Les Actinobacteria, en français Actinobactéries, sont un groupe de bactéries filamenteuses, Gram-positives. La majorité de ces espèces plutôt que vivre en liberté ont évolué pour devenir commensales et/ou symbiotes de plantes, champignons, insectes, éponges et d'autres organismes... ou elles sont saprophytes et principalement telluriques ; quelques-unes (ex Mycobacterium) peuvent être pathogènes chez des individus à résistance affaiblie. Certaines vivent à l'intérieur de plantes pour lesquelles elles fixent l'azote de l'air et produisent des antibiotiques naturels[1].
Elles étaient auparavant appelées actinomycètes, le suffixe mycète renvoyant aux caractéristiques qu'elles ont en commun avec les champignons, mais pour éviter une confusion avec les champignons, on les appelle désormais actinobactéries[2].
Ces bactéries sont réputées anaérobies tandis que les nocardia (à l'instar des streptomycètes qui leur ressemblent) sont aérobies. Quelques cas d'actinomycètes aquatiques (eau douce) semblant aérobies ont été signalés en 1975 au Canada par deux microbiologistes[3].
Avec les cyanobactéries, elles secrètent, lorsqu'elles produisent des spores, la géosmine qui donne au sol l'odeur de terre fraîchement retournée ou mouillée après une période sèche.
Ces bactéries occupent deux types très différents d'habitats :
La plupart des actinobactéries sont aérobies, mais quelques-unes, comme Actinomyces israelii supportent l'anaérobiose.
Le groupe des actinomycètes et Nocardia a souvent été présenté comme à cheval entre bactéries et champignons. Il fut décrit par certains parmi les mycoses, par d'autres parmi les infections bactériennes.
Il ne se rapproche en fait des champignons que par l'existence de filaments ramifiés évoquant un mycélium. La ressemblance n'est que morphologique, la phylogénie moléculaire a montré sans appel l'appartenance du groupe aux bactéries ; cette phylogénie est soutenue morphologiquement par la finesse de ces filaments (maximum 1 micron, les filaments mycéliens allant de 2 à 5 microns) et par le fait que, en culture surtout, ces filaments se fragmentent au point de ressembler beaucoup à des bacilles (aspect similaire à celui des Corynebacterium). Par ailleurs, la composition de leur paroi et corrélativement leur sensibilité aux antibiotiques les rapprochent des bactéries.
Beaucoup d'actinobactéries ont des formes filamenteuses évoquant les mycéliums des champignons, où elles étaient initialement classées sous l'ancienne appellation Actinomycètes.
À l'inverse des Firmicutes, autres grands groupes des bactéries gram positive, ils ont un fort pourcentage CG et quelques espèces produisent des exospores.
Cette famille de bactérie est diversifiée et produit de nombreuses molécules intéressantes pour l'agriculture, les biotechnologies et la médecine, dont la majorité des antibiotiques aujourd'hui utilisés en clinique. Certaines Actinobactéries peuvent cependant être pathogènes, ce qui devrait les faire utiliser prudemment si elles devait l'être vivantes et chez l'homme ou l'animal ; mais ce genre présente aussi une capacité inégalée à produire de nombreux composés organiques complexes présentant souvent un intérêt pharmaceutique.
En particulier,
À l'occasion d'une analyse métagénomique d'échantillons de salive humaine a été récemment découverte (publication 2016 [7]) une minuscule bactérie parasite de la bactérie Actinomyces odontolyticus. L’ARN de cette bactérie avait déjà été signalé, mais nul ne savait de quel organisme il pouvait provenir[7]. Ce micro-parasite bactérien est dotée d’un patrimoine génétique très petit (700 gènes environ, à comparer aux 2200 gènes d’A. odontolyticus). Il semble fortement dépendant de son hôte (couple A. odontolyticus+ être humain en l’occurrence) [7]. Sa présence est en fait observées depuis plusieurs années, et était déjà associé à certaines formes de gingivites, de fibrose kystique et à des mécanismes de résistance aux antimicrobiens, mais sans que la bactérie ait été identifiée comme organisme parasite et sans que sa biologie ne soit comprise[7]. Comme dans le cas de la seule autre bactérie parasite d’archées connue (Bdellovibrio, découverte un peu plus tôt et classée parmi les « Delta Proteobacteria », une cellule libre très motile et rapide, qui traque des archées pour les parasiter. Elle est en outre dotée d’un patrimoine génétique au contraire plus important que la moyenne pour des bactéries de cette taille[8]. La « nouvelle bactérie salivaire », bien plus petite que la plupart des autres bactéries, peut aussi vivre à la surface de ses bactéries-hôtes ; elle a un patrimoine génétique anormalement restreint qui la rend aussi très dépendante de son hôte. Elle est utile à son hôte mais finalement pathogène pour lui, et indirectement aussi pour l’homme. De telles caractéristiques n’avaient jamais été trouvées chez une bactérie.
Il semble que dans un premier temps, les hôtes (Actinomyces) tolèrent ces micro-parasites qui s’attachent eux-mêmes à sa membrane externe de leur hôte en prélevant des nutriments via la membrane, puis dans un second temps le parasite attaque et tue l’hôte en perçant cette membrane[7]. C’est pourquoi cette espèce n’avait pas été découverte (car elle ne peut être cultivée en boite de Petri indépendamment de son hôte Actinomyces ; ce qui laisse penser que de nombreuses autres bactéries parasites pourraient exister sans avoir été découvertes, pour la même raison, car de nombreux indices (génétiques notamment) plaident pour des interactions durables entre microbes, parasitaires notamment)[7].
Pathogénicité : ce micro-parasite pourrait être directement ou indirectement lié à certaines maladies car des taux plus élevés de son ADN ont été retrouvés chez des patients victimes de maladies des gencives ou de fibrose kystique. Les Actinomyces sont connues pour être potentiellement pathogènes pour les gencives, mais sont normalement contrôlées par les globules blancs (macrophagie), or il semble que les bactéries infectées par le parasite puissent échapper aux macrophages (par un mécanisme encore à éclaircir), ce qui leur permettraient d’impunément de se développer dans les gencives[7].
Antibiorésistance : Curieusement, les deux seules bactéries parasites (d'autres bactéries) connues ont en commun la capacité de rendre leurs hôtes résistants à la streptomycine, point qui pourrait éclairer les phénomènes croissants d’antibiorésistance [7]. Un traitement antibiotique par la streptomycine favorise donc indirectement la bactérie hôte, connue pour être pathogène pour l’Homme.
Les Actinobacteria, en français Actinobactéries, sont un groupe de bactéries filamenteuses, Gram-positives. La majorité de ces espèces plutôt que vivre en liberté ont évolué pour devenir commensales et/ou symbiotes de plantes, champignons, insectes, éponges et d'autres organismes... ou elles sont saprophytes et principalement telluriques ; quelques-unes (ex Mycobacterium) peuvent être pathogènes chez des individus à résistance affaiblie. Certaines vivent à l'intérieur de plantes pour lesquelles elles fixent l'azote de l'air et produisent des antibiotiques naturels.
Elles étaient auparavant appelées actinomycètes, le suffixe mycète renvoyant aux caractéristiques qu'elles ont en commun avec les champignons, mais pour éviter une confusion avec les champignons, on les appelle désormais actinobactéries.
Ces bactéries sont réputées anaérobies tandis que les nocardia (à l'instar des streptomycètes qui leur ressemblent) sont aérobies. Quelques cas d'actinomycètes aquatiques (eau douce) semblant aérobies ont été signalés en 1975 au Canada par deux microbiologistes.
Avec les cyanobactéries, elles secrètent, lorsqu'elles produisent des spores, la géosmine qui donne au sol l'odeur de terre fraîchement retournée ou mouillée après une période sèche.
Vue au microscope électronique d'Actinomyces israelii (fausse couleur)