Det er beskrevet to underarter av svartkronespurv:[3]:
Arremon abeillei abeillei (Lesson, 1844) – forekommer fra provinsen Manabí i det sørvestlige Ecuador sør på Stillehavets bakken til regionen Cajamarca i det nordvestlige Peru.
Arremon abeillei nigriceps (Taczanowski, 1880) – forekommer i den øvre Marañóndalen i den østlige Cajamarcaregionen i det nordvestlige Peru.