Acidobacteria

Acidobacteria е колено на бактерии. Неговите членови се доста разновидни во поглед на физиологијата, широко се распространети во природата (особено во почвите), но не се доволно застапени во културите.^[2][3][4]

Опис

Членовите на ова колено се физиолошки разноврсни, и може да се најдат во различни природни средини, вклучувајки ги почвите, изворите на топла вода, морињата, пештерите, итн.^[5] Многу Acidobacteria се ацидофилни бактерии, вклучувајќи го и првиот опишан вид, Acidobacterium capsulatum.^[6]

Други познати видови се Holophaga foetida,^[7] Geothrix fermentans,^[8] Acanthopleuribacter pedis^[9] и Bryobacter aggregatus.^[10] Бидејќи неодамна се откриени и сѐ уште не се култивирани, екологијата и метаболизмот на овие бактерии останува неразјаснет. Сепак, овие бактерии можеби играат значајна улога во екосистемите бидејќи посебно се застапени во почвите.^[11]

Некласифицираната подгрупа 2 ацидобактерии исто така се идентификувани како контаминенти во комплементите на реагенси за екстракција на ДНК, што може да доведе до погрешни толкувања за нивната присутност во микробиотата или во метагеномските податоци.^[12]

Историја

Првиот вид на ова колено, Acidobacterium capsulatum, бил откриен во 1991 година.^[13] Сепак, Acidobacteria не бил признаен како нов таксон сѐ до 1997 година, и не бил признат како посебно колено на бактерии сѐ до 2012 година.^[14]

Филогенија

Моментално прифатената таксономија е врз основа на Листата на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN)^[15][16], а филогенијата е базирана на 16S рРНК секвенционирање на LTP 123 од Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project).^[17]

Holophagae Acanthopleuribacteraceae

Acanthopleuribacter pedis Fukunaga et al. 2008

Holophagaceae

Geothrix fermentans Coates et al. 1999

Holophaga foetida Liesack et al. 1995

"Solibacteres"

Bryobacter aggregatus Kulichevskaya et al. 2010

Paludibaculum fermentans Kulichevskaya et al. 2014

Acidobacteriaceae

Acidobacterium capsulatum Kishimoto et al. 1991

Telmatobacter bradus Pankratov and Dedysh 2012

Acidicapsa

A. borealis Kulichevskaya et al. 2012 (type sp.)

A. ligni Kulichevskaya et al. 2012

Bryocella elongata Dedysh et al. 2012

Edaphobacter

E. aggregans Koch et al. 2008 emend. Dedysh et al. 2012

E. modestus Koch et al. 2008 (type sp.)

"Granulicella" mallensis Männistö et al. 2012

Terriglobus

T. aquaticus Baik et al. 2013

T. roseus Eichorst et al. 2007 (type sp.)

T. saanensis Männistö et al. 2011

T. tenax Whang et al. 2014

Granulicella

G. cerasi Yamada et al. 2014

G. paludicola Pankratov and Dedysh 2010 (type sp.)

G. pectinivorans Pankratov and Dedysh 2010

G. sapmiensis Männistö et al. 2012

G. aggregans Pankratov and Dedysh 2010

G. tundricola Männistö et al. 2012

G. arctica Männistö et al. 2012

G. rosea Pankratov and Dedysh 2010

Забелешки:

♠ Видови кои се регистрирани во Националниот центар за биотехнолошки информации (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI), но не се во Листата на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN).

Наводи