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Ligamenvirales

Ligamenvirales ( German )

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Die Ligamenvirales stellen eine Ordnung von Viren dar, deren Wirte thermophile Bakterien und Archaeen der Abteilung Crenarchaeota sind. Die Ordnung entstand aus der Zusammenfassung der Virusfamilien Lipothrixviridae und Rudiviridae, da durch erweiterte Sequenzanalysen ein gemeinsamer evolutionärer Vorläufer angenommen werden kann, obwohl in der Struktur der Virionen Unterschiede bestehen. So sind die Viren der Lipothrixviridae von einer Virushülle umgeben, die Rudiviridae sind hüllenlos. Beide Familien repräsentieren jedoch Viren mit einer linearen, nicht-segmentierten doppelsträngigen DNA als Genom, ihr Kapsid zeigt jeweils eine helikale Symmetrie und sie besitzen Gemeinsamkeiten bezüglich des Wirtsspektrums und der Replikationsstrategien. Beide Familien haben (abhängig von den unterschiedlichen Gattungen) bis zu zehn Gene gemeinsam. Die Faltungsstruktur der Kapsidproteine beider Familien bildet eine ungewöhnliche, vierfache Helix.

Die Virionen der Ligamenvirales sind filamentös und besitzen an beiden Enden haarförmige Strukturen, die mit der Wirtsspezifität und dem Eintritt in die Wirtszelle assoziiert sind. Von dieser Morphologie ist der Name der Ordnung abgeleitet (lat. ligamen: Band, Fessel).

Systematik

Aufgrund strukturellen Ähnlichkeiten mit der Familie Tristomaviridae wurde vorgeschlagen, die Ordnung Ligamenvirales und die Familie Tristromaviridae in einer Klasse „Tokiviricetes“ zu vereinen.[1][3]

  • Klasse „Tokiviricetes“ (Vorschlag)
  • Ordnung Ligamenvirales

Quellen

Einzelnachweise

  1. a b F. Wang, D. P. Baquero, Z. Su, T. Osinski, D. Prangishvili, E. H. Egelman, M. Krupovic: Structure of a filamentous virus uncovers familial ties within the archaeal virosphere. In: Virus Evolution. 6, Nr. 1, Januar 2020, S. veaa023. doi:10.1093/ve/veaa023. PMID 32368353. PMC 7189273 (freier Volltext).
  2. ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  3. Dann Turner, Andrew M. Kropinski, Evelien M. Adriaenssens: A Roadmap for Genome-Based Phage Taxonomy, in: MDPI Viruses Band 13, Nr. 3, Section Bacterial Viruses, 18. März 2021, 506, doi:10.3390/v13030506
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Ligamenvirales: Brief Summary ( German )

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Die Ligamenvirales stellen eine Ordnung von Viren dar, deren Wirte thermophile Bakterien und Archaeen der Abteilung Crenarchaeota sind. Die Ordnung entstand aus der Zusammenfassung der Virusfamilien Lipothrixviridae und Rudiviridae, da durch erweiterte Sequenzanalysen ein gemeinsamer evolutionärer Vorläufer angenommen werden kann, obwohl in der Struktur der Virionen Unterschiede bestehen. So sind die Viren der Lipothrixviridae von einer Virushülle umgeben, die Rudiviridae sind hüllenlos. Beide Familien repräsentieren jedoch Viren mit einer linearen, nicht-segmentierten doppelsträngigen DNA als Genom, ihr Kapsid zeigt jeweils eine helikale Symmetrie und sie besitzen Gemeinsamkeiten bezüglich des Wirtsspektrums und der Replikationsstrategien. Beide Familien haben (abhängig von den unterschiedlichen Gattungen) bis zu zehn Gene gemeinsam. Die Faltungsstruktur der Kapsidproteine beider Familien bildet eine ungewöhnliche, vierfache Helix.

Die Virionen der Ligamenvirales sind filamentös und besitzen an beiden Enden haarförmige Strukturen, die mit der Wirtsspezifität und dem Eintritt in die Wirtszelle assoziiert sind. Von dieser Morphologie ist der Name der Ordnung abgeleitet (lat. ligamen: Band, Fessel).

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Ligamenvirales ( North Frisian )

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Hoodkategorii: Wiiren
Order: Ligamenvirales
Familiae: LipothrixviridaeRudiviridae

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Ligamenvirales

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Ligamenvirales

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Ligamenvirales is an order of linear viruses that infect archaea of the kingdom Crenarchaeota and have double-stranded DNA genomes.[1] The order was proposed by David Prangishvili and Mart Krupovic in 2012 and subsequently created by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV).

The name is derived from the Latin ligamen, meaning string or thread.

Taxonomy

There are two families in this order – Lipothrixviridae and Rudiviridae.

The virons are filamentous with a helical nucleocapsid. At either end are attached either fibers or more complex structures involved in host adhesion.

The major coat proteins of both lipothrixviruses and rudiviruses have an unusual four-helix bundle topology.[2][3][4][5] The genome is non-segmented linear double stranded DNA. Viruses from the two families share up to ten genes. The major difference between the two families is that members of the family Rudiviridae are not enveloped, whereas nucleocapsids of lipothrixviruses are surrounded by a lipid membrane. Furthermore, whereas the capsid of rudiviruses is constructed from a single major capsid protein, that of lipothrixviruses is formed from two paralogous major capsid proteins. In both groups of viruses, the major capsid proteins form a claw-like dimer (homodimer in rudiviruses and heterodimer in lipothrixviruses), which wraps around the dsDNA.

Members of the Ligamenvirales are structurally related to archaeal viruses of the family Tristromaviridae which, similar to lipothrixviruses, encode two paralogous major capsid proteins with the same fold as in ligamenviruses.[6] Due to these structural similarities, order Ligamenvirales and family Tristromaviridae were proposed to be unified within a class 'Tokiviricetes' (toki means ‘thread’ in Georgian and viricetes is an official suffix for a virus class).[6]

References

  1. ^ Prangishvili D; Krupovic M (2012). "A new proposed taxon for double-stranded DNA viruses, the order Ligamenvirales". Arch Virol. 157 (4): 791–795. doi:10.1007/s00705-012-1229-7. PMID 22270758.
  2. ^ Goulet A, Blangy S, Redder P, Prangishvili D, Felisberto-Rodrigues C, Forterre P, Campanacci V, Cambillau C (2009) Acidianus filamentous virus 1 coat proteins display a helical fold spanning the filamentous archaeal viruses lineage. PNAS 106 (50) 21155–60
  3. ^ DiMaio, F; Yu, X; Rensen, E; Krupovic, M; Prangishvili, D; Egelman, EH (2015). "Virology. A virus that infects a hyperthermophile encapsidates A-form DNA". Science. 348 (6237): 914–7. doi:10.1126/science.aaa4181. PMC 5512286. PMID 25999507.
  4. ^ Kasson, P; DiMaio, F; Yu, X; Lucas-Staat, S; Krupovic, M; Schouten, S; Prangishvili, D; Egelman, EH (2017). "Model for a novel membrane envelope in a filamentous hyperthermophilic virus". eLife. 6: e26268. doi:10.7554/eLife.26268. PMC 5517147. PMID 28639939.
  5. ^ Liu, Y; Osinski, T; Wang, F; Krupovic, M; Schouten, S; Kasson, P; Prangishvili, D; Egelman, EH (2018). "Structural conservation in a membrane-enveloped filamentous virus infecting a hyperthermophilic acidophile". Nature Communications. 9 (1): 3360. Bibcode:2018NatCo...9.3360L. doi:10.1038/s41467-018-05684-6. PMC 6105669. PMID 30135568.
  6. ^ a b Wang, Fengbin; Baquero, Diana P; Su, Zhangli; Osinski, Tomasz; Prangishvili, David; Egelman, Edward H; Krupovic, Mart (2020). "Structure of a filamentous virus uncovers familial ties within the archaeal virosphere". Virus Evolution. 6 (1): veaa023. doi:10.1093/ve/veaa023. PMC 7189273. PMID 32368353.
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Ligamenvirales: Brief Summary

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Ligamenvirales is an order of linear viruses that infect archaea of the kingdom Crenarchaeota and have double-stranded DNA genomes. The order was proposed by David Prangishvili and Mart Krupovic in 2012 and subsequently created by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV).

The name is derived from the Latin ligamen, meaning string or thread.

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Ligamenvirales ( Spanish; Castilian )

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Ligamenvirales es un orden de virus que infectan a arqueas hipertermófilas.[1][2]​ En el marco del esquema de la Clasificación de Baltimore se integran en el Grupo I, ya que tienen un genoma ADN bicatenario. El nombre deriva del latín ligamen, que significa cuerda o hilo. Los viriones son filamentosos con una nucleocápside helicoidal. En cada extremo se unen fibras o estructuras más complejas involucradas en la adhesión del huésped. Las principales proteínas de la cubierta tienen una topología de haz de cuatro hélices inusual.[3]

Clasificación

Se conocen varias familias de virus ADN bicatenario que infectan a arqueas, el tercer dominio de la vida, que presentan características y formas de virión únicas. Estas familias son: Lipothrixviridae, Rudiviridae, Globuloviridae, Guttaviridae, Fuselloviridae, Bicaudaviridae, Clavaviridae,Tristromaviridae, Ovaliviridae, Ampullaviridae, Halspiviridae y Thaspiviridae. Tres de estas familias, Lipothrixviridae, Rudiviridae, Ungulaviridae forman el orden Ligamenvirales. Los virus de estas dos familias infectan a arqueas hipertermófilas y, aunque presentan diferencias en la complejidad de sus viriones y en los mecanismos de replicación del genoma, comparten una proteína homológa la SIRV2 y otras proteínas, diez genes y se clasifican en el mismo orden.

Los miembros del orden Ligamenvirales están relacionados estructuralmente con los virus de las arqueas de la familia Tristromaviridae que, codifican la proteína principal SIRV2 y la organización del virión es la misma. Debido a estas similitudes estructurales, se propuso clasificar el orden Ligamenvirales y la familia Tristromaviridae dentro del dominio nombrado Adnaviria.[4]

Referencias

  1. Prangishvili, D. and Krupovic, M., 2012. A new proposed taxon for double-stranded DNA viruses, the order “Ligamenvirales”. Archives of virology, 157(4), pp.791-795.
  2. Prangishvili, David, Patrick Forterre, and Roger A. Garrett. Viruses of the Archaea: a unifying view, Nature Reviews Microbiology 4, no. 11 (2006): 837.
  3. Goulet A, Blangy S, Redder P, Prangishvili D, Felisberto-Rodrigues C, Forterre P, Campanacci V, Cambillau C (2009) Acidianus filamentous virus 1 coat proteins display a helical fold spanning the filamentous archaeal viruses lineage. PNAS 106 (50) 21155–60
  4. Wang, F; Baquero, DP; Su, Z; Osinski, T; Prangishvili, D; Egelman, EH; Krupovic, M (January 2020). «Structure of a filamentous virus uncovers familial ties within the archaeal virosphere». Virus Evolution 6 (1): veaa023. PMC 7189273. PMID 32368353. doi:10.1093/ve/veaa023.
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Ligamenvirales: Brief Summary ( Spanish; Castilian )

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Ligamenvirales es un orden de virus que infectan a arqueas hipertermófilas.​​ En el marco del esquema de la Clasificación de Baltimore se integran en el Grupo I, ya que tienen un genoma ADN bicatenario. El nombre deriva del latín ligamen, que significa cuerda o hilo. Los viriones son filamentosos con una nucleocápside helicoidal. En cada extremo se unen fibras o estructuras más complejas involucradas en la adhesión del huésped. Las principales proteínas de la cubierta tienen una topología de haz de cuatro hélices inusual.​

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Ligamenvirales ( Galician )

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Ligamenvirales é unha orde de virus de forma liñal que infectan ás arqueas hipertermófilas do grupo das Crenarchaeota e presentan un xenoma formado por ADN de dobre cadea. A creación desta orde foi proposta en 2012.[1]

O nome deriva do latín ligamen, que significa corda ou fío, facendo referencia á súa forma liñal.

Taxonomía

Distínguense dúas familias nesta orde: Lipothrixviridae e Rudiviridae. Aínda que estas familias teñen características moi distintas en complexidade e forma de replicación, os estudos xenómicos e estruturais aconsellan clasificalas na mesma orde. Aproximadamente 1/3 das ORFs dos rudivirus teñen homólogos no virus de Sulfolobus SIFV da familia Lipothrixviridae [2].

Os virións son filamentosos e con nucleocápside helicoidal. Por cada un dos seus extremos están unidos a fibras ou estruturas máis complexas, que están implicadas na adhesión ao hóspede.

As principais proteínas da cuberta tanto de membros dos lipothrixvirus coma dos rudivirus teñen unha topoloxía pouco usual cun empaquetamento de catro hélices no dominio C-terminal.[3] Os virus de ambas as familias comparten ata dez xenes.

O xenoma é non segmentado liñal e de ADN bicatenario.

Notas

  1. Prangishvili D, Krupovic M (2012). "A new proposed taxon for double-stranded DNA viruses, the order "Ligamenvirales"". Arch Virol 157 (4): 791–795. PMID 22270758. doi:10.1007/s00705-012-1229-7.
  2. Peng X, Blum H, She Q, Mallok S, Brügger K, Garrett RA, Zillig W, Prangishvili D. Sequences and replication of genomes of the archaeal rudiviruses SIRV1 and SIRV2: relationships to the archaeal lipothrixvirus SIFV and some eukaryal viruses. Virology. 2001 Dec 20;291(2):226-34. PMID 11878892. [1]
  3. Goulet A, Blangy S, Redder P, Prangishvili D, Felisberto-Rodrigues C, Forterre P, Campanacci V, Cambillau C (2009) Acidianus filamentous virus 1 coat proteins display a helical fold spanning the filamentous archaeal viruses lineage. PNAS 106 (50) 21155-21160. PMID 19934032.
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Ligamenvirales: Brief Summary ( Galician )

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Ligamenvirales é unha orde de virus de forma liñal que infectan ás arqueas hipertermófilas do grupo das Crenarchaeota e presentan un xenoma formado por ADN de dobre cadea. A creación desta orde foi proposta en 2012.

O nome deriva do latín ligamen, que significa corda ou fío, facendo referencia á súa forma liñal.

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Ligamenvirales ( Dutch; Flemish )

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Ligamenvirales is een orde van lineaire virussen die archaea aanvallen. Ze bevatten dubbelstrengs DNA.[1] De orde is in 2012 voorgesteld door D. Prangishvilli en M. Krupovic. De naam Ligamenvirales is afgeleid van het Latijnse 'ligamen', wat 'streng' of 'draad' betekent.

Taxonomie

Er zijn twee families binnen deze orde: Lipothrixviridae en Rudiviridae. De virionen hebben een eiwitmantel met een helix-structuur. De eiwitmantels van beide families hebben een speciale vier-helix-topologie[2] en virussen van beide families delen 10 genen. De genomen zijn niet-gesegmenteerd lineair en hebben twee strengen.

Bronnen, noten en/of referenties
  1. Prangishvili D, Krupovic M (2012). A new proposed taxon for double-stranded DNA viruses, the order “Ligamenvirales”. M. Arch Virol 157 (4): 791 . DOI: 10.1007/s00705-012-1229-7.
  2. Goulet A, Blangy S, Redder P, Prangishvili D, Felisberto-Rodrigues C, Forterre P, Campanacci V, Cambillau C (2009). Acidianus filamentous virus 1 coat proteins display a helical fold spanning the filamentous archaeal viruses lineage. PNAS 106 (50): 21155–60 . DOI: 10.1073/pnas.0909893106.
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Ligamenvirales: Brief Summary ( Dutch; Flemish )

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Ligamenvirales is een orde van lineaire virussen die archaea aanvallen. Ze bevatten dubbelstrengs DNA. De orde is in 2012 voorgesteld door D. Prangishvilli en M. Krupovic. De naam Ligamenvirales is afgeleid van het Latijnse 'ligamen', wat 'streng' of 'draad' betekent.

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