灰藻（Glaucophytes，Glaucocystophytes或Glaucocystids），也叫灰胞藻，是原始色素体生物的一支，是一类稀见的小型淡水藻类，具有独特的灰质体[1]。灰藻的近缘类群有红藻、皮胆虫、绿色植物和隐藻，这些类群间的系统发育关系尚不明晰，有待进一步研究[2]。
灰藻可能是原始色素体生物的基部类群，具有较为原始的质体，对其的研究有助于揭示叶绿体、绿藻和红藻的演化历史，因此备受学界关注[1][3]。
灰藻的质体也称为蓝小体（cyanelles）或灰质体（cyanoplasts），与其他植物的质体不同，灰藻的质体被肽聚糖包被，证明其曾与蓝藻内共生，从而获得质体[1][4]。灰藻含有叶绿素a[1]，与紅藻和蓝藻一样[1]通过藻胆体（Phycobilisome）接收光合作用所需要的阳光，这一结构中含有大量绿色植物已喪失的藻膽蛋白[5]。灰藻的另一項特色是其碳固定（英语：Carbon fixation）过程在细胞质基质中进行，同样与红藻类似而与绿色植物的不同[6]。
灰藻含有線粒體，其具有平滑的嵴，以没有中心粒的方式行有丝分裂。能运动的状态下的灰藻具有不等长的两根鞭毛。[5]
灰藻的近缘类群有红藻、皮胆虫、绿色植物和隐藻，这些类群间的系统发育关系尚不明晰，不同研究组的研究结果多有不同。
湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯研究组[7] 帕特里克 J. 基林研究组[8] 阿拉斯泰尔 G. B. 辛普森研究组[9] Fabien Burki研究组[10] 原始色素体生物灰藻
原始色素体生物灰藻
原始色素体生物灰藻
原始色素体生物灰藻
根据目前的研究，灰藻的内部系统发育关系如下。[11]
灰藻 Glaucocystophyceae 蓝载藻科 Cyanophoraceae蓝载藻属 Cyanophora
灰黏毛藻科 Gloeochaetaceae蓝褶藻属 Cyanoptyche
灰黏毛藻属 Gloeochaete
灰藻科 GlaucocystidaceaeGlaucocystopsis
灰藻属 Glaucocystis
灰藻在历史上曾被视为绿藻纲绿球藻目Oocystaceae科的一个子类群，但目前被视为与绿藻独立的植物类群。[12]
目前已有13种灰藻被发现，但没有一种是广布种，其被置于五个属中，其分类表如下：[1]
