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Seneca Valley Virus 001

Senecavirus

Senecavirus ( German )

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Die Gattung Senecavirus umfasst derzeit nur eine Spezies (Art) eines unbehüllten Virus aus der Familie Picornaviridae, das für die Gattung namensgebende Seneca-Valley-Virus (SVV). Dieses Virus ist das bislang einzige bekannte apathogene Picornavirus (Mitglied der Picornaviridae). In seiner natürlichen Form ist es in der Lage, spezifische Tumorzellen von einigen Hirntumor-Arten zu zerstören; damit besitzt es die Eigenschaft eines onkolytischen Virus.

Das SVV wurde im Jahr 2002 zufällig in einem Unternehmen für Gentherapie in Gaithersburg (Maryland) isoliert. Bei der Suche nach Kontaminationen von Zellkulturen wurden aus dem Kulturmedium einer PER.C6-Zelllinie (transformierte, fötale Retinoblastom-Zellen) mehrere porzine Picornaviren isoliert, von denen eines sich als neues Virus herausstellte, das schließlich 2005 als neu charakterisiertes Virus veröffentlicht wurde. Da sich die Firma in Gaithersburg im sogenannten Seneca Valley (Gebiet des Little Seneca Lakes und des Seneca Creeks) befindet, wurde das Virus danach benannt. Nach seiner Identifizierung konnte es in verschiedenen Hausschweinen von Schweinefarmen in den USA entdeckt werden.

Genom und Struktur

Das Genom besteht aus einer einzigen, linearen einzelsträngigen RNA mit positiver Polarität und hat bei dem bisher einzigen bekannten Serotyp SVV-001 eine Länge von 7310 nt. Die nicht codierende Region am 5'-Ende ist 666 nt lang und beinhaltet eine IRES vom Typ IV, die eine Ähnlichkeit zu den IRES-Strukturen der Pestiviren aufweist.[3] Am 3'-Ende befindet sich ebenfalls eine 71 nt lange nicht codierende Region, die mit ihrer möglichen Faltungsstruktur typisch ist zur Bildung eines Kissing-Loops, um beide RNA-Enden während der RNA-Replikation als Rolling-Circle zusammenzuführen Die größte Sequenzähnlichkeit besteht zu Mitgliedern der Gattung Cardiovirus und Aphthovirus. Im Vergleich zu den Cardioviren und den Erboviren jedoch fehlen dem SVV zwei für die katalytische Funktion notwendigen Aminsosäurepositionen, die üblicherweise die Funktion als Protease und Phosphorylase ermöglichen. Dies kann ein Grund für die fehlende Erkrankung im natürlichen Wirt sein.

Das 32,5 nm im Durchmesser große, unbehüllte Kapsid des SVV besteht aus den vier Kapsidproteinen VP1, VP2, VP3 und VP4 (VP für Virusprotein). Die äußeren Proteindomänen des VP1 und VP2 vermitteln sehr wahrscheinlich die Bindung an die Wirtszelle und damit den Zelltropismus des Virus.

Biologische Eigenschaften

Der natürliche Wirt des SVV sind wahrscheinlich Schweine, aus denen das Virus zwar isoliert werden kann, die aber gleichzeitig keine Symptome einer Erkrankung zeigen. Antikörper gegen das SVV konnten auch in weiteren landwirtschaftlichen Nutztieren gefunden werden, so bei Rindern und Schafen. Bei Menschen findet man keine anti-SVV-Antikörper. Auf die Zellkultur, in der das Virus entdeckt wurde, scheint es wahrscheinlich durch Fetales Kälber- oder -Ferkel-Serum gelangt zu sein, dass zur Kultivierung der Zellen verwendet wurde.

Das SVV besitzt neben dem natürlichen Zelltropismus im Wirtstier zusätzlich in der Zellkultur einen Tropismus für Neuroendokrine Tumorzellen wie dem Retinoblastom, Neuroblastom, Medulloblastom und dem Kleinzelligen Bronchialkarzinom. Diese in vitro infizierbaren Zellen werden während der Virusreplikation zerstört. Aus diesem Grunde gilt das SVV als ein möglicherweise in der Therapie dieser Tumore anwendbares, onkolytisches Virus.[4]

Systematik

  • Genus Senecavirus
  • Spezies Seneca-Valley-Virus (en. Senecavirus A, SeVV-A)[5][6]
  • Serotyp Seneca-Valley-Virus USA/SVV-001 (SVV-1)[7]

Literatur

  • A. M. Q. King, M. J. Adams, E. B. Carstens, E. J. Lefkowitz (Hrsg.): Virus Taxonomy. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Amsterdam 2012, ISBN 978-0-12-384684-6, S. 872f
  • N. J. Knowles, P. L. Hallenbeck: A new picornavirus is most closely related to cardioviruses. EUROPIC 2005: XIIIth Meeting of the European Study Group on the Molecular Biology of Picornaviruses, Lunteren, Niederlande, 23.–29. Mai 2005, Abstract A14 (Erstbeschreibung)
  • N. J. Knowles et al.: Epidemiology of Seneca Valley virus: Identification and characterization of isolates from pigs in the United States. EUROPIC 2005: European Study Group on the Molecular Biology of Picornaviruses XIIIth Meeting, Lunteren, Niederlande, Mai 2005 (pdf)
  • S. Venkataraman et al.: Structure of Seneca Valley Virus-001: an oncolytic picornavirus representing a new genus. Structure (2008) 16(10): S. 1555–1561. PMID 18940610, PMC 2572565 (freier Volltext)
  • L. M. Hales et al.: Complete genome sequence analysis of Seneca Valley virus-001, a novel oncolytic picornavirus. J. Gen. Virol. (2008) 89(Pt 5): S. 1265–1275. PMID 18420805
  • S. Venkataraman et al.: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of Seneca Valley virus-001, a new member of the Picornaviridae family. Acta Crystallogr. Sect F Struct. Biol. Cryst. Commun. (2008) 64(Pt 4): S. 293–296. PMID 18391430, PMC 2374260 (freier Volltext)

Einzelnachweise

  1. a b c d ICTV: ICTV Taxonomy history: Enterovirus C, EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)
  2. ICTV Master Species List 2018b.v2. MSL #34, März 2019
  3. M. M. Willcocks et al.: Structural features of the Seneca Valley virus internal ribosome entry site (IRES) element: a picornavirus with a pestivirus-like IRES. J. Virol. (2011) 85(9): S. 4452–4461 PMID 21325406 PMC 3126232 (freier Volltext)
  4. P. S. Reddy et al.: Seneca Valley virus, a systemically deliverable oncolytic picornavirus, and the treatment of neuroendocrine cancers. J. Natl. Cancer. Inst. (2007) 99(21): S. 1623–1633 PMID 17971529
  5. ICTV: Master Species List 2018a v1, MSL including all taxa updates since the 2017 release. Fall 2018 (MSL #33)
  6. ICTV 2016 Master Species List #31 with Acronyms, (Excel XLSX), auf ViralZone, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
  7. Details: Senecavirus A, The Picornavirus Pages 2006–2019, The Pirbright Institute, UK. Abgerufen 17. Februar 2019
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Senecavirus: Brief Summary ( German )

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Die Gattung Senecavirus umfasst derzeit nur eine Spezies (Art) eines unbehüllten Virus aus der Familie Picornaviridae, das für die Gattung namensgebende Seneca-Valley-Virus (SVV). Dieses Virus ist das bislang einzige bekannte apathogene Picornavirus (Mitglied der Picornaviridae). In seiner natürlichen Form ist es in der Lage, spezifische Tumorzellen von einigen Hirntumor-Arten zu zerstören; damit besitzt es die Eigenschaft eines onkolytischen Virus.

Das SVV wurde im Jahr 2002 zufällig in einem Unternehmen für Gentherapie in Gaithersburg (Maryland) isoliert. Bei der Suche nach Kontaminationen von Zellkulturen wurden aus dem Kulturmedium einer PER.C6-Zelllinie (transformierte, fötale Retinoblastom-Zellen) mehrere porzine Picornaviren isoliert, von denen eines sich als neues Virus herausstellte, das schließlich 2005 als neu charakterisiertes Virus veröffentlicht wurde. Da sich die Firma in Gaithersburg im sogenannten Seneca Valley (Gebiet des Little Seneca Lakes und des Seneca Creeks) befindet, wurde das Virus danach benannt. Nach seiner Identifizierung konnte es in verschiedenen Hausschweinen von Schweinefarmen in den USA entdeckt werden.

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Senecavirus

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Senecavirus is a genus of viruses in the order Picornavirales, in the family Picornaviridae. Pig and maybe also cow serve as natural hosts. There is only one species in this genus: Senecavirus A.[1][2] Senecavirus is a replication-competent oncolytic picornavirus. It has selective tropism for cancers with neuroendocrine features including small cell lung cancer (SCLC) and several pediatric solid tumors including retinoblastoma, neuroblastoma, and medulloblastoma.[3] A Phase I clinical trial of Senecavirus in adults with neuroendocrine tumors showed that senecavirus is apparently safe to administer at doses up to 1E11 vp/kg.[4] It has potential antineoplastic activity.[5][6]

Structure

Viruses in Senecavirus are non-enveloped, with icosahedral, spherical, and round geometries, with T=pseudo3 symmetry. The diameter is around 30 nm. Genomes are linear and non-segmented, around 7.3kb in length.[1]

Life cycle

Viral replication is cytoplasmic. Entry into the host cell is achieved by attachment of the virus to host receptors, which mediates endocytosis. Replication follows the positive stranded RNA virus replication model. Positive stranded RNA virus transcription is the method of transcription. The virus exits the host cell by lysis, and viroporins. Pig and maybe also cow serve as the natural host.[1]

The receptor for Seneca Valley virus has been identified as anthrax toxin receptor 1.[7]

Discovery and origin

The complete genome sequence of senecavirus was completed in 2008.[8]

An infectious clone of senecavirus was reported in 2012.[9]

Senecavirus has been proposed to attack cancer stem cells.[10]

Diagnostic monoclonal antibodies have been generated against senecavirus.[11]

While the sequence of SVV's protein-coding genome is most similar to members in the Cardiovirus genus, the non-coding RNA internal ribosome entry site (IRES) is most similar to those of the Pestivirus genus, including classical swine fever virus, and Hepacivirus genus, including Hepatitis C virus.[12]

The SVV IRES RNA shares similarities in sequence, structure, and function with the hepatitis C virus IRES. Subdomain IIa of the SVV and HCV IRES shares a similar structure and ligand-binding function as seen in its crystal structure.[13] This subdomain IIa region is classified as a ligand-responsive RNA switch which adopts well-defined ligand-free and bound conformations without breaking or forming any base pairs in its secondary structure upon interconversion between the two states.[14] This RNA switch from the SVV IRES has been incorporated into triangular RNA nanostructures.[15]

Clinical trials

The initial isolate is being developed as an anti-cancer therapeutic by virtual company Neotropix, Inc. under the name NTX-010.

Phase I

  • Safety study of senecavirus in patients with solid tumors with neuroendocrine features.[16] This study was published in 2011 and the data show that the virus was well tolerated by 30 patients and some signs of anti-tumour activity were observed. The data warranted further investigation of the virus in a phase II trial in small cell lung cancer.[4]

Phase II

Virus replication

Senecavirus uses the anthrax toxin receptor 1 (ANTXR1) protein as a receptor.[19] A high-resolution structure of senecavirus with this receptor has been published.[20]

See also

References

  1. ^ a b c "Viral Zone". ExPASy. Retrieved 15 June 2015.
  2. ^ "Virus Taxonomy: 2020 Release". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). March 2021. Retrieved 20 May 2021.
  3. ^ Reddy, P. S.; Burroughs, K. D.; Hales, L. M.; Ganesh, S.; Jones, B. H.; Idamakanti, N.; Hay, C.; Li, S. S.; Skele, K. L.; Vasko, A. -J.; Yang, J.; Watkins, D. N.; Rudin, C. M.; Hallenbeck, P. L. (2007). "Seneca Valley Virus, a Systemically Deliverable Oncolytic Picornavirus, and the Treatment of Neuroendocrine Cancers". JNCI Journal of the National Cancer Institute. 99 (21): 1623–1633. doi:10.1093/jnci/djm198. PMC 5261858. PMID 17971529.
  4. ^ a b Rudin CM, Poirier JT, Senzer NN, Stephenson J, Loesch D, Burroughs KD, Reddy PS, Hann CL, Hallenbeck PL (February 15, 2011). "Phase I clinical study of Seneca Valley Virus (SVV-001), a replication-competent picornavirus, in advanced solid tumors with neuroendocrine features". Clinical Cancer Research. 17 (4): 888–95. doi:10.1158/1078-0432.CCR-10-1706. PMC 5317273. PMID 21304001.
  5. ^ National Cancer Institute Definition of Seneca Valley virus-001. National Cancer Institute Retrieved on 2008-10-09.
  6. ^ Morton CL, Houghton PJ, Kolb EA, et al. (August 2010). "Initial testing of the replication competent Seneca Valley virus (NTX-010) by the pediatric preclinical testing program". Pediatr Blood Cancer. 55 (2): 295–303. doi:10.1002/pbc.22535. PMC 3003870. PMID 20582972.
  7. ^ Miles LA, Burga LN, Gardner EE, Bostina M, Poirier JT, Rudin CM (2017) Anthrax toxin receptor 1 is the cellular receptor for Seneca Valley virus. J Clin Invest
  8. ^ Hales, L. M.; Knowles, N. J.; Reddy, P. S.; Xu, L.; Hay, C.; Hallenbeck, P. L. (2008). "Complete genome sequence analysis of Seneca Valley virus-001, a novel oncolytic picornavirus". Journal of General Virology. 89 (5): 1265–1275. doi:10.1099/vir.0.83570-0. PMID 18420805.
  9. ^ Poirier, J. T.; Reddy, P. S.; Idamakanti, N.; Li, S. S.; Stump, K. L.; Burroughs, K. D.; Hallenbeck, P. L.; Rudin, C. M. (2012). "Characterization of a full-length infectious cDNA clone and a GFP reporter derivative of the oncolytic picornavirus SVV-001". Journal of General Virology. 93 (Pt 12): 2606–2613. doi:10.1099/vir.0.046011-0. PMID 22971818.
  10. ^ Friedman, G. K.; Cassady, K. A.; Beierle, E. A.; Markert, J. M.; Gillespie, G. Y. (2012). "Targeting pediatric cancer stem cells with oncolytic virotherapy". Pediatric Research. 71 (4–2): 500–510. doi:10.1038/pr.2011.58. PMC 3607376. PMID 22430386.
  11. ^ Yang, M.; Van Bruggen, R.; Xu, W. (2011). "Generation and diagnostic application of monoclonal antibodies against Seneca Valley virus". Journal of Veterinary Diagnostic Investigation. 24 (1): 42–50. doi:10.1177/1040638711426323. PMID 22362934.
  12. ^ Willcocks, M. M.; Locker, N.; Gomwalk, Z.; Royall, E.; Bakhshesh, M.; Belsham, G. J.; Idamakanti, N.; Burroughs, K. D.; Reddy, P. S.; Hallenbeck, P. L.; Roberts, L. O. (2011). "Structural Features of the Seneca Valley Virus Internal Ribosome Entry Site (IRES) Element: A Picornavirus with a Pestivirus-Like IRES". Journal of Virology. 85 (9): 4452–4461. doi:10.1128/JVI.01107-10. PMC 3126232. PMID 21325406.
  13. ^ Boerneke, Mark; Dibrov, Sergey; Gu, Jing; Wyles, David; Hermann, Thomas (November 11, 2014). "Functional conservation despite structural divergence in ligand-responsive RNA switches". Proc Natl Acad Sci U S A. 111 (45): 15952–7. Bibcode:2014PNAS..11115952B. doi:10.1073/pnas.1414678111. PMC 4234586. PMID 25349403.
  14. ^ Boerneke, Mark; Hermann, Thomas (August 2015). "Ligand-responsive RNA mechanical switches". RNA Biology. 12 (8): 780–786. doi:10.1080/15476286.2015.1054592. PMC 4615790. PMID 26158858.
  15. ^ Boerneke, Mark; Dibrov, Sergey; Hermann, Thomas (February 23, 2016). "Crystal-Structure-Guided Design of Self-Assembling RNA Nanotriangles". Angew Chem Int Ed Engl. 55 (12): 4097–100. doi:10.1002/anie.201600233. PMC 4824544. PMID 26914842.
  16. ^ "Safety Study of Seneca Valley Virus in Patients With Solid Tumors With Neuroendocrine Features". ClinicalTrials.gov. 23 February 2010.
  17. ^ "Seneca Valley Virus-001 After Chemotherapy in Treating Patients With Extensive-Stage Small Cell Lung Cancer". clinicaltrials.gov.
  18. ^ "Seneca Valley Virus-001 and Cyclophosphamide in Treating Young Patients With Relapsed or Refractory Neuroblastoma, Rhabdomyosarcoma, or Rare Tumors With Neuroendocrine Features". clinicaltrials.gov.
  19. ^ Miles, LA; Burga, LN; Gardner, EE; Bostina, M; Poirier, JT; Rudin, CM (1 August 2017). "Anthrax toxin receptor 1 is the cellular receptor for Seneca Valley virus". The Journal of Clinical Investigation. 127 (8): 2957–2967. doi:10.1172/JCI93472. PMC 5531414. PMID 28650343.
  20. ^ Jayawardena, N; Burga, LN; Easingwood, RA; Takizawa, Y; Wolf, M; Bostina, M (13 November 2018). "Structural basis for anthrax toxin receptor 1 recognition by Seneca Valley Virus". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (46): E10934–E10940. doi:10.1073/pnas.1810664115. PMC 6243253. PMID 30381454.

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Senecavirus: Brief Summary

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Senecavirus is a genus of viruses in the order Picornavirales, in the family Picornaviridae. Pig and maybe also cow serve as natural hosts. There is only one species in this genus: Senecavirus A. Senecavirus is a replication-competent oncolytic picornavirus. It has selective tropism for cancers with neuroendocrine features including small cell lung cancer (SCLC) and several pediatric solid tumors including retinoblastoma, neuroblastoma, and medulloblastoma. A Phase I clinical trial of Senecavirus in adults with neuroendocrine tumors showed that senecavirus is apparently safe to administer at doses up to 1E11 vp/kg. It has potential antineoplastic activity.

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