Einzelnachweise

  1. a b c d e ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  2. a b c Mart Krupovic, V. V. Dolja, E. V. Koonin: The LUCA and its complex virome. In: Nat Rev Microbiol. 18, Nr. 11, 14. Juli 2020, S. 661–670. doi:10.1038/s41579-020-0408-x. PMID 32665595.
  3. SIB: Portogloboviridae, auf: ViralZone (Expasy)
  4. a b Ying Liu, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino, Gérard Pehau-Arnaudet, Mart Krupovic, David Prangishvili: A Novel Type of Polyhedral Viruses Infecting Hyperthermophilic Archaea. In: J Virol. 91, Nr. 13, 9. Juli 2017, S. e00589-17. doi:10.1128/JVI.00589-17. PMID 28424284. PMC 5469268 (freier Volltext). (mit EM-Aufnahmen, Genom-Karte etc.)
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Portogloboviridae: Brief Summary ( allemand )

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Portogloboviridae ist die Bezeichnung für eine Familie von DNA-Viren, die Archaeen infizieren. Es gibt derzeit (Stand Mitte März 2021) in der Familie nur eine vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) bestätigte Gattung (Genus) in dieser Familie, Alphaportoglobovirus.

Die Familie scheint eng verwandt zu sein mit der Familie Sphaerolipoviridae, die zum Realm Varidnaviria gehört. Es wurde daher vorgeschlagen, die Portogloboviridae ebenfalls den Varidnaviria zuzuordnen. Die Kapsidproteine der Portogloboviridae und ihre Eigenschaften sind von evolutionärer Bedeutung für den Ursprung aller Varidnaviria, da sie offenbar sehr ursprüngliche Merkmale beibehalten haben.

Der Name Portogloboviridae kommt von lateinisch portoglobo mit porto ich trage und globus Kugel: dies bezieht sich auf die Kugelform der Viruspartikel, sobald das äußere Kapsid entfernt wird.

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Portogloboviridae ( anglais )

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Portogloboviridae is a family of DNA viruses that infect archaea. It is a proposed family of the realm Varidnaviria. Viruses in the family are related to Halopanivirales.[note 1] The capsid proteins of these viruses and their characteristics are of evolutionary importance for the origin of the other Varidnaviria viruses since they seem to retain primordial characters.[1]

Description

The virions in this family have a capsid with icosahedral geometry and a viral envelope that protects the genetic material. The diameter is 83 to 87 nanometers. The genome is circular and of double-stranded DNA with a length of 20,222 base pairs. The genome contains 45 open reading frames (ORFs), which are closely arranged and occupy 89.1% of the genome. ORFs are generally short, with an average length of 103 codons. Virions have 10 proteins ranging from 20 to 32 kDa. Of these proteins, 8 code for the capsid and two for the viral envelope, including one that is a vertical single jelly roll (SJR) capsid protein. Entry into the host cell is by penetration. Viral replication occurs by chronic infection without a lytic cycle.[2]

The Portogloboviridae viruses together with Halopanivirales have evolutionary importance in the evolution of the other Varidnaviria viruses since they appear to be relics of how the first viruses of this realm were. Portogloboviridae together with Halopanivirales may have infected the last universal common ancestor (LUCA) and originated before that organism.[1]

It has been proposed that it may be related to the origin of Varidnaviria in the following way.[1]

Varidnaviria

Portogloboviridae

Halopanivirales

Bamfordvirae

Taxonomy

The family has one genus which has two species:[3]

Notes

  1. ^ The references cited in this article refer to Sphaerolipoviridae. In 2020, this family was split into three families within the order Halopanivirales, so "Halopanivirales" is used throughout this article where sources state "Sphaerolipoviridae".

References

  1. ^ a b c Krupovic M, Dolja VV, Koonin EV (14 July 2020). "The LUCA and its complex virome". Nat Rev Microbiol. 18 (11): 661–670. doi:10.1038/s41579-020-0408-x. PMID 32665595. S2CID 220516514. Retrieved 22 October 2020.
  2. ^ Liu Y, Ishino S, Ishino Y, Pehau-Arnaudet G, Krupovic M, Prangishvili D (9 July 2017). "A Novel Type of Polyhedral Viruses Infecting Hyperthermophilic Archaea". J Virol. 91 (13): e00589-17. doi:10.1128/JVI.00589-17. PMC 5469268. PMID 28424284.
  3. ^ "Virus Taxonomy: 2020 Release". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). March 2021. Retrieved 24 May 2021.
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Portogloboviridae: Brief Summary ( anglais )

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Portogloboviridae is a family of DNA viruses that infect archaea. It is a proposed family of the realm Varidnaviria. Viruses in the family are related to Halopanivirales. The capsid proteins of these viruses and their characteristics are of evolutionary importance for the origin of the other Varidnaviria viruses since they seem to retain primordial characters.

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Portogloboviridae ( espagnol ; castillan )

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Portogloboviridae es una familia de virus que infectan arqueas hipertermófilas. Fue asignada a Varidnaviria en 2020. Son similares a Halopanivirales con quien esta emparentado. Además las proteínas de la cápside de estos virus y sus características son de importancia evolutiva para el origen de los demás virus de Varidnaviria ya que parecen retener caracteres primordiales.[1]

Descripción

Los viriones de esta familia tienen una cápside con geometría icosaedrica y una envoltura vírica que protege el material genético. El diámetro es de 83 a 87 nanómetros. El genoma es circular y de ADN bicatenario con una longitud de 20.222 pb. El genoma contiene 45 marcos de lectura abiertos (ORF), que están estrechamente dispuestos y ocupan el 89,1% del genoma. Los ORF son generalmente cortos, con una longitud media de 103 codones. Los viriones tienen 10 proteínas que oscilan entre 20 y 32 kDa. Una es en rollo de gelatina vertical (SJR-MCP). De estas proteínas 8 codifican para la cápside y dos para la envoltura vírica. La entrada en la célula huésped se realiza por penetración. La replicación viral se produce por infección crónica sin ciclo lítico.[2]

Los virus de Portogloboviridae junto con Halopanivirales tienen importancia evolutiva en la evolución de los demás virus de Varidnaviria ya que parecen ser reliquias de como eran los primeros virus de este dominio y sus proteínas en rollo de gelatina difiere constantemente en las estructuras. Portogloboviridae junto con Halopanivirales infectaron al último antepasado común universal de la vida celular.[1]

Referencias

  1. a b Mart Krupovic, Valerian V. Dolja, Eugene V. Koonin (2020). The LUCA and its complex virome. Nature.
  2. Ying Liu , Sonoko Ishino , Yoshizumi Ishino , Gérard Pehau-Arnaudet , Mart Krupovic , David Prangishvili, (2017). A Novel Type of Polyhedral Viruses Infecting Hyperthermophilic Archaea. American Journal of Microbiology.
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Portogloboviridae: Brief Summary ( espagnol ; castillan )

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Portogloboviridae es una familia de virus que infectan arqueas hipertermófilas. Fue asignada a Varidnaviria en 2020. Son similares a Halopanivirales con quien esta emparentado. Además las proteínas de la cápside de estos virus y sus características son de importancia evolutiva para el origen de los demás virus de Varidnaviria ya que parecen retener caracteres primordiales.​

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